NCBI原核基因组注释管道

NCBI原核生物基因组注释管道旨在注释细菌和古细菌基因组（染色体和质粒）。

基因组注释是一个多层次的过程，包括预测蛋白质编码基因以及其他功能基因组单位，如结构RNA、tRNA、小RNA和假基因。

NCBI开发了一个自动原核生物基因组注释管道将从头算基因预测算法与基于同源性的算法相结合方法。第一个版本的NCBI原核基因组管道已经开发2001年，定期升级以改善结构和功能注释质量(Li W、O'Neill KR等人2021年). 最近改进包括利用策划的蛋白质剖面隐马尔可夫模型（HMM），以及用于蛋白质和酶委员会编号和基因本体术语注释。公告后注释基因集的完整性用检查M.

此处提供的工作流程还提供了确认或纠正生物体的选项在开始注释之前，使用平均核苷酸标识工具.

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要运行PGAP管道，您需要Linux或一些兼容的容器技术CWL（Common工作流语言），以及大约30GB的补充数据。我们提供此处提供了在CWL参考实现下运行的说明，cwlt工具。安装、运行和解释的完整说明结果可以在我们的维基.

通过蛋白质家族模型管理扩展原核基因组注释管道。
Li W、O'Neill KR、Haft DH、DiCuccio M、Chetvernin V、Badretdin A、Coulouris G、Chitsaz F、Derbyshire MK、Durkin AS、Gonzales NR、Gwadz M、Lanczycki CJ、Song JS、Thanki N、Wang J、Yamashita RA、Yang M、Zheng C、Marchler-Bauer A、Thibaud-Nissen F.RefSeq:核酸研究。2021年1月8日；49（D1）:D1020-D1028。

参考序列：原核生物基因组注释和管理的更新。
Haft DH、DiCuccio M、Badretdin A、Brover V、Chetvernin V、O'Neill K、Li W、Chitsaz F、Derbyshire MK、Gonzales NR、Gwadz M、Lu F、Marchler GH、Song JS、Thanki N、Yamashita RA、Zheng C、Thibaud-Nissen F、Geer LY、Marchler-Bauer A、Pruitt KD。
核酸研究2018年1月4日；46（D1）：D851-D860。

NCBI原核基因组注释管道。
Tatusova T、DiCuccio M、Badretdin A、Chetvernin V、Nawrocki EP、Zaslavsky L、Lomsadze A、Pruitt KD、Borodovsky M、Ostell J。
核酸研究2016年8月19日；44(14):6614-24. Epub 2016年6月24日。

使用平均核苷酸身份来改进NCBI原核生物基因组中的分类分配。
Ciufo S、Kannan S、Sharma S、Badretdin A、Clark K、Turner S、Brover S、SchochCL、Kimchi A、DiCuccio M。
国际系统进化微生物学杂志。2018年7月；68(7):2386-2392.

对无铅转录和非典型基因进行建模可以在原核生物中实现更准确的基因预测
Lomsadze A、Gemayel K、Tang S、Borodovsky M。
基因组研究。2018; 28(7):1079-1089.

CheckM：评估从分离物、单细胞和宏基因组中回收的微生物基因组的质量
Parks DH、Imelfort M、Skennerton CT、Hugenholtz P、Tyson GW。
基因组研究。2015; 25(7):1043-1055.

TIGRFAMs：用于蛋白质功能鉴定的蛋白质家族资源。
Haft DH、Loftus BJ、Richardson DL、Yang F、Eisen JA、Paulsen IT、White O。
《核酸研究》，2001年1月1日；29(1):41-3.

蛋白质家族的TIGRFAMs数据库。
Haft DH、Selengut JD、White O。
《核酸研究》，2003年1月1日；31(1):371-3.

TIGRFAM和基因组属性：原核基因组中分子功能和生物过程分配的工具。
Selengut JD、Haft DH、Davidsen T、Ganapathy A、Gwinn-Giglio M、Nelson WC、Richter AR、White O。
核酸研究，2007年1月；35（数据库问题）：D260-4。Epub 2006年12月6日。

2013年的TIGRFAMs和基因组特性。
Haft DH、Selengut JD、Richter RA、Harkins D、Basu MK、Beck E。
《核酸研究》，2013年1月；41（数据库问题）：D387-95。doi:10.1093/nar/gks1234。Epub 2012年11月28日。

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原始TIGRFAM数据库是J.Craig的一个研究项目文特尔研究所（JCVI）。TIGRFAMs，简称The Institute for基因组研究的蛋白质家族数据库是主要关注原核的人工筛选蛋白质家族序列。它由隐马尔可夫模型（HMM）、序列比对，基因本体（GO）术语，酶委员会（EC）编号、基因符号、蛋白质家族名称、描述性文本、，TIGRFAM和其他数据库中相关模型的交叉引用，和指向文献的指针。该工作已在上述参考资料部分中列出的文章以及TIGRFAM数据库必须通过引用这四个属性来授予适当的属性文章。

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