病原体统计
PathoStat统计微生物组分析包
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包的目的是对测序数据样本的宏基因组结果进行统计微生物组分析。特别是，它支持对PathotScope生成的报告文件进行分析。PathoStat提供各种功能，包括相对丰度图、多样性估计和绘图、差异丰度测试、时间序列可视化和核心OTU分析。
作者：索拉亚潘·马尼马兰（Soliappan Manimaran_1975 at hotmail.com>）、马修·本达尔（Matthew Bendall）（Bendall at gwmail.gwu.edu>）、桑德罗·瓦伦苏埃拉·迪亚兹（Sandro Valenzela Diaz）（sandrolvalenzuelad at gmail.com]）、爱德华多·卡斯特罗（Eduardo Castro）（castronallar at gmail.com）、泰勒·费茨（Tyler Faits）（tfaits at gmail.com/>）、岳照（Yue Zhao）（jasonzhao0307 at gmail.com>。埃文·约翰逊（Evan Johnson）<wej at bu.edu>
维护人员：Solaiappan Manimaran＜Manimaran_1975在hotmail.com>，Yue Zhao＜jasonzhao0307在gmail.com>
引文（从R中输入引文（“PathoStat”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“PathotStat”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“PathoStat”）
细节
| 生物视图 |
图形和网络,免疫肿瘤学,基因组,微阵列,微生物组,模式逻辑,主要组件,RNA序列,排序,软件,可视化 |
| 版本 |
1.30.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.5） |
| 进口 |
利马、corpcor、matrixStats、reformate2、scales、ggplot2、rentrez、DT、tidyr、plyr、dplyr、，品学兼优，闪亮，统计数据，方法，XML，图形，实用工具，仿生风格,边缘R,DESeq2公司,复杂热图、plotly、webshot、vegan、shinyjs、glmnet、gmodels、ROCR、RColorBrewer、knitr、devtools、ape |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/mani2012/PathoStat网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/mani2012/PathoStat/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
rmarkdown，测试 |
| 链接到 |
|
| 增强 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
|
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
