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在未结合蛋白质-蛋白质对接中，两种蛋白质的复合物可以使用蛋白质的未结合构象（Halperin等人，2002年）。用于对接测试算法，两个形成已知复合物的未结合蛋白质必须被识别，所以对接算法的结果可以与已知的复杂度进行比较。对于测试用例的识别，必须对从PDB中提取的结构进行分类作为非结合蛋白或复合物和具有100%序列一致性的非结合蛋白必须搜索一个复杂的部分。到目前为止，大多数小组都使用手工挑选的测试集。这个Chen等人描述了迄今为止使用的最大的测试用例集合。（Chen等人，2003）并包含31个未绑定对接的测试用例。由于PDB中可用的蛋白质结构，测试用例的自动生成将成为在未来越来越重要。