iLoc Gpos

iLoc-Gpos:用于预测单丛和多重革兰氏阳性细菌蛋白质亚细胞定位的多层分类器。通过引入“多层尺度”,并将基因本体信息与序列进化信息相结合,开发了一种新的预测因子iLoc-Gpos,用于预测革兰氏阳性细菌蛋白质的亚细胞定位。为了便于比较,我们采用了同样严格的基准数据集来评估Gpos-mPLoc的准确性,以证明ilocgpos的强大功能。该数据集包含519个革兰氏阳性细菌蛋白质,分为以下四个亚细胞位置:(1)细胞膜,(2)细胞壁,(3)细胞质和(4)细胞外;所包含的蛋白质与同一子集(亚细胞位置)中的任何其他蛋白质都不具有≥25%的成对序列一致性。GPMPLOC测试数据集的总体成功率超过了11%。作为一个用户友好的web服务器,iLoc-Gpos可通过http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/iLoc-Gpos或http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Gpos免费访问。同时,还提供了如何使用web服务器获得所需结果的分步指南。此外,为了方便用户,ilocgposweb服务器还具有批处理作业提交的功能,这在现有的gposmplocweb服务器版本中是不可用的。


zbMATH参考文献(参考 18篇文章

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  1. 沈一楠;唐继军;郭飞:结合进化和理化信息识别蛋白质亚细胞定位(2019)
  2. 张胜利;段欣:蛋白质亚细胞定位的过采样预测和周氏通用PseAAC(2018)
  3. Shatabda,Swakkhar;Saha,Sanjay;Sharma,Alok;Dezhangi,Abdollah:使用进化和结构特征识别噬菌体蛋白位置(2017年)
  4. 焦亚森;杜步峰:利用周氏伪氨基酸组成的一般形式预测高尔基体驻留蛋白类型:最小冗余最大相关特征选择方法(2016)
  5. 焦亚森;杜步峰:利用伪氨基酸组成预测高尔基体驻留蛋白质类型:基于位置特异性物理化学性质的方法(2016)
  6. Golzari,Fahimeh;Jalili,Saeed:VR-BFDT:蛋白质功能预测的基于方差缩减的二元模糊决策树归纳法(2015)
  7. 万世彪;麦文伟;龚,孙媛:基于套索的可解释人类蛋白质亚细胞定位预测因子(2015)
  8. Lyons,James;Biswas,Neela;Sharma,Alok;Dehangi,Abdollah;Paliwal,Kuldip K.:使用核化动态时间扭曲法通过氨基酸残基对齐进行蛋白质折叠识别(2014)
  9. Tahir,Muhammad;Khan,Asifullah;Kaya,Hüseyin:人类和仓鼠细胞系中的蛋白质亚细胞定位:使用荧光显微镜图像的局部三元模式(2014年)
  10. Yang,Lei;Lv,Yingli;Li,Tao;Zuo,Yongchun;Jiang,Wei:人类蛋白质的亚细胞定位特性(2014)
  11. 黄超;袁景琦:利用周氏假氨基酸组成的三种不同模式预测单位点和多位点蛋白质亚叶绿体位置(2013)
  12. 肖璇;闵建亮;王璞;周国臣:iCDI-PseFpt:用PseAAC和分子指纹识别细胞网络中的通道药物相互作用(2013)
  13. 范国亮;李倩忠:通过将伪平均化学位移纳入周氏伪氨基酸组成的一般形式来预测分枝杆菌蛋白质亚细胞位置(2012)
  14. Jahandideh,Samad;Mahdavi,Abbas:RFCRYS:通过随机森林预测基于序列的蛋白质结晶倾向(2012)
  15. 李涛;李谦忠:利用进化信息和蛋白质骨架结构解释蛋白质中的蛋白质RNA相互作用位点(2012)
  16. 梅素玉:基于PseAAC公式的多标记同源知识转移学习预测植物蛋白质亚细胞多定位(2012)
  17. Mishra,Pooja;Nath Pandey,段落:基于相互信息的Elman RNN蛋白质序列分类(2012年)
  18. 王永翠;任贤文;张春华;邓乃阳;张向孙:从蛋白质相互作用预测的角度研究蛋白质序列中的疑问噪声(2012)