变量工具

变体调用的探索性分析工具

生物导体版本：释放（3.19）

使用过滤器探索、诊断和比较变量调用。

作者：迈克尔·劳伦斯、杰里米亚·德根哈特、罗伯特·绅士

维护人员：迈克尔·劳伦斯<michafla at gene.com>

引文（从R中输入引文（“VariantTools”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“VariantTools”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“变体工具”）

生物视图	遗传变异性,遗传学,排序,软件
版本	1.46.0
在生物导体中	生物技术2.11（R-2.15）（11.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0），S4载体(>= 0.17.33),I范围(>= 2.13.12),基因组范围(>= 1.31.8),变量注释（>=1.11.16），方法
进口	Rsamtools软件(>= 1.31.2),生物遗传学,生物串，平行，基因组学特征（>=1.31.3），矩阵,rtracklayer公司(>= 1.39.7),BiocParallel公司,基因组信息数据库,牛基因组,博科生物
系统要求
统一资源定位地址

建议	RUnit（运行单位）,肺癌线(>= 0.0.6),苏格兰皇家银行,图表,gmapR（gmapR）(>= 1.21.3),TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,组织Hs.eg.db
链接到
增强功能
取决于我
导入我	HTSeqGenie软件
建议我	变量工具数据
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	变量工具_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	变量工具_1.46.0.zip
macOS二进制（x86_64）	变量工具_1.46.0.tgz
macOS二进制（arm64）	变量工具_1.46.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/变量工具
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/变量工具
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/变量工具/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/VariantTools网站/
软件包下载报告	下载统计信息