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4D核小体中心 |
遗传学和基因组学 |
资源 |
JAX 4D核小体中心的最终目标是提供一个核小体定位系统（NPS），用于在3D基因组结构的背景下生成染色质相互作用网络的复杂地图。
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访问
在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
ampadportal@sagebionetworks.org
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AMP-AD知识门户 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库|数据集 |
AMP-AD知识门户网站是一个访问国家老龄化研究所AD转化研究计划中生成的数据、分析结果和工具的平台。门户中的大部分内容是从人类样本或实验模型系统生成的基因组数据。该门户还包含分析结果和数据摘要。
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联合实验室/个人
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模型AD联盟 |
杰克逊实验室的数据科学 |
资源 |
晚发性阿尔茨海默病的模型生物发育和评估。
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联合实验室/个人
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成瘾系统神经遗传学中心 |
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资源 |
CSNA将使成瘾研究团体能够开发新的成瘾预防、早期干预和治疗方法，这些方法考虑到成瘾风险的复杂性以及基因、环境和行为的个体差异。
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访问
下载
联合实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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aln工具 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
将NGS比对处理为稀疏的压缩关联矩阵。存储预定义的二进制格式，以便进行高效的下游分析和存储。
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联合实验室/个人
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生物特征分析中心 |
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服务 |
生物特征分析中心（CBA）是一个先进的约21000英尺的专用设施，为科学家提供了广泛的设施和专业知识，以进行活体小鼠表型分析，即观察和测量小鼠特征，涵盖广泛的生物领域和疾病状态。
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联合实验室/个人
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细胞遗传学和唐氏综合征模型资源 |
发育障碍 |
资源 |
Jackson实验室保存并分发染色体悬液，为唐氏综合征小鼠模型以及染色体非整倍体研究提供了模型。
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联合实验室/个人
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组织表型和神经网络 |
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软件工具和分析 |
应用深层神经网络严格且可重复地量化组织学图像的复杂属性。
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联合实验室/个人
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DO-AS队列数据 |
遗传学和基因组学|计算生物学 |
软件工具和分析 |
大约200只（B6-Col4a5 KO x DO）F1小鼠的表型和RNAseq数据
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Jackson实验室的Joan Staats图书馆 |
资源开发和传播 |
资源 |
我们的专业收集领域包括：遗传学、近交系小鼠、动物健康和畜牧业、发育、胚胎学、复杂性状、免疫学、癌症、分子生物学、神经科学和计算生物学。
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联合实验室/个人
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I-ATAC公司 |
生物信息学|计算生物学 |
资源 |
ATAC-seq是一种新的协议，通过执行适配器连接和开放染色质区域的断裂来捕获开放染色质位点。由于其在生物样品需求和文库准备时间方面的效率，许多科学家正在生成ATAC-seq文库，以破译特定细胞类型和感兴趣条件下DNA的染色质景观。
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联合实验室/个人
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黑熊基因组 |
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数据集 |
补充表格和图表，
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联合实验室/个人
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β细胞联盟生物学 |
资源开发和传播|免疫疾病|糖尿病和肥胖 |
资源 |
NOD-scid IL2rgnull（NSG）和NOD-Rag1null IL2rgnull（NRG）小鼠支持更高水平的人类细胞和组织移植。这些植入的小鼠可以研究人类疾病过程，而不会给个人带来风险。
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相关实验室/个人
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GFR计算器 |
遗传学和基因组学|计算生物学 |
软件工具和分析 |
该工具使用FITC-菊粉法计算小鼠的肾小球滤过率
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帮助治愈癌症的犬科动物 |
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其他 |
人类癌症和犬类癌症有着惊人的共同点。在杰克逊实验室，我们相信通过研究犬类癌症，我们可以获得对这两个物种都有益的重要见解！
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访问
在线的
联合实验室/个人
联系人
mgi-help@jax.org
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人类癌症数据库（MMHCdb）的小鼠模型 |
生物信息学|遗传学和基因组学|杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
人类癌症小鼠模型数据库（以前称为小鼠肿瘤生物学数据库）整合了有关肿瘤疾病的频率、发病率、遗传学和病理学的数据，强调了在不同基因定义的小鼠菌株中具有特征性发展的肿瘤的数据。
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联合实验室/个人
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突变小鼠资源和研究中心（MMRRC） |
资源开发和传播 |
资源 |
突变小鼠资源与研究中心（MMRRC）分发并冷冻保存具有科学价值的基因工程小鼠株和小鼠ES细胞系，这些菌株和细胞系对遗传学和生物医学研究界具有潜在价值。
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联系人
Vivek.Kohar@jax.org
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随机电路扰动（sRACIPE） |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
sRACIPE是一种系统生物学建模方法，它以基因调控电路拓扑为唯一输入，在多个噪声水平下模拟具有随机动力学参数的模型集合。生成的基因表达的统计分析揭示了各种表型状态的吸引力和稳定性，以及它们与内在和外在噪声相关的变化，从而对基因调控网络的结构和功能产生了新的见解。
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访问
在线下载（&D）
联系人
ckbsupport@jax.org
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临床知识库 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
CKB是精确肿瘤学的动态数字百科全书，将癌症变体与治疗、疗效证据、临床试验和复杂癌症基因组图谱的解释联系起来。
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在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
jeff.chuang@jax.org
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云Neo |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
CloudNeo是一个基于云的计算工作流，用于从下一代测序数据中识别患者特定的肿瘤新抗原。
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JAX集群管理系统 |
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软件工具和分析 |
JAX群体管理系统（JCMS）是一个免费且受支持的多用户关系数据库系统，用于管理研究鼠标群体。
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联合实验室/个人
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计算科学 |
计算生物学|生物信息学 |
服务 |
计算科学支持复杂问题的计算方法；开发软件应用程序和平台，以促进数据和算法的访问、可视化和共享，并支持JAX的研究数据和服务产品。
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基因本体协会 |
遗传学和基因组学|资源开发和传播|生物信息学 |
资源 |
基因本体论（GO）项目是一项合作努力，旨在解决跨数据库对基因产品进行一致描述的需求。
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联合实验室/个人
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颅面研究用老鼠资源 |
资源开发和传播|发育障碍 |
资源 |
该资源提供用于面部、牙齿、眼睛、耳朵和颅骨发育研究的小鼠模型，以及人类颅面综合征的小鼠模型。
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联系人
mgi-help@jax.org
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Cre门户 |
资源开发和传播|杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
Cre Portal包含关于所有在小鼠中开发的重组酶转基因和敲除的精选数据，以提供描述已知重组酶活性模式的综合资源，并允许用户为其研究找到相关的小鼠资源。
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SNP数据库 |
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数据库 |
高质量单核苷酸多态性（SNP）数据库，包含来自74种实验室小鼠的800多万个SNP，这些SNP来自多种来源。
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访问
在线的
联系人
laura.reinholdt@jax.org
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小鼠突变体资源数据库 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库|软件工具和分析 |
MMR小鼠变异数据库提供了从高通量外显子组和显示自发产生孟德尔病表型的小鼠的全基因组测序中调用的所有遗传变异的访问。还提供了表型、遗传图谱和变异频率度量。聚合数据分析提供突变候选优先级。
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联合实验室/个人
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小鼠表型数据库 |
杰克逊实验室的数据科学|生物信息学|复杂特征|计算生物学|遗传学和基因组学 |
数据库|资源 |
该资源是关于实验室小鼠菌株和种群的测量数据的协作标准化收集。包括基线表型数据集以及药物、饮食、疾病和衰老影响的研究。还包括方案、项目和出版物，以及SNP、变异和基因表达研究。
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在线的
联系人
mgi-help@jax.org
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小鼠基因组数据库（MGD） |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
小鼠基因组数据库（MGD）是实验室小鼠的核心知识库，专注于提供综合遗传、基因组和生物数据，以促进人类健康和疾病的研究。MGD是小鼠基因组信息学（MGI）联盟的主要组成部分。
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在线的
联系人
mgi-help@jax.org
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基因表达数据库（GXD） |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
基因表达数据库（GXD）是一个数据库项目，它集成了来自小鼠的不同类型的基因表达信息，并提供了发育过程中内源性基因表达的已发表实验的可搜索索引。GXD是小鼠基因组信息学（MGI）资源的核心组成部分，该资源是国际社会的实验室小鼠数据库资源，提供综合遗传、基因组和生物数据，以促进人类健康和疾病的研究。
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联合实验室/个人
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数字病理管道 |
遗传学和基因组学|计算生物学 |
软件工具和分析 |
扫描PAS载玻片的肾小球自动识别和组织学定量工具
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在线的
联合实验室/个人
联系人
gareth.howell@jax.org
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青光眼发现平台 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库|数据集|软件工具和分析 |
可视化和询问青光眼的基因表达变化
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小鼠疾病信息系统 |
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软件工具和分析 |
MoDIS链接到Pathbase.net网站，提供实验室小鼠类似病变的详细信息和带注释的图像，使其成为独特而有用的训练辅助工具。
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相关实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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电子邮箱 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
等位基因特异表达的期望最大化算法。丘吉尔实验室的主要作者K.Choi。
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联合实验室/个人
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眼睛突变资源 |
资源开发与传播|眼科研究 |
资源 |
描述了杰克逊实验室（The Jackson Laboratory）提供的用于眼部研究的小鼠模型，并提供了影响视力的已知小鼠突变列表。
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在线的
联合实验室/个人
联系人
helpdesk@pdxfinder.org
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PDX查找器 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
PDX Finder是一个开放的全球癌症研究门户，可用于患者衍生异种移植（PDX）模型。
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在线的
联系人
roel.verhaak@jax.org
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肿瘤融合 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据集 |
基于对来自癌症基因组图谱（TCGA）的配对RNA测序和DNA拷贝数数据的综合分析，肿瘤融合基因数据门户提供了多种肿瘤类型的博纳融合列表。
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相关实验室/个人
联系人
Anuj.Srivastava@jax.org
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保险丝SV |
计算生物学|遗传学和基因组学|杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具与分析 |
FusorSV是一个基于数据挖掘的框架，允许从下一代测序数据集中全面而稳健地检测结构变化（SV）。我们构建了SV引擎（SVE），它包括所有工具，包括可以用于分析新数据集的fusorSV。SVE还包括使用1000个Genomes SV调用集作为基本事实构建的数据模型。
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联合实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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g2g工具 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
基因组编辑工具。通过将（分阶段）SNP和indels合并到参考基因组中来创建自定义基因组，从自定义基因组中提取感兴趣的区域，例如外显子或转录本，并在两个基因组之间转换文件坐标（bam、gtf、bed）。
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联合实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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gbrs标准 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
无基因型基因组重建和ASE定量。
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在线的
联合实验室/个人
联系人
elissa.chesler@jax.org
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GeneWeaver公司 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库|数据集|软件工具和分析 |
GeneWeaver是一个集成分析异质功能基因组数据的平台。它允许用户根据全球功能基因组学分析中与这些功能相关的基因、基因产物和变体，比较和对比多个物种的生物功能。
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联合实验室/个人
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遗传资源科学 |
资源开发和传播 |
资源 |
遗传资源科学倡导和发展资源生成研究。我们的团队：为基因研究确定并实施创新技术；制作和分发新的鼠标模型；并提供JAX小鼠菌株的广泛遗传和表型信息。
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在线的
联系人
mgi-help@jax.org
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多基因组查看器 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
探索并比较多个带注释的小鼠基因组。
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联合实验室/个人
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基因组技术 |
生物信息学 |
服务 |
基因组技术公司（GT）为杰克逊实验室的研究人员和合作者提供测序服务。
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自愿工作场所基因组检测 |
遗传学和基因组学 |
资源 |
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生殖基因组计划 |
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资源 |
制作和分发不孕症突变模型，并调查潜在原因，以确定有助于生殖功能的新基因和途径。
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在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
peter.robinson@jax.org
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人类表型本体 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
人类表型本体（HPO）提供了人类疾病中遇到的表型异常的标准化词汇。
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访问
在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
dave.walton@jax.org
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ImageEchelon（图像梯队） |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
用于量化图像的工具，其中肉眼可以识别有意义的差异，但使用传统方法难以量化。
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联合实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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中级 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
eQTL/pQTL中介分析的R包。
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在线的
联系人
mgi-help@jax.org
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国际小鼠菌株资源（IMSR） |
资源开发和传播|杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
国际小鼠菌株资源为用户提供了全球小鼠资源（活的、冷冻保存的和胚胎干细胞）的组合目录，用户可以直接访问保存这些资源的存储库站点。
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联合实验室/个人
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敲除鼠标项目（KOMP） |
资源开发和传播|遗传学和基因组学|老龄化|发育障碍 |
资源 |
世界各地的科学家正在努力通过敲除小鼠项目（KOMP）为小鼠基因组中的每一个基因产生有针对性的敲除突变，该项目为理解基因功能和人类疾病的遗传原因提供了关键工具。
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小鼠系统发育查看器 |
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软件工具和分析 |
定制的基因组浏览器提供了关于大多数实验室菌株任何基因组区域的遗传变异的单倍型多样性和系统发育起源问题的详细答案。
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联合实验室/个人
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小鼠过氧化物酶体研究资源 |
遗传学和基因组学 |
资源 |
Jackson实验室的小鼠过氧化物酶体研究资源（MPRR）是小鼠模型和单克隆抗体的集中资源，用于过氧化物酶生物学和过氧化物体功能障碍引起的疾病相关的基础和转化研究。
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联合实验室/个人
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特殊鼠种资源 |
资源开发与传播|复杂特征 |
资源 |
SMSR维护的小鼠是复杂疾病遗传分析的重要工具，包括混合菌株。
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联合实验室/个人
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小鼠突变体资源 |
资源开发和传播|行为障碍|发育障碍|眼科研究|遗传学和基因组学|免疫障碍|神经变性和神经肌肉疾病|生殖障碍 |
资源 |
长期以来，携带自发突变的小鼠一直是人类遗传疾病，特别是孟德尔病动物模型的主要来源。小鼠突变体资源保存了700多个已建立的突变体菌株。
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mgi-help@jax.org
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鼠标地雷 |
资源开发和传播|杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
MouseMine是一个强大的数据仓库，提供对MGI数据的全面API（应用程序编程接口）访问，以及基于表单的用户界面。
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在线的
联合实验室/个人
联系人
jeff.chuang@jax.org
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PDX开发和试验中心研究网络 |
杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
PDXNet是NCI赞助的一个财团，它使用患者衍生的异种移植物来加速更广泛研究社区的转化研究。自2017年以来，创实验室一直是该财团数据协调中心的联合负责人。
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联合实验室/个人
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周围神经病变资源 |
神经退行性疾病和神经肌肉疾病 |
资源 |
作为经验证可用于周围神经病变临床前研究的小鼠模型和工具的集中资源。
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JAX橡树岭系列 |
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资源 |
半个多世纪以来，橡树岭国家实验室收集并保存了各种各样的鼠种。该收集的大部分来源于使用辐射或化学诱变剂的诱变程序。其中许多突变株在橡树岭工厂进行了低温保存。2009年，杰克逊实验室接受并同意分发冷冻保存的胚胎和精子，以便继续向全球研究界提供这些资源。
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联合实验室/个人
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光学资源 |
资源开发和传播 |
资源 |
我们提供了越来越多的表达激活、抑制或检测神经元活动的蛋白质的小鼠系。
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联合实验室/个人
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帕金森病小鼠模型资源 |
资源开发和传播 |
资源 |
帕金森病小鼠模型资源描述并分发帕金森综合征和帕金森病的新小鼠模型。
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相关实验室/个人
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RFR-PEL公司 |
生物信息学|计算生物学|遗传学和基因组学 |
资源 |
用于表观遗传长度预测的随机森林回归
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访问
在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
gary.churchill@jax.org
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QTL查看器 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
交互式网络分析工具，允许用户复制为研究报告的分析。
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联合实验室/个人
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QuIN公司 |
计算生物学|生物信息学|遗传学和基因组学 |
资源 |
QuIN（Interaction Networks的查询工具，可在QuIN.jax.org上获得）是一个用于可视化、注释和查询染色质交互的工具，该交互源自ChIA-PET或HiC等技术。
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访问
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联合实验室/个人
联系人
jeff.chuang@jax.org
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SARN集群 |
杰克逊实验室的数据科学 |
软件工具和分析 |
SARNAclust是一种新的半自动算法，用于从免疫沉淀数据中识别RNA-蛋白结合基序。
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在线下载（&D）
联合实验室/个人
联系人
Korstanje实验室
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蜗牛孔 |
遗传学与基因组学|资源开发与传播|杰克逊实验室的数据科学 |
数据库 |
WORM Human OrthoLogy Explorer是一种元工具，它通过集成17种算法的正交预测，使用机器学习来预测新的最小发散正交（LDO）。
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