dce公司

基于差异因果效应的路径丰富

生物导体版本：释放（3.18）

计算（生物）网络上的差异因果效应（dce）。给定两个基因a和B的对照实验和非对照（例如癌症）的观察样本，我们可以用（广义）线性回归计算差异因果效应。如果对照样品中基因A对基因B的因果效应不同于非对照样品中的因果效应，则dce将不同于零。我们通过包含来自路径数据库（如KEGG）的先前网络信息来规范dce计算。

作者：金·菲利普·贾布隆斯基，马丁·皮尔克[aut]

维护人员：金·菲利普·贾布隆斯基（Kim Philipp Jablonski）<Kim.Philipp.Jablonski at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“dce”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“dce”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“dce”）

开始	HTML格式	R脚本
路径网络数据库概述	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	差异表达式,基因表达式,图形和网络,KEGG公司,网络,网络丰富,回归,软件,统计方法
版本	1.10.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.1）
进口	统计、方法、资产，图表，pcalg，purrr，tidyverse，矩阵，ggraph，tidygraph，ggplot2，rlang，expm，MASS，边缘R,epiNEM公司，语法，元，记忆，自然排序，ppcor，glm2，石墨、重塑2、dplyr、magrittr、胶水、，Rgraphviz公司、和声、，组织Hs.eg.db，记录器，阴影文本
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/cbg-ethz/dce
错误报告	https://github.com/cbg-ethz/dce/issues

建议	knitr、rmarkdown、testtat（>=2.1.0），仿生风格、formatR、cowplot、ggplotify、dagitty、lmtest、三明治、开发工具，管理的TCGA数据,TCGAutils公司,总结性实验、RcppParallel、docopt、，狂欢节
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	dce_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	dce_1.10.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	dce_1.10.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	dce_1.10.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dce
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/dce
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dce网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/dce/
软件包下载报告	下载统计信息