迪拉斯基
基于稳健方差分量检验的RNA-seq数据差异表达分析
生物导体版本:释放(3.18)
差异表达分析RNA-seq数据与方差分量得分测试通过精确权重解释数据异方差。进行基因分析和基因集分析,可以处理重复或纵向数据。方法详见:i)Agniel D&Hejblum BP(2017)纵向RNA-seq数据时间进程基因集分析的方差分量得分检验,生物统计学,18(4):589-604;和ii)Gauthier M,Agniel D,Thiébaut R&Hejblum BP(2020)dearseq:有效控制错误发现率的RNA-Seq差异分析的方差分量得分测试,NAR基因组学和生物信息学,2(4):lqaa093。
作者:丹尼斯·阿格尼尔[aut],鲍里斯·海布卢姆[aut,cre]、Marine Gauthier[aut]、Mélanie Huchon[ctb]
维护人员:Boris P.Hejblum<Boris.Hejblum在u-bordeaux.fr>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“dearseq”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
文档
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浏览幻影(“dearseq”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,细胞生物学,DNASeq公司,差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,KEGG公司,RNA序列,回归,排序,软件,系统生物学,时间课程,转录,转录组学 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.11(R-4.0)(4年) |
许可证 |
GPL-2 |文件许可证 |
取决于 |
R(>=3.6.0) |
进口 |
CompQuadForm、dplyr、ggplot2、KernSmooth、magrittr、matrixStats、methods、patchwork、parallel、pbapply、reforme2、rlang、scattermore、stats、statmod、survey、tibble、viridisLite |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/borishejblum/dearseq/issues网站 |
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程序包档案
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