QDNAseq公司
染色体畸变的定量DNA测序
生物导体版本：释放（3.19）
染色体畸变的定量DNA测序。基因组被划分为非重叠的固定大小的箱子，计算每个箱子中的序列读取数，用二维黄土校正同时调整序列可映射性和GC含量，并进行过滤以去除基因组中的虚假区域。分段和调用的下游步骤也分别通过程序包DNAcopy和CGHcall实现。
作者：伊拉里·舍伊宁[aut]、道乌德·西[aut，cre]、亨利克·本特森[aut'、埃里克·范·迪克[ctb]
维护人员：Daoud Sie＜在vumc.nl的d.Sie＞
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“QDNAseq”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览渐晕图（“QDNAseq”）
细节
| 生物视图 |
副本编号变化,DNASeq公司,遗传学,基因组注释,预处理,质量控制,排序,软件 |
| 版本 |
1.40.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术2.14（R-3.1）（10年） |
| 许可证 |
GPL公司 |
| 取决于 |
R（>=3.1.0） |
| 进口 |
图形、方法、统计、实用程序，博科生物(>= 2.18.0),CGHb酶(>= 1.18.0),CGH呼叫(>= 2.18.0),DNA副本(>= 1.32.0),基因组范围(>= 1.20),I范围(>= 2.2),矩阵统计(>= 0.60.0),R.utils公司(>= 2.9.0),Rsamtools软件(>= 1.20),未来应用程序(>= 1.8.1) |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ccagc/QDNAseq |
| 错误报告 |
https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues |
查看更多
| 建议 |
生物风格(>= 1.8.0),牛基因组(>= 1.38.0),消化(>= 0.6.20),基因组信息Db(>= 1.6.0),未来(>= 1.22.1),平行地(>= 1.28.1),R.cache公司(>= 0.13.0),QDNA序列hg19,QDNA序列.mm10 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
基因突变,QDNA序列hg19,QDNA序列.mm10 |
| 导入我 |
王牌,饼干商,cfdnakit公司 |
| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
