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迪拉斯基

基于稳健方差分量检验的RNA-seq数据差异表达分析


生物导体版本:释放(3.18)

差异表达分析RNA-seq数据与方差分量得分测试通过精确权重解释数据异方差。进行基因分析和基因集分析,可以处理重复或纵向数据。方法详见:i)Agniel D&Hejblum BP(2017)纵向RNA-seq数据时间进程基因集分析的方差分量得分检验,生物统计学,18(4):589-604;和ii)Gauthier M,Agniel D,Thiébaut R&Hejblum BP(2020)dearseq:有效控制错误发现率的RNA-Seq差异分析的方差分量得分测试,NAR基因组学和生物信息学,2(4):lqaa093。

作者:丹尼斯·阿格尼尔[aut],鲍里斯·海布卢姆[aut,cre]、Marine Gauthier[aut]、Mélanie Huchon[ctb]

维护人员:Boris P.Hejblum<Boris.Hejblum在u-bordeaux.fr>

引文(从R中输入引文(“dearseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“dearseq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“dearseq”)
dearseq用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 生物医学信息学,细胞生物学,DNASeq公司,差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,KEGG公司,RNA序列,回归,排序,软件,系统生物学,时间课程,转录,转录组学
版本 1.14.0
在生物导体中 生物柴油3.11(R-4.0)(4年)
许可证 GPL-2 |文件许可证
取决于 R(>=3.6.0)
进口 CompQuadForm、dplyr、ggplot2、KernSmooth、magrittr、matrixStats、methods、patchwork、parallel、pbapply、reforme2、rlang、scattermore、stats、statmod、survey、tibble、viridisLite
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/borishejblum/dearseq/issues网站
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程序包档案

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源程序包 亲爱的_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 亲爱的_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) 亲爱的_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) 亲爱的_1.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dearseq
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/dearseq/
包短Url https://bioconductor.org/packages/dearseq/
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