PDATK（掌上电脑）
胰腺导管腺癌工具包
生物导体版本：释放（3.19）
胰腺导管腺癌（PDA）预后相对较差，是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类有可能识别有意义的亚型，从而为临床治疗策略提供信息。胰腺癌-腺癌工具包（PDATK）提供了一个基于S4类的界面，用于执行无监督的亚型发现、跨队列荟萃聚类、基于基因表达的分类和随后的生存分析，以确定胰腺癌及其他对预后有用的亚型。基于共识的荟萃聚类和总体生存预测分别采用了胰腺癌共识亚型（CSPC）和胰腺癌总体生存预测（PCOSP）两种新方法。此外，还包括四个已发布的亚型分类器和三个已发布预测基因签名，使用户可以轻松地重新创建已发布的结果，将现有分类器应用于新数据，并对新方法的相对性能进行基准测试。使用现有的Bioconductor类作为所有PDATK类和方法的输入，可以与现有的Bioconductor数据集集成，包括MetaGxPancreas数据包中可用的21个胰腺癌患者队列。PDATK已用于复制Sandhu等人（2019年）的结果[https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]另外一篇论文正在使用CSPC验证包含的已发布分类器中的子类型，这两个分类器都使用MetaGxPancreas中的可用数据。将这些和其他出版物中的亚型质心和预后基因特征包括在内，将使研究人员和临床医生能够对新的患者基因表达数据进行分类，从而可以直接临床应用PDATK中包含的分类器。总的来说，PDATK提供了一套丰富的工具来识别和验证基于基因表达数据的有用的预后和分子亚型，将新分类器与现有分类器进行基准比较，并将发现的分类器应用于新的患者数据，以便为临床决策提供信息。
作者：Vandana Sandhu[aut]、Heewon Seo[aut]、Christopher Eeles[aut'、Neha Rohatgi[ctb]、Benjamin Haibe-Kains[aut，cre]
维护人员：本杰明·海贝-凯恩斯（Benjamin Haibe.Kains）
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“PDATK”）
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