本指南旨在帮助您快速使用PGAP。如果您有任何问题，请阅读常见问题解答，观看这次网络研讨会或查看其他文件.

要运行PGAP管道，您需要：

• Python（3.6或更高版本），
• 运行Docker的能力（请参阅https://docs.docker.com/install/如果尚未安装）、Singularity或Podman
• 大约100GB的存储空间用于补充数据和工作空间，
• 以及容器使用的每个CPU可用的2GB-4GB内存。
• CPU必须支持SSE 4.2（2008年发布）。

我们的软件开发和大部分测试都是在单个8 CPU 32 GB RAM和16 CPU 64 GB RAM Linux CentOS 7机器上的Docker容器中进行的。我们在非Docker容器（Singularity或Podman）或Mac和Windows机器上执行的经验有限。我们没有资源来帮助解决这些平台或在分布式计算集群上运行PGAP的问题。

打开之前问题，请使用随软件（MG37）分发的生殖支原体基因组测试您的安装，如下所述，以验证您的平台配置是否正确。如果此测试未成功，请尝试重新安装fresh。请同时咨询常见问题解答.

使用以下任一方法下载文件

$curl-其他https://github.com/ncbi/pgap/raw/prod/scripts/pgap.py

或

$wget-O pgap.pyhttps://github.com/ncbi/pgap/raw/prod/scripts/pgap.py

取决于系统安装的实用程序。如果有人这样做不行，试试另一个。

安装管道。默认情况下，它将安装在$主页/.pgap，但可以通过设置环境变量更改此位置PGAP_INPUT_DIR.

$chmod+x pgap.py$ ./pgap.py—更新#下载并提取所需文件

在安装提供的生殖支原体基因组上运行管道：

$ ./pgap.py-r-o mg37_结果-g$主页/.pgap/test_genomes/MG37/ASM2732v1.注释.核苷酸.1.fasta-s'生殖支原体'

输出将位于mg37_结果指定的子目录-o（o）标志。

要使用您自己的基因组来运行此管道，您至少需要基因组的multifasta文件以及相关的生物名称（属或属物种）。

$ ./pgap.py-r-o<结果>-g<快速>-s“<组织名称>”

要生成适合提交给GenBank的注释，需要更多信息，并且您需要提供三个输入文件，所有这些文件都位于同一目录中。有关准备数据的说明，请参阅输入文件第节。

• 基因组的multisata文件
• 包含元数据的YAML文件
• 描述管道输入的YAML文件，包括上述两个文件<generic.YAML>

$ ./pgap.py-r-o<结果><通用.yaml>

要获得完整的选项列表，请使用-小时标志。然而，这里有一些值得注意的选项。