BUSpaRse公司
kallisto|bustools R实用程序
生物导体版本:释放(3.19)
kallisto|bustools管道是一套快速、模块化的工具,用于将fastq文件中的单细胞RNA-seq读取转换为基因计数或转录兼容计数(TCC)矩阵,用于下游分析。此管道的中心是条形码、UMI和集合(BUS)文件格式。该软件包有以下用途:首先,该软件包允许用户将BUS格式文件作为R中的数据帧进行操作,然后将其转换为基因计数或TCC矩阵。此外,由于R和Rcpp代码比纯C++代码更容易处理,因此鼓励用户调整此包的源代码,以尝试BUS格式的新用途以及将BUS文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次,该软件包可以方便地生成生成RNA速度的拼接和未拼接转录物的基因计数矩阵所需的文件。在这里,可以过滤生物型,去除支架和单倍型,并且可以提取过滤的转录组并写入磁盘。第三,该软件包实现了实用函数,以获取将BUS文件转换为基因计数矩阵所需的转录本和相关基因,以bustool所需的格式将转录本写入基因信息,并将bustool的输出作为稀疏矩阵读入R。
作者:兰达·摩西[aut,cre],Lior Pachter[aut,ths]
维护人员:Lambda Moses<caltech.edu的dlu2
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“BUSpaRse”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“BUSpaRse”)
细节
生物视图 |
RNA序列,单个单元格,软件,工作流步骤 |
版本 |
1.18.1 |
在生物导体中 |
生物技术3.10(R-3.6)(5年) |
许可证 |
BSD2_子句+文件许可证 |
取决于 |
R(>=3.6) |
进口 |
注释Dbi,批注筛选器,生物反应器,生物遗传学,生物串,牛基因组,数字播放器,集成数据库,基因组信息Db,基因组特征,基因组范围,ggplot2,I范围,马格里特,矩阵、方法、,plyranges公司,卢比,S4载体,统计,字符串,易怒的,第三年,实用程序,狂热分子 |
系统要求 |
GNU品牌 |
统一资源定位地址 |
https://github.com/BUStools/BUSpaRse公司 |
错误报告 |
https://github.com/BUStools/BUSpaRse/issues网站 |
查看更多
建议 |
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链接到 |
卢比,RcppArmadillo公司,Rcpp进度,伯克希尔哈撒韦 |
增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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链接到我 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。