BiBiServ2-MGA公司

动机

为了能够直接比较足够相似的生物体的基因组DNA序列，迫切需要能够比对两个以上基因组序列的软件工具。

结果

我们开发了新的算法和软件工具“多基因组比对器”（简称MGA）高效计算大型、，密切相关的DNA序列。例如，它可以对齐85%的完成在159秒内对六种人类腺病毒（平均长度35305bp）的基因组进行分析。对齐三株大肠杆菌74%的完整基因组（长度：5528445；5498450；4639221 bp）30分钟内完成。

可利用性

非商业研究机构可免费使用MGA软件。

新结果

我们通过合并更快的链接算法改进了MGA。这减少了对齐所需的时间将三株大肠杆菌培养至不到21分钟。六种人类腺病毒可以在142秒。此外，使用新参数（-l 10 7 5 4），MGA现在能够在198秒内调整92%。