少女

Damsel:DamID的端到端分析

生物导体版本：释放（3.19）

Damsel提供了对DamID数据的端到端分析。Damsel从Dam-only控制和融合样本中获取bam文件，并统计与每个GATC区域匹配的读取数。edgeR用于识别融合中相对于对照的富集区域。富集区组合成峰值，并与附近的基因相关。Damsel受ggcoverage的启发，利用ggplot2的功能和分层能力，允许在构建结果时构建IGV样式的图。Damsel还通过goseq进行带有偏差修正的基因本体测试，Damsel的未来版本还将包含基序富集分析。总的来说，Damsel是第一个允许使用可视化功能进行端到端分析的软件包。Damsel的目标是将所有分析放在一个地方，并允许在R中进行探索性分析。

作者：Caitlin页面[aut，cre]

维护人员：凯特琳页面＜petermac.org上的凯特琳页面＞

引文（从R中输入引文（“少女”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Damsel”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“少女”）

工作流程水坝	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	差异甲基化,基因预测,GeneSet扩展,峰值检测,软件
版本	1.0.0
在生物导体中	生物C 3.19（R-4.4）（<6个月）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.4.0）
进口	注释Dbi,生物串,数字播放器,边缘R,基因组信息数据库,基因组学特征,基因组范围,ggbio公司,ggplot2,戈塞克,马格里特,拼凑,plyranges系列,重塑2,爱尔兰航空公司,Rsamtools软件,R子阅读，统计，字符串,第三年，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Oshlack/Damsel网站
错误报告	https://github.com/Oshlack/Damsel网站

建议	仿生风格,生物反应器,biovizBase公司,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6号机组,针织者,利马,组织Dm.eg.db,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0),TxDb（发送日期）。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6.ensGene公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	达姆塞尔_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	女士_1.0.0.zip
macOS二进制（x86_64）	达姆塞尔_1.0.0.tgz
macOS二进制（arm64）	达姆塞尔_1.0.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Damsel网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/Damsel
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Damsel网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Damsel网站/
软件包下载报告	下载统计信息