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数据库SNP 短遗传变异

欢迎阅读参考SNP(rs)报告

所有等位基因都在前进方向。单击变量详细信息选项卡有关基因组位置、基因和氨基酸变化的详细信息。HGVS名称位于HGVS选项卡.

参考SNP(rs)报告

此页面报告来自新重新设计的dbSNP构建的单个dbSNP参考SNP变体(RefSNP或rs)的数据。
页面顶部报告了rs的简要摘要,下面相应的选项卡中包含了更具体的详细信息。
所有等位基因均为正向。使用基因组视图检查变体两侧的核苷酸及其相邻的核苷酸。
有关更多信息,请参阅帮助文档.

1580卢比

当前版本156

已发布2022年9月21日

有机体
智人
职位
电话:5:77428144(GRCh38.第14页)帮助

此RefSNP的锚定位置。包括所有可能受此变化影响的核苷酸,因此它可能不同于右移的HGVS。请参见在这里了解详细信息。

等位基因
T> A类
变体类型
SNV公司单核苷酸变异
频率
A=0.005115(1354/264690,TOPMED)
A=0.005646(792/140274,GnomAD)
A=0.00683(129/18890,ALFA)(+还有9个)
A=0.0023(15/6404,1000G_30x)
A=0.0024(12/5008,1000G)
A=0.0069(31/4480,爱沙尼亚语)
A=0.0117(45/3854,美国太平洋银行)
A=0.0105(39/3708,TWINSUK)
A=0.009(1998年9月,荷兰政府)
A=0.002(1/600,瑞典北部)
A=0.003(1/328,HapMap)
A=0.005(1/216,卡塔尔)
临床意义
在中报告ClinVar公司
基因:后果
PDE8B:3 Prime UTR变体
出版物
0引用
基因组视图
请参阅上的基因组

ALFA等位基因频率
ALFA项目提供了dbGaP的总等位基因频率。有关该项目的更多信息第页包括描述、数据访问和使用条款。

发布版本: 20230706150541
人口 样本大小 参考通道 Alt Allele(Alt通道)
总计 全球的 18890 温度=0.99317 A=0.00683
欧洲的 附属的 14286 T=0.99160 A=0.00840
非洲的 附属的 2946 T=0.9990 A=0.0010
非洲其他国家 附属的 114 T=1.000 A=0.000
非裔美国人 附属的 2832 T=0.9989 A=0.0011
亚洲的 附属的 112 T=1.000 A=0.000
东亚 附属的 86 T=1.00 A=0.00
其他亚洲人 附属的 26 T=1.00 A=0.00
拉丁美洲1 附属的 146 T=1.000 A=0.000
拉丁美洲2 附属的 610 T=0.997 A=0.003
南亚 附属的 98 T=1.00 A=0.00
其他 附属的 692 T=0.994 A=0.006


帮助

频率选项卡显示了各种研究和人群报告的参考和替代等位基因频率表。表中的行,其中Population=“Global”指整个研究人群,而行,其中Group=“Sub”指研究特定的人群亚组(即AFR、CAU等)(如果可用)。交替等位基因(Alt allele)的频率是观察到的样本与总数的比率,其中分子(观察到的样品)是研究中存在次要等位基因的染色体数量(见“样本大小”,其中组=“Sub”),分母(总样本)是变体研究中所有染色体的总数(见“样本大小”,其中Group=“study-wide”,Population=“Global”)。

下载
书房 人口 样本大小 参考通道 Alt Allele(Alt通道)
TopMed公司 全球的 研究范围 264690 T=0.994885 A=0.005115
gnomAD-基因组 全球的 研究范围 140274 T=0.994354 A=0.005646
gnomAD-基因组 欧洲的 附属的 75946 T=0.99163 A=0.00837
gnomAD-基因组 非洲的 附属的 42068 T=0.99824 A=0.00176
gnomAD-基因组 美国人 附属的 13652 T=0.99531 A=0.00469
gnomAD-基因组 德系犹太人 附属的 3324 T=0.9976 A=0.0024
gnomAD-基因组 东亚 附属的 3132 T=1.0000 A=0.0000
gnomAD-基因组 其他 附属的 2152 T=0.9954 A=0.0046
等位基因频率聚合器 总计 全球的 18890 温度=0.99317 A=0.00683
等位基因频率聚合器 欧洲的 附属的 14286 T=0.99160 A=0.00840
等位基因频率聚合器 非洲的 附属的 2946 T=0.9990 A=0.0010
等位基因频率聚合器 其他 附属的 692 T=0.994 A=0.006
等位基因频率聚集器 拉丁美洲2 附属的 610 T=0.997 A=0.003
等位基因频率聚合器 拉丁美洲1 附属的 146 T=1.000 A=0.000
等位基因频率聚合器 亚洲的 附属的 112 T=1.000 A=0.000
等位基因频率聚合器 南亚 附属的 98 T=1.00 A=0.00
1000基因组_30x 全球的 研究范围 6404 T=0.9977 A=0.0023
1000基因组_30x 非洲的 附属的 1786 T=0.9989 A=0.0011
1000基因组_30x 欧洲 附属的 1266 T=0.9953 A=0.0047
1000基因组_30x 南亚 附属的 1202 T=0.9992 A=0.0008
1000基因组_30x 东亚 附属的 1170 T=1.0000 A=0.0000
1000基因组_30x 美国人 附属的 980 T=0.994 A=0.006
1000基因组 全球的 研究范围 5008 T=0.9976 A=0.0024
1000基因组 非洲的 附属的 1322 T=0.9992 A=0.0008
1000基因组 东亚 附属的 1008 T=1.0000 A=0.0000
1000基因组 欧洲 附属的 1006 T=0.9940 A=0.0060
1000基因组 南亚 附属的 978 T=0.999 A=0.001
1000基因组 美国人 附属的 694 T=0.994 A=0.006
爱沙尼亚人口的遗传变异 爱沙尼亚语 研究范围 4480 T=0.9931 A=0.0069
雅芳父子纵向研究 父母和孩子科霍特 研究范围 3854 T=0.9883 A=0.0117
英国10K研究-双胞胎 双胞胎COHORT 研究范围 3708 温度=0.9895 A=0.0105
荷兰基因组第5版 荷兰基因组 研究范围 998 T=0.991 A=0.009
瑞典北部 ACPOP公司 研究范围 600 T=0.998 A=0.002
人类基因组单体型图 全球的 研究范围 328 T=0.997 A=0.003
人类基因组单体型图 非洲的 附属的 120 T=1.000 A=0.000
人类基因组单体型图 美国人 附属的 120 T=0.992 A=0.008
人类基因组单体型图 亚洲的 附属的 88 T=1.00 A=0.00
卡塔尔 全球的 研究范围 216 T=0.995 A=0.005
帮助

Variant Details(变量详细信息)选项卡显示基因组序列上的已知变量位置:染色体(NC_)、RefSeqGene、假基因或基因组区域(NG_),并在单独的表中显示:转录物(NM_)和蛋白质序列(NP_)。相应的转录物和蛋白质位置列在相邻行中,以及分子后果序列本体当没有蛋白质放置时,只列出转录本。“Codon[氨基酸]”列显示了“Reference>Alternate”等位基因格式中的实际碱基变化,包括转录物中的核苷酸密码子变化和蛋白质中的氨基酸变化,允许已知的核糖体滑移位点。要查看与变体相邻的核苷酸,请使用页面底部的基因组视图-放大序列,直到变体周围的核苷酸可见。

基因组植入
序列名称 更改
GRCh38.p14第5页 NC_ 000005.10:g.77428144T>A
GRCh37.p13第5页 NC_ 000005.9:g.76723969T>A
PDE8B参考序列基因 NG_023364.2:g.252893T>A
基因:PDE8B型,磷酸二酯酶8B(加股)
分子类型 更改 氨基酸[密码子] SO术语
PDE8B转录物变体11 NM_001349753.2:约*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体6 NM_001349748.3:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体23 NM_001376073.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体15 NM_001376065.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体18 NM_001376068.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录物变体25 NM_001376075.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体16 NM_001376066.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体4 NM_001029853.4:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体17 NM_001376067.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体8 NM_001349750.3:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体24 NM_001376074.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录物变体9 NM_001349751.3:c.*1676= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体14 NM_001376064.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变体
PDE8B转录变体21 NM_001376071.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体2 NM_001029854.4:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体5 NM_001029852.4:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体10 NM_001349752.3:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体12 NM_001376062.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变体
PDE8B转录变体19 NM_001376069.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体22 NM_001376072.1:c.*1676= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体3 NM_001029851.4:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体20 NM_001376070.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体7 NM_001349749.3:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体1 NM_003719.5:约1590= 不适用 3 Prime UTR变体
PDE8B转录变体13 NM_001376063.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X1 XM_006714726.4:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X2 XM_011543699.4:约1676= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X3 XM_011543700.4:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X4 XM_047417852.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X5 XM_047417853.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X6 XM_047417854.1:c.*1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X7 XM_047417855.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X8 XM_047417856.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
PDE8B转录变体X9 XM_047417857.1:约1590= 不适用 3 Prime UTR变量
帮助

“临床意义”选项卡显示以下列表临床意义ClinVar中与每个等位基因变异相关的条目。点击RCV加入(即。RCV000001615.2型)或通道ID(即。12274)访问完整的ClinVar报告。

等位基因:A(等位基因ID:298071)
ClinVar加入 疾病名称 临床意义
参考编号000390818.3 常染色体显性纹状体神经变性1型 温和的
帮助

别名选项卡显示HGVS名称,表示每个等位基因在基因组、转录物和蛋白质序列上的变异位置和等位基因变化。HGVS名称是用于报告序列加入和版本、序列类型、位置和等位基因变化的表达式。“注释”列可以有两个值:“diff”表示HGVS名称中报告的位置参考等位基因(变异间隔)与其他HGVSs名称中报告参考等位蛋白之间存在差异,以及“rev”是指HGVS名称中报告的位置处该变化间隔的序列与其他未标记为“rev”的HGVS名称中该变化的序列方向相反。

安置 T型= A类
GRCh38.p14第5页 NC_ 000005.10:g.77428144= NC_ 000005.10:g.77428144T>A
GRCh37.p13第5页 NC_ 000005.9:g.76723969= NC_ 000005.9:g.76723969T>A
PDE8B参考序列基因 NG_023364.2:图252893= NG_023364.2:g.252893T>A
PDE8B转录变体1 NM_003719.5:约1590= NM_003719.5:c.*1590T>A
PDE8B转录变体1 NM_003719.4:约1590= NM_003719.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体1 NM_003719.3:约1590= NM_003719.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体4 NM_001029853.4:c.*1590= NM_001029853.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体4 NM_001029853.3:约1590= NM_001029853.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体4 NM_001029853.2:c.*1590= NM_001029853.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体2 NM_001029854.4:c.*1590= NM_001029854.4:c.*1590T>A
PDE8B转录物变体2 NM_001029854.3:约1590= NM_001029854.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体2 NM_001029854.2:约1590= NM_001029854.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体5 NM_001029852.4:c.*1590= NM_001029852.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体5 NM_001029852.3:约1590= NM_001029852.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体5 NM_001029852.2:约1590= NM_001029852.2:c.*1590T>A
PDE8B转录物变体3 NM_001029851.4:约1590= NM_001029851.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体3 NM_001029851.3:约1590= NM_001029851.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体3 NM_001029851.2:约1590= NM_001029851.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体7 NM_001349749.3:c.*1590= NM_001349749.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体7 NM_001349749.2:c.*1590= NM_001349749.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体7 NM_001349749.1:约1590= NM_001349749.1:c.*1590T>A
PDE8B转录物变体6 NM_001349748.3:c.*1590= NM_001349748.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体6 NM_001349748.2:c.*1590= NM_001349748.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体6 NM_001349748.1:c.*1590= NM_001349748.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体9 NM_001349751.3:c.*1676= NM_001349751.3:c.*1676T>A
PDE8B转录变体9 NM_001349751.2:c.*1676= NM_001349751.2:c.*1676T>A
PDE8B转录变体9 NM_001349751.1:c.*1676= NM_001349751.1:c.*1676T>A
PDE8B转录变体8 NM_001349750.3:c.*1590= NM_001349750.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体8 NM_001349750.2:c.*1590= NM_001349750.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体8 NM_001349750.1:c.*1590= NM_001349750.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体10 NM_001349752.3:c.*1590= NM_001349752.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体10 NM_001349752.2:约*1590= NM_001349752.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体10 NM_001349752.1:约1590= NM_001349752.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体11 NM_001349753.2:约*1590= NM_001349753.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体11 NM_001349753.1:c.*1590= NM_001349753.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体13 NM_001376063.1:c.*1590= NM_001376063.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体14 NM_001376064.1:c.*1590= NM_001376064.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体17 NM_001376067.1:c.*1590= NM_001376067.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体18 NM_001376068.1:c.*1590= NM_001376068.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体15 NM_001376065.1:c.*1590= NM_001376065.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体12 NM_001376062.1:c.*1590= NM_001376062.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体16 NM_001376066.1:c.*1590= NM_001376066.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体25 NM_001376075.1:c.*1590= NM_001376075.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体19 NM_001376069.1:约1590= NM_001376069.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体22 NM_001376072.1:c.*1676= NM_001376072.1:c.*1676T>A
PDE8B转录变体20 NM_001376070.1:约1590= NM_001376070.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体21 NM_001376071.1:c.*1590= NM_001376071.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体23 NM_001376073.1:c.*1590= NM_001376073.1:c.*1590T>A
PDE8B转录物变体24 NM_001376074.1:c.*1590= NM_001376074.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X1 XM_006714726.4:c.*1590= XM_006714726.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X1 XM_006714726.3:c.*1590= XM_006714726.3:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X6 XM_006714726.1:c.*1590= XM_006714726.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X2 XM_011543699.4:约1676= XM_011543699.4:c.*1676T>A
PDE8B转录物变体X4 XM_011543699.2:约*1676= XM_011543699.2:c.*1676T>A
PDE8B转录变体X3 XM_011543700.4:c.*1590= XM_011543700.4:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X6 XM_011543700.2:c.*1590= XM_011543700.2:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X7 XM_047417855.1:约1590= XM_047417855.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X9 XM_047417857.1:约1590= XM_047417857.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X8 XM_047417856.1:约1590= XM_047417856.1:c.*1590T>A
PDE8B转录物变体X6 XM_047417854.1:c.*1590= XM_047417854.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X5 XM_047417853.1:约1590= XM_047417853.1:c.*1590T>A
PDE8B转录变体X4 XM_047417852.1:约1590= XM_047417852.1:c.*1590T>A
帮助

Submissions选项卡显示最初提交给dbSNP的变体,现在支持这个RefSNP集群。当提交首次出现时,我们显示提交者句柄、提交标识符、日期和内部版本号。直接提交给dbSNP的Submission ID采用ss-prefixed number(ss#)的形式。表中列出了其他支持变量,但没有ss#。

25 SubSNP,12频率,1个ClinVar提交
提交人 提交ID 日期(制造)
1 武警部队 不锈钢1605 2000年9月19日(36)
2 1000个基因组 ss332561038号 2011年5月9日(134)
EVA-CONL公司 第981715794号标准 2014年8月21日(142)
4 1000个基因组 ss1315667889号 2014年8月21日(142)
5 EVA_DECODE(蒸发排放_记录) 编号1591235345 2015年4月1日(144)
6 EVA_UK10K_ALSPAC公司 ss1613190774号 2015年4月1日(144)
7 EVA_UK10K_TWINSUK公司 第1656184807号标准 2015年4月1日(144)
8 WEILL_CORNELL_DGM公司 编号1924972455 2016年2月12日(147)
9 人_经久耐用 密码2274880535 2016年12月20日(150)
10 GNOMAD公司 ss2826283761号 2017年11月8日(151)
11 瑞典 ss2997169857号 2017年11月8日(151)
12 CSHL公司 ss3346452935号 2017年11月8日(151)
13 伊利诺伊州 第3625876056号不锈钢 2018年10月12日(152)
14 EGCUT_WGS系统 ss3665048690号 2019年7月13日(153)
15 EVA_DECODE(蒸发排放_记录) 第3714960392页 2019年7月13日(153)
16 ACPOP公司 ss3732479841号 2019年7月13日(153)
17 TOPMED公司 ss4664966522号 2021年4月26日(155)
18 1000G_高_覆盖 第5264481239页 2022年10月17日(156)
19 经济增加值 ss5358489108号 2022年10月17日(156)
20 HUGCELL_USP(轮毂) ss5462602573号 2022年10月17日(156)
21 1000G_高_覆盖 ss5548393133号 2022年10月17日(156)
22 SANFORD_IMAGENETICS公司 ss5638095084号 2022年10月17日(156)
23 经济增加值 不锈钢5835121914 2022年10月17日(156)
24 经济增加值 ss5894758296号 2022年10月17日(156)
25 经济增加值 编号:5966526696 2022年10月17日(156)
26 1000基因组 NC_ 000005.9-76723969 2018年10月12日(152)
27 1000基因组_30x NC_000005.10至77428144 2022年10月17日(156)
28 雅芳父子纵向研究 NC_ 000005.9-76723969 2018年10月12日(152)
29 爱沙尼亚人口的遗传变异 NC_ 000005.9-76723969 2018年10月12日(152)
30 gnomAD-基因组 NC_000005.10-77428144 2021年4月26日(155)
31 荷兰基因组第5版 NC_ 000005.9-76723969 2020年4月26日(154)
32 人类基因组单体型图 NC_000005.10-77428144 2020年4月26日(154)
33 瑞典北部 NC_ 000005.9-76723969 2019年7月13日(153)
34 卡塔尔 NC_ 000005.9-76723969 2020年4月26日(154)
35 TopMed公司 NC_000005.10-77428144 2021年4月26日(155)
36 英国10K研究-双胞胎 NC_ 000005.9-76723969 2018年10月12日(152)
37 ALFA公司 NC_000005.10-77428144 2021年4月26日(155)
38 ClinVar公司 RCV000390818.3号机组 2022年10月17日(156)
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“历史记录”选项卡显示了以前版本(内部版本)中的RefSNP(关联ID),这些版本现在支持当前RefSNP,以及更新每个关联ID(历史记录更新)的历史记录的日期。

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提交ID 观察SPDI公司 标准SPDI公司 源RSID
编号1591235345 NC_ 000005.8:76759724:电话:A 新币000005.10:77428143:T:A (自我)
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不锈钢1605 NT_006713.15:27318327:电话:A NC_000005.10:77428143:电话:A (自我)
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