河坝的
微生物数据差异丰度方法基准
生物导体版本:释放(3.19)
从微生物组数据集(具有绝对计数值的16S或WMS)开始,可以进行多次分析,以评估许多差异丰度检测方法的性能。提供了主要差异丰度分析方法的基本标准化版本,但用户也可以将其方法添加到基准中。分析主要集中在四个方面:i)每个方法对观测计数数据的分布假设的拟合优度,ii)控制错误发现率的能力,iii)方法内部和方法之间的一致性,iv)如果给出任何先验知识,则结果的真实性。有几个图形功能可用于结果可视化。
作者:马蒂奥·卡尔加罗(Matteo Calgaro)[aut,cre],Chiara Romualdi[aut],戴维德·里索[aut],尼古拉·维图洛[aut]
维护人员:马蒂奥·卡尔加罗(Matteo Calgaro)<mcalgaro93 at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“benchdamic”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“benchdamic”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“benchdamic”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因组,微生物组,多重比较,规范化,预处理,软件 |
版本 |
1.10.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.14(R-4.1)(3年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
stats,stats4,utils,方法,品学兼优,树总结实验,生物并行,锌波,边缘R,设计2,利马,ALDES2型,玉米芯,总结性实验,桅杆,修拉,ANCOMBC公司,mixOmics公司,lme4公司,NOISeq公司,迪拉斯基,微生物统计,马斯林2,GUniFrac公司,宏基因组eq,MGLM公司,ggplot2,R彩色啤酒,普利尔,重塑2,ggdendro公司,ggridges公司、图形、,奶牛场,gr设备,潮汐文字 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。