而标准对齐方法依赖于论比较单一的残留物和强加缺口处罚，DIALIGN通过比较构建成对和多重对齐整个的部分序列的。没有使用间隙惩罚。这种方法可用于全局和局部对齐，但在以下方面尤其成功序列只共享的情况地方的同源性。

程序的最新版本，直径-TX，如所述Subramanian语et（等）阿尔。(2008),算法分子生物学。3:6.A网络此程序的服务器位于哥廷根生物信息学计算服务器（GOBICS）.用于多重对齐的web服务器使用用户定义的约束（定位点），如所述摩根斯坦et（等）阿尔。(2006),算法分子生物学。1:6也是可通过GOBICS获得。

在过去几年中，DIALIGN已被许多研究人员成功用于排列基因组序列; 一些突破性的发现是基于这些排列。我们建立了一个多个WWW服务器基因组序列比对使用Mike Brudno的程序CHAOS和DIALIGN在GOBICS，参见布鲁德诺等。（2004）中，努克。酸。物件。32：W41-W44.