对齐工具

AltAVist公司-AltAVist：备选路线可视化工具

ClustalW公司-通用DNA多序列比对程序或蛋白质

数据中心分析-Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment（DCA）是一个用于快速、高质量地同时对氨基酸、RNA或DNA序列进行多序列比对的程序。

对话-DIALIGN是一个基于分段比较的多重对齐程序。

E2G公司-E2G-高效地将大型EST和cDNA集映射到基因组序列。

日本航空公司-跳跃对齐（JAli）是一种比较蛋白质序列与蛋白质家族的对齐方法，由多重对齐表示。它还可以用于敏感蛋白质数据库搜索。算法是]史密斯-沃特曼算法的推广。

OMA公司-OMA是用于优化序列对齐的C++类库

PoSSuM搜索没有可用的描述

PoSSuM搜索2-通过PSSM族模型的搜索空间缩减，HMM数据库搜索速度显著提高

SWIFT套装-SWIFT套装是用于快速基于索引的序列比较的软件集合。