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MGI-小鼠基因表达数据库(GXD):新增功能-基因表达数据库新闻

全球生物数据联盟(GBC)指定GXD为全球核心生物数据资源。

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全球核心生物数据资源是对更广泛的生物和生命科学界以及生物数据的长期保存具有根本重要性的生物数据资源。他们:

  • 提供对其数据的免费开放访问,
  • 在用户的数量和分布方面都被广泛使用,
  • 成熟全面,
  • 在他们的领域被认为是权威的,
  • 具有高科学质量,以及
  • 提供专业的服务提供标准。
它们的运行基于完善的生命周期管理流程和对相关数据资源的依赖性的充分理解。GCBR具有符合开放定义的使用条款或特定许可证,以实现数据的重用。

GXD推出Expression Profile Search

GXD开发了Expression Profile Search,这是一种通过基因表达谱搜索基因的工具。它允许用户通过指定多达10个解剖结构以及这些结构中是否存在表达来定义感兴趣的表达模式。可以在基因表达数据查询.

GXD现在包括RNA-seq数据

GXD已经扩展到包括RNA-Seq数据。为了与GXD的范围保持一致,这些数据来自于检测野生型和突变小鼠在胚胎阶段和/或出生后生活中内源性基因表达的实验。数据集已从EMBL-EBI导入Expression地图集. 我们已经将这些数据与GXD中的其他类型的表达数据以及MGI中的遗传、功能、表型和疾病相关信息集成在一起,从而使它们可以使用许多新的搜索功能。

我们选择Expression Atlas作为我们的数据源,因为他们的团队从公共存储库(ArrayExpress和NCBI的GEO)中选择高质量的数据集,然后使用标准化管道重新分析数据,生成一致处理的TPM值。为了有效地将这些数据集成到GXD中,我们进一步处理这些文件,以计算每个生物复制集每个基因的平均分位数标准化TPM值。使用Expression Atlas阈值作为指导,TPM值被分配给高、中、低和低于截止值的表达式库。

TPM值的这种binning允许我们为这些数据分配一个检测到的/未检测到的值,就像GXD中的所有其他表达式数据一样。我们还使用与GXD中所有其他表达数据相同的受控词汇表和本体来注释RNA-seq样本的元数据。这两个步骤可以将这些数据完全集成到GXD/MGI中,并通过现有的搜索工具进行访问。

GXD搜索摘要上的新数据过滤器

GXD开发了新的过滤器,利用MGI中的遗传、功能、表型和疾病相关信息。这些过滤器已添加到基因表达数据搜索摘要中。它们使用户能够使用基因功能、表型和疾病本体注释以及标记类型来过滤表达分析结果。还开发了用于单个RNA-seq数据集和TPM表达库的过滤器。当结合解剖系统、发育阶段、分析类型、检测/未检测以及野生型和突变样本的现有过滤器时,用户可以使用强大的工具快速高效地提取感兴趣的表达数据。

直接访问睡眠热图可视化和分析工具

GXD用户可以使用我们的搜索工具和过滤器创建包含他们感兴趣的表达数据的RNA-seq数据集。然后,只需单击基因表达数据搜索摘要上的按钮,这些数据,包括精选的样本元数据,将通过莫菲斯是Broad Institute创建的热图可视化和分析工具。Morpheus提供了无数用于进一步显示和分析的工具,包括排序、过滤、层次聚类、最近邻分析和视觉丰富。


贡献项目:
小鼠基因组数据库(MGD)、基因表达数据库(GXD)、人类癌症小鼠模型数据库(MMHCdb)(前身为小鼠肿瘤生物学(MTB))、基因本体(GO)
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04/16/2024
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