×

病原体.jl

swMATH ID: 31966
软件作者: 贾斯汀·安格瓦雷(Justin Angevare)、泽尼·冯(Zeny Feng)、罗伯·迪尔登(Rob Deardon)
描述: 用Julia对传染病传播网络进行建模。Julia是一种现代编程语言,它增加了高性能计算的可访问性。我们利用Julia的特性为计算密集型流行病模型创建高性能包。具体来说,我们引入Pathogen.jl来模拟和推断传输网络个人级模型(TN-ILMs),这是Deardon等人(2010)个人级模型框架的扩展。TN-ILM可用于通过MCMC在贝叶斯框架内联合推断传输网络、事件时间和模型参数。我们详细介绍了针对TN-ILM进行MCMC的具体策略,以及这些策略在Pathogen.jl中的实现,最后提供了一个使用Pathogen.jl模拟易感感染(SIR)TN-ILMs之后的流行病的示例,然后使用该流行病生成的观察结果进行推断。
主页: https://arxiv.org/abs/2002.05850
源代码:  https://github.com/jangevaare/Pathogen.jl
依赖项: 朱莉娅
关键词: 应用;arXiv_状态.AP;流行病;个体水平模型;传输网络;贝叶斯主义者;朱莉娅
相关软件: 朱莉娅;分数DiffEq.jl;FdeSolver软件;Matlab公司;Optim公司;图灵;FOTF工具箱;DiffEqFlux流量;通量;GR框架;肾上腺素;Plots.jl图;MLJ公司;分配.jl;R(右);数据帧.jl;EpiILMCT公司;EpiILM;代理.jl;生物模拟器.jl
引用于: 0个文档

标准条款

1出版物描述软件 年份
用Julia建立传染病传播网络模型arXiv公司
贾斯汀·安格瓦雷(Justin Angevare)、泽尼·冯(Zeny Feng)、罗伯·迪尔登(Rob Deardon)
2020