生物模拟器.jl swMATH ID: 28296 软件作者： 阿方索·兰德罗斯（Alfonso Landeros）、蒂莫西·斯图茨（Timothy Stutz）、凯文·凯斯（Kevin L.Keys）、亚历山大·阿列克西恩科（Alexander Alekseyenko）、珍妮特·辛希默（Janet S.Sinsheimer）、肯尼思·兰 描述： BioSimulator.jl：Julia中的随机模拟。具有相互交织的反馈回路的生物系统对数学建模工作提出了挑战。此外，突变和灭绝等罕见事件使系统动力学复杂化。随机模拟算法有助于生成这些系统的时间演化轨迹，因为它们可以充分捕获随机波动的影响并量化罕见事件。我们提出了一个简单灵活的软件包BioSimulator.jl，用于实现Gillespie算法、τ-跳跃以及相关的随机模拟算法。这项工作的目标是为跨领域的科学家提供快速、用户友好的模拟工具。我们使用了高性能编程语言Julia，因为它强调科学计算。我们的软件包实现了一套基于马尔可夫链理论的随机模拟算法。我们能够（a）绘制描述相互作用的Petri网图，（b）绘制每个参与物种随时间的平均轨迹和附加标准偏差，以及（c）生成每个物种在指定时间的频率分布。jl的界面允许用户在Julia中以编程方式构建模型。然后将模型传递给模拟例程以生成模拟数据。内置工具允许可视化结果和计算摘要统计信息。我们的例子突出了我们的软件对生态、系统生物学、化学和遗传学等不同复杂性系统的广泛适用性。BioSimulator.jl的用户友好特性鼓励使用随机模拟，最大限度地减少繁琐的编程工作，并减少模型规范过程中的错误。 主页： https://arxiv.org/abs/1811.12499 依赖项： 朱莉娅 关键词： arXiv_q-bio.QM;arXiv_路径。DS公司;朱莉娅;随机模拟;生物系统;Gillespie算法;arXiv_发布 相关软件： 微分方程.jl;朱莉娅;DiffEqFlux流量;通量;GR框架;肾上腺素;Plots.jl图;MLJ公司;分配.jl;R（右）;数据框架.jl;EpiILMCT公司;EpiILM;代理.jl;病原体.jl;JuMP公司;libSBML（库SBML）;科帕西;斯莫尔丁;生物净发电 引用于： 0个文档 标准条款 1出版物描述软件 年份 BioSimulator.jl：Julia中的随机模拟arXiv公司阿方索·兰德罗斯（Alfonso Landeros）、蒂莫西·斯图茨（Timothy Stutz）、凯文·凯斯（Kevin L.Keys）、亚历山大·阿列克西恩科（Alexander Alekseyenko）、珍妮特·辛希默（Janet S.Sinsheimer）、肯尼思·兰 2018