标签：NCBI原核基因组注释管道（PGAP）

NCBI的读取汇编和注释管道工具（RAPT）将于2024年12月退役

截至2024年12月，NCBI的试点工具，阅读装配和注释管道工具（RAPT）将不再可用。

我们鼓励您查看NCBI的组装和注释工具套件，包括基因组组装器SKESA公司，分类赋值工具ANI公司和原核基因组注释管道(PGAP公司).

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请随时联系我们的服务台info@ncbi.nlm.nih.gov如果你有任何问题或担忧。

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）16.0版现已推出！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）16.0版现已推出！

下载16.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型（HMM）原核基因组注释管道（PGAP）! 使用HMMER序列分析包.

有什么新功能？

版本16.0包含：

  • NCBI维护的17078 HMM
  • 自15.0版以来，共有406个新HMM
  • NCBI HMM和相应HMM之间的GO术语口译在大量HMM上对条目进行了比较和评估，并进行了更新（新增：307条；删除：39条；更新：1482条）。 

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NCBI隐马尔可夫模型（HMM）15.0版现已推出！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）15.0版现已推出！

下载15.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型（HMM）原核基因组注释管道（PGAP）！使用HMMER序列分析包裹。

有什么新功能？

15.0版包含：

  • NCBI维护的16667个HMM
  • 自14.0版以来的279个新HMM
  • 数百个HMM具有更好的名称、EC编号、基因本体（GO）术语、基因符号或出版物。 

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NCBI隐马尔可夫模型（HMM）13.0版现已推出！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）13.0版现已推出！

NCBI蛋白质谱13.0版本原核基因组注释管道（PGAP）现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能？

13.0版本包含：

  • NCBI维护的16143个HMM
  • 自12.0版以来，共有315个新HMM
  • 286个HMM，有更好的名称、EC编号、基因本体（GO）术语、基因符号或出版物

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新增！2023年5月发布独立PGAP

新增！2023年5月发布独立PGAP

我们很高兴宣布发布新版本单机版的原核基因组注释管道（PGAP）具有许多令人激动的新功能。

改进的用户界面

这个版本有一个改进的用户界面，可以直接在命令行上获取基因组FASTA文件和相关的生物体名称。例如，要注释霍乱弧菌Vchol.fasta文件中的基因组序列：

pgap.py-r-g Vchol.fasta-s“霍乱弧菌”-o Vchol.annot

有关更多详细信息，请访问我们的快速入门第页。继续阅读“新的！2023年5月发布的独立PGAP” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）12.0版现已推出！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）12.0版现已推出！

NCBI蛋白质谱12.0版原核基因组注释管道（PGAP）现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能？

12.0版包含：

  • NCBI维护的15849个HMM
  • 自11.0版以来，共有271个新HMM
  • 1248个HMM具有更好的名称、EC编号，基因本体论（GO）术语、基因符号或出版物

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新版本的PGAP现已上市！

PGAP的新版本现已推出！

我们很高兴宣布单机版的新版本原核基因组注释管道（PGAP）。此版本通过使用以下方法提供PGAP注释基因组组装的完整性和污染评估，帮助您解释结果检查M.

CheckM为分类检查（–taxcheck，–auto-correct-tax）提供的物种或返回的物种使用一组谱系特异性基因。完整性越高，污染越低，装配越好！如果担心污染，请尝试FCS-GX公司是一种高灵敏度的工具，用于检测原核和真核基因组组合中的外来污染物。

这个新版本还包含代码更改，可以改进对一些长基因的预测，特别是在低复杂度区域。而且，与每一个版本一样，PGAP都包含了来自蛋白质家族模型集合提高了PGAP的结构和功能注释的精度。

请尝试此新版本并分享你的经历和我们一起！