基因组分布
基因组分布:用生物导体快速分析基因组间隔
生物导体版本:释放(3.19)
如果你有一组基因组范围,这个软件包可以帮助你进行可视化和比较。它产生了几种绘图,例如:染色体分布图,它显示了你的区域是如何分布在染色体上的;特征距离分布图,它显示了您的区域相对于感兴趣的特征的分布情况,如转录起始点(TSS);基因组分区图,它显示了给定的基因组特征,如启动子、内含子、外显子或基因间区域,您的区域是如何重叠的。它还可以方便地将一组范围与另一组范围进行比较。
作者:Kristyna Kupkova[aut,cre],Jose Verdezoto[aut],Tessa Danehy[aut],John Lawson[aut',Jose Verdezoto[aut]Michal Stolarczyk[aut〕,Jason Smith[aut〕,Bingjie Xue[aut]、Sophia Rogers[aut:
维护人员:克里斯蒂娜·库普科娃(Kristyna Kupkova)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicDistributions”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览Vignette(“基因组分布”)
细节
生物视图 |
新闻报道,数据表示,功能基因组学,基因组注释,基因组组装,排序,软件,可视化 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
BSD2_子句+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0),I范围,基因组范围 |
进口 |
数据表,ggplot2,重塑2、方法、实用程序,生物串,普利尔,数字播放器,规模,扫帚,基因组信息Db,统计信息 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
http://code.databio.org/GenomicDistributions网站 |
错误报告 |
http://github.com/databio/Genomic分发 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。