EpiMix公司
EpiMix：一种用于DNA甲基化人群水平分析的综合工具
生物导体版本：释放（3.19）
EpiMix是综合分析高通量DNA甲基化数据和基因表达数据的综合工具。EpiMix支持自动数据下载（来自TCGA或GEO）、预处理、甲基化建模、交互式可视化和功能注释。为了确定生理或病理条件下的低甲基化或高甲基化CpG位点，EpiMix使用β混合物模型来确定每个CpG探针的甲基化状态，并将实验组和对照组的甲基化进行比较。EpiMix的输出是预测基因表达的功能性DNA甲基化。EpiMix结合了专门的算法来识别各种遗传元素的功能性DNA甲基化，包括蛋白质编码基因的近端顺调控元素、远端增强子以及编码microRNAs和lncRNAs的基因。
作者：郑远宁[aut，cre]，马库斯·苏扬斯基[aut]，约翰·军[aut]，奥利维尔·格瓦特[aut]
维护人员：郑远宁<eric2021 at stanford.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“EpiMix”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
DNA甲基化,差异甲基化,表观遗传学,基因表达式,预处理,软件 |
| 版本 |
1.6.1 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0），EpiMix.数据(>= 1.2.2) |
| 进口 |
批注中心,注释Dbi,博科生物,生物反应器,数据表,doParallel（并行）,doSNOW公司,下载器,数字播放器,ELMER.数据,实验中心,foreach公司,基因组信息Db,基因组特征,基因组范围,ggplot2、图形、grDevices、，插补,I范围,利马，方法，并行，普利尔,进步,R.matlab公司,R彩色啤酒,RCurl（RCurl）,爱尔兰航空公司,RPMM公司,S4载体，统计，总结性实验,易怒的,第三年，实用程序 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| 错误报告 |
https://github.com/gevaertlab/EpiMix/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,clusterProfiler（群集探查器）,DT公司,地理查询,核倍体R,针织物,组织健康状况数据库,区域R,修拉,生存,监督员,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,RUnit（运行单位）,生物遗传学,多MiR,miRBaseConverter（miRBase转换器） |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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月光2R |
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生成报告 |
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