伊洛克欧克

ILoc EUK:一种预测单核和多真核蛋白亚细胞定位的多标记分类器。预测蛋白质亚细胞定位是一个重要而困难的问题,特别是当查询蛋白质可能具有多重特性时,即同时存在于或移动两个或更多个不同亚细胞位置位点之间。大多数现有的蛋白质亚细胞定位预测只能用于处理单一位置或“单聚合”蛋白质。事实上,多个位置或“多重”的蛋白质不应该被忽视,因为它们通常具有一些值得我们特别注意的独特的生物学功能。通过引入“多标记学习”和“积累层尺度”,开发了一种新的预测因子,称为ILOC-EUK,可用于处理包含单簇和多聚蛋白的系统。作为一个示范,刀切交叉验证进行了ILOC EUK在一个基准数据集的真核蛋白质分为以下22个位置位点:(1)顶体,(2)细胞膜,(3)细胞壁,(4)中心粒,(5)叶绿体,(6)蓝藻,(7)细胞质,(8)细胞骨架,(9)内质网,(10)内体,(11)胞外,(12)高尔基体,(13)氢小体,(14)溶酶体,(15)黑素体,(16)微粒体(17)线粒体,(18)核,(19)过氧化物酶体,(20)纺锤体极体,(21)突触,和(22)液泡,其中没有一种蛋白质在同一子集中具有与任何其它序列一致的22 -序列序列同一性。iLoc Euk获得的总成功率为79%,明显高于现有的预测能力,也有能力处理这样一个复杂和严格的系统。作为一个用户友好的Web服务器,iLoc Euk在网站HTTP://ICPR.JC.EdUCN/BioNoFi/ILOC-EUK中可以自由访问。预期ILOC-UEK可能成为分子细胞生物学、蛋白质组学、系统生物学和药物开发的有用的生物信息学工具,其新颖的方法将进一步刺激预测其他蛋白质属性的发展。


ZBMaCT中的参考文献(37篇文章中引用)

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按年份排序(引文
  1. 沈,沂南;Tang,姬军;郭,费:通过将进化和理化信息整合到Chou的普通PseAAC中识别蛋白质亚细胞定位(2019)
  2. AkBar,Shahid;HayAT,MqSOOD:IMTSTNNC:通过将SAAC的想法扩展到周氏的PASAAC序列来鉴定N(^ 6)-甲基腺苷位点(2018)
  3. 梅,胡安;傅,Yi;赵,冀:用特征选择和Chou一般伪氨基酸组成分析和预测离子通道抑制剂(2018)
  4. 张,胜利镇;段,辛:用过采样方法预测蛋白质亚细胞定位和Chou的一般PseAAC(2018)
  5. 张,胜利镇;云云Liang:将自相关和PSSM结合到周氏PASAAC(2018)中预测凋亡蛋白亚细胞定位
  6. 焦,Ya Sen;杜,Pu Feng:用Chou伪氨基酸组成的一般形式预测高尔基常驻蛋白质类型:最小冗余最大相关特征选择方法(2016)
  7. 焦,Ya Sen;杜,Pu Feng:用假性氨基酸组成预测高尔基常驻蛋白质类型:具有位置特异性理化性质的方法(2016)
  8. Muthu Krishnan,S.:用混合方法将脊椎动物血红蛋白蛋白分类到一般PseAAC中(2016)
  9. 傅,皓月;杨,Lianping;张,Xiangde:基于最小和次优自由能结构的RNA二级结构预测方法(2015)
  10. 库马尔,拉文德拉;斯里瓦斯塔瓦,Abhishikha;库玛丽,班达纳;库马尔,曼尼希:(β)-内酰胺酶及其类由Chou的伪氨基酸组成和支持向量机预测(2015)
  11. 韩,郭胜;余,Zu Guo;ANH,VO:将氨基酸分类和理化性质结合到Couth-PeaAc(2014)的一般形式中的两阶段SVM预测膜蛋白类型的方法
  12. 里昂,杰姆斯;BiSIS,Neela;夏尔马,Alok;DeZangangi,Abdollah;Paliwal,Kuldip K.:利用核化动态时间扭曲对氨基酸残基进行排列的蛋白质折叠识别(2014)
  13. 梅,宿豫:基于TopTysVistM群系的大规模膜蛋白鉴别转移学习(2014)
  14. Tahir,穆罕默德;可汗,Asifullah;伽倻,HuSESEIN:人和仓鼠细胞系的蛋白质亚细胞定位:采用荧光显微镜图像的局部三元模式(2014)
  15. 杨,雷;吕,英利;李,陶;左,永春;江,魏:用亚细胞定位技术鉴定人类蛋白质(2014)
  16. 范,郭亮;李,钱中:将平均化学位移和进化信息结合到Chou伪氨基酸组成的一般形式中鉴别生物发光蛋白(2013)
  17. 冯,彭绵;丁,惠;陈,魏;林,林:具有特征选择的朴素贝叶斯分类器识别噬菌体病毒蛋白(2013)
  18. 黄,Chao;袁,Jing Qi:通过Chou伪氨基酸组成的三种不同模式预测单个和多个位点的蛋白质亚叶绿体位置(2013)
  19. 萧,Xuan;闵,简亮;王,Pu;Chou,阔晨:ICDI PSEPFP:用PoT和分子指纹鉴定细胞网络中的通道药物相互作用(2013)
  20. 周,Xuan;李,詹超;戴,Zong;祖河,Xiaoyong:基于离散小波变换的伪三核苷酸组成的启动子预测(2013)