事件指针
利用连接阵列和RNA-Seq数据有效识别选择性剪接事件
生物导体版本:释放(3.19)
EventPointer是一个R包,用于识别涉及简单(病例对照实验)或复杂实验设计的替代剪接事件,如时间过程实验和包括配对样本的研究。该算法可用于分析来自连接阵列(Affymetrix阵列)或测序数据(RNA-Seq)的数据。软件返回一个带有检测到的选择性剪接事件的数据帧:基因名称、事件类型(盒、选择性3'等)、基因组位置、统计显著性和所有事件的剪接百分比增量(Delta PSI)。该算法可以生成一系列文件来可视化IGV中检测到的选择性剪接事件。这简化了结果的解释和标准PCR验证引物的设计。
作者:胡安·巴勃罗·罗梅罗[aut]、胡安·费雷尔·邦索姆斯[aut,cre]、巴勃罗·萨克里斯坦[aut]]、安德尔·穆尼亚泰奎[aut]、费尔南多·卡拉佐[aut〕、安德尔·阿拉姆布鲁[aut】、安吉尔·鲁比奥[aut'
维护人员:胡安·费雷尔·邦索姆(Juan A.Ferrer-Bonsoms)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“事件指针”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“事件指针”)
细节
生物视图 |
交替拼接,差速器拼接,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件,时间课程,转录,信使核糖核酸微阵列 |
版本 |
3.12.0 |
在生物导体中 |
生物碳3.5(R-3.4)(7.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.5.0),SGSeq公司,矩阵,总结性实验 |
进口 |
基因组特征,字符串,基因组信息Db,记录仪,MASS(质量),nnls公司,利马,矩阵统计,苏格兰皇家银行,前身,图表,方法,实用程序,统计信息,do并行,foreach公司,affxparser软件,基因组范围,S4载体,I范围,q值,玉米棒,rhdf5型,牛基因组,生物串,格尔姆奈特,阿宾德,迭代器,lpSolve解决方案,波宾,speedglm公司,tximport(最大端口),fgsea公司 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。