u无序播放 swMATH ID: 26135 软件作者： 江，M。；安德森，J。；吉莱斯皮，J。；M.梅恩。 描述： uShuffle：在保留k-let计数的同时，对生物序列进行洗牌的有用工具。背景：随机洗牌序列通常用于序列分析，以评估生物序列的统计意义。在许多情况下，生物学家需要复杂的洗牌工具，这些工具不仅可以保存不同字母的计数，还可以保存高阶统计信息，例如双重计数、三重计数，以及一般的k-let计数。结果：我们提出了一种序列分析工具（称为uShuffle），用于生成生物序列（如DNA、RNA和蛋白质）的均匀随机排列，以保持精确的k-let计数。uShuffle工具实现了Euler算法的最新变体，并在树木生成的关键步骤中使用Wilson算法。它经过精心设计，效率极高。uShuffle工具通过允许任意字母大小和let大小来实现最大的灵活性。它可以用作命令行程序、web应用程序或实用程序库。提供了C、Java和C#的源代码，以及Perl和Python的集成说明。结论：uShuffle工具在性能和灵活性方面都优于现有的Euler算法实现。它是生物信息学社区的有用工具。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-9-192 源代码： https://github.com/guma44/ushuffle网站 相关软件： 请;NNDB公司;百万倍;工厂-mPLoc;iLoc-Euk公司;iLoc哼声;iLoc-Gpos公司;BaCelLo公司;位置传感器;伦敦银行支持向量机;Jalview公司;miR基底;肌肉 引用于： 3文件 全部的 前5名12位作者引用 1 菲德尔·巴雷拉·克鲁兹 1 科里亚，德博拉·克里斯蒂娜 1 邓乃阳 1 克里斯汀·海奇（Christine E.Heitsch）。 1 托马斯·Jüngling 1 杰克·默多克·摩尔 1 斯维特拉纳·波兹纳诺维奇 1 任贤文 1 小，迈克尔 1 王勇翠 1 张春华 1 张向孙 3篇连载文章中引用 1 物理D 1 理论生物学杂志 1 SIAM应用代数和几何杂志 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文