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核酸研究。1991年12月11日;19(23): 6565–6572.
数字对象标识:10.1093/nar/19.23.6565
预防性维修识别码:PMC329220型
PMID:1754394

用于数据库搜索的蛋白质块的自动组装。

摘要

描述了一个系统,用于查找和组装相关蛋白质的最保守区域,以进行数据库搜索。首先,Smith算法的自动版本用于寻找基序,用于多个局部比对的灵敏检测。接下来,将局部路线转换为块,并确定最佳的非重叠块集。当自动系统连续应用于PROSITE目录中所有437组相关蛋白时,产生1764个区块;这些可以用于对序列数据库进行非常敏感的搜索。通过搜索SWISS-PROT数据库来校准每个块,以获得匹配的机会分布度量,并将校准的块连接到一个本身可以搜索的数据库中。提供了使用一组块搜索序列数据库或使用序列搜索块数据库来检测远距离关系的示例。通过检测氧化还原酶之间先前未知的关系以及评估HIV Vif蛋白和硫醇蛋白酶之间的拟议关系,证明了区块数据库的实际应用。

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选定的引用

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文章来自核酸研究由以下人员提供牛津大学出版社