基因组分布

基因组分布:用生物导体快速分析基因组间隔


生物导体版本:释放(3.19)

如果你有一组基因组范围,这个软件包可以帮助你进行可视化和比较。它产生了几种绘图,例如:染色体分布图,它显示了你的区域是如何分布在染色体上的;特征距离分布图,它显示了您的区域相对于感兴趣的特征的分布情况,如转录起始点(TSS);基因组分区图,它显示了给定的基因组特征,如启动子、内含子、外显子或基因间区域,您的区域是如何重叠的。它还可以方便地将一组范围与另一组范围进行比较。

作者:Kristyna Kupkova[aut,cre],Jose Verdezoto[aut],Tessa Danehy[aut],John Lawson[aut',Jose Verdezoto[aut]Michal Stolarczyk[aut〕,Jason Smith[aut〕,Bingjie Xue[aut]、Sophia Rogers[aut:

维护人员:克里斯蒂娜·库普科娃(Kristyna Kupkova)

引文(从R中输入引文(“基因组分布”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicDistributions”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“基因组分布”)
1.基因组分布入门 HTML格式 R脚本
2.全功率基因组分布 HTML格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 新闻报道,数据表示,功能基因组学,基因组注释,基因组组装,排序,软件,可视化
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年)
许可证 BSD2_子句+文件许可证
取决于 R(>=4.0),I范围,基因组范围
进口 数据表,ggplot2,重塑2、方法、实用程序,生物串,普利尔,数字播放器,规模,扫帚,基因组信息Db,统计信息
系统要求
统一资源定位地址 http://code.databio.org/GenomicDistributions网站
错误报告 http://github.com/databio/Genomic分发
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增强功能 牛基因组,字体外,集成数据库,基因组特征
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基因组分布_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 基因组分布_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 基因组分布_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组分布_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDistributions网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/基因组分布
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Genomic分发/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomicDistributions网站/
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