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比较研究
.1987年12月20日;198(4):567-77.
doi:10.1016/0022-2836(87)90200-2。

用一致序列检测远缘相关蛋白的同源性

附属公司
比较研究

用一致序列检测远缘相关蛋白的同源性

L帕蒂. 分子生物学杂志. .

摘要

描述了一种适用于检测蛋白质家族中远亲成员的简单协议。在这个过程中,使用一致序列的相似性来区分偶然相似性和因共同祖先而产生的相似性。共有序列是由一个蛋白质家族的已建立成员的序列构建的,它包含了该家族蛋白质折叠的特征:保守残基、可变和保守片段的模式、间隙的优选位置等。用共有序列搜索数据库,使用酉矩阵或对数优势矩阵对比对进行评分,并使用可变间隙惩罚。该方法的优点是,它对关键残差进行加权,忽略可变片段中的序列相似性(从而部分消除了来自偶然相似性的“背景噪声”),将破坏保守片段的间隙与发生在已知可容忍间隙事件的位置的间隙区分开来。在蛋白家族与补体B的内部重复序列以及在成纤维细胞蛋白聚糖PG40中鉴定的内部重复片段同源的情况下,证明了该方法的实用性。一致序列法成功地发现了一些早期序列比较方法无法检测到的这些蛋白家族的新成员。

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