记忆
混合嵌套效应模型
生物导体版本：释放（3.18）
混合嵌套效应模型（mnem）是嵌套效应模型的一个扩展，允许分析诸如Perturb-Seq（Dixit等人，2016）或Crop-Seq（Datlinger等人，2017）等方法提供的单细胞扰动数据。在这些实验中，许多细胞中的每一个都受到特定基因敲除的干扰，也就是说，几个细胞受到基因a敲除的扰动，几个细胞受基因B敲除的影响。。。等等。观察到的读数必须是多性状的，在Perturb-/Crop-Seq基因的情况下，是每个细胞的表达谱。mnem使用混合模型将细胞群同时聚类为k个簇，并推断k个网络因果连接每个簇的受扰基因。通过期望最大化算法推断混合物成分。
作者：马丁·皮尔克
维护人员：马丁·皮尔克（Martin Pirkl）
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“mnem”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,CRISPR公司,脱氧核糖核酸序列,基因表达式,网络,网络推理,路径,池式屏幕,RNA序列,单个单元格,软件,系统生物学 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.9（R-3.6）（5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
集群，图表,Rgraphviz公司，flexclust，lattice，naturalsort，雪花，stats4，tsne，方法，图形，stats，utils，林诺姆、data.table、Rcpp、RcppEigen、matrixStats、grDevices、e1071、ggplot2、wesanderson |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/cbg-ethz/mnem/ |
| 错误报告 |
https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues网站 |
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程序包档案
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