CRISPseek公司
CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向特异性引导RNA的设计
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包包括为CRISPR编辑系统寻找潜在指导RNA的功能，包括输入目标序列的Base Editors和Prime Editor，可选择过滤无限制酶切位点或无成对指导RNA的指导RNA，全基因组搜索非目标、得分、秩、，提取侧翼序列并指出靶区和非靶区是否位于外显子区域。潜在的导向RNA注释有前5位和前N位非靶点的总分、详细的前N位错配位点、限制性内切酶切割位点和成对的导向RNA。该软件包还为Cas9靶点输出indels及其频率。
作者：朱丽华（Lihua Julie Zhu）、保罗·斯凯玛（Paul Scemama）、本杰明·霍尔姆斯（Benjamin R.Holmes）、埃尔维·帕格斯（HervéPagès）、胡凯（Kai Hu）、毛慧（Hui Mao）、迈克尔·劳伦斯（Michael Lawrence）、伊萨娜·维克斯勒·卢宾
维护人员：李华·朱莉在umassmed.edu>
引文（从R中输入引文（“CRISPRseek”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CRISPRseek”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“CRISPRseek”）
细节
| 生物视图 |
CRISPR公司,基因调控,免疫肿瘤学,序列匹配,软件 |
| 版本 |
1.44.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学2.14（R-3.1）（10.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），生物遗传学,生物串 |
| 进口 |
平行，数据表,顺序,S4载体(>= 0.9.25),I范围,牛基因组,搞砸、方法、，网状的,rhdf5型,十六矢量,DelayedArray（延迟阵列）,基因组信息Db,基因组范围,数字播放器,珊瑚礁,多语言工具 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
RUnit（运行单位）,仿生风格,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,组织Hs.eg.db,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,TxDb（发送日期）。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10已知基因,组织管理例会.db,晶格,MASS（质量）,张量流,测试那个 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
|
| 导入我 |
指南eq,多棱镜 |
| 建议我 |
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| 链接到我 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
