班布

长读取RNA-Seq数据的上下文软件转录定量

生物导体版本：释放（3.19）

bambu是一个R包，用于使用长读RNA-Seq数据发现和量化多样本转录物。您可以使用bambu-after-read-alignment获得已知和新转录物和基因的表达估计。bambu的输出可以直接用于可视化和下游分析，例如差异基因表达或转录物使用。

作者：Ying Chen[cre，aut]，Andre Sim[aut]

维护人员：陈颖<陈颖在gis.a-star.edu.sg>

引文（从R中输入引文（“bambu”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“bambu”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“bambu”）

生物视图	对齐,新闻报道,差异表达式,特征提取,基因表达式,基因组注释,基因组组装,免疫肿瘤学,LongRead（长阅读）,多重比较,规范化,RNA序列,回归,排序,软件,转录,转录组学
版本	3.6.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=4.1），总结性实验(>= 1.1.6),S4载体(>= 0.22.1),牛基因组,I范围
进口	生物遗传学,生物并行,数据表,数字播放器,第三年,基因组信息Db,基因组比对,基因组特征,基因组范围，统计，Rsamtools软件、方法、，卢比,xgboost公司
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/GoekeLab/bambu

建议	注释Dbi,生物串,rmarkdown公司,生物文件缓存,ggplot2,复杂热图,绕圈子,ggbio公司,额外网格,针织物,测试那个,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。GRCh38型,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,实验中心(>= 1.15.3),DESeq2公司,纳米孔RNASeq,呜呜声,apeglm公司，实用程序，DEXSeq公司
链接到	卢比,RcppArmadillo公司
增强功能	平行
取决于我
导入我	火焰
建议我	纳米孔RNASeq
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	班布_3.6.0.tar.gz
Windows二进制	bambu_3.6.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	bambu_3.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	bambu_3.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/bambu
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bambu/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/bambu/
软件包下载报告	下载统计信息