标签:BLAST数据库(BLASTDB)v5

现在可用!使用新的核苷酸数据库加快BLAST搜索

现在可用!使用新的核苷酸数据库加快BLAST搜索

BLAST中的新功能!我们制作更小的核苷酸数据库,帮助您更快更容易地找到所需的序列。你现在可以找到这些数据库主要核苷酸BLAST搜索页面(图1),甚至下载它们(D类数据库:nt_euk(_E),nt_prok(&N),nt_病毒,nt_其他). 这个被隔开生物体类型如真核生物、原核生物、病毒等(包括合成序列)。

图1。主核苷酸BLAST页面的数据库选择部分,选择了“实验数据库”单选按钮。您可以选择一个或多个生物体数据库子集进行搜索。  继续阅读“现在可用!使用新的核苷酸数据库进行更快的BLAST搜索”

调整脚本:FTP站点上BLAST数据库的新排列和命名!

作为我们宣布,的新默认数据库版本爆炸+数据库版本5。为了完成到新版本的转换,我们将修改BLAST上的目录结构和命名约定FTP数据库目录。我们希望在以下方面做出改变2020年2月4日.

下面是我们将要更改的内容的列表:

  1. blastdb目录底部的所有数据库(/爆破/db/)将是dbV5版本。
  2. 版本5数据库将不再将“_v5”作为存档或数据库名称的一部分。
  3. 我们将把dbV4数据库移动到v4子目录(/blast/db/v4/)。
  4. 现在遗留的dbV4数据库归档文件的名称中将包含“_v4”(例如,nr_v4.00.tar.gz);我们不会重命名存档中的文件。
  5. 我们将不再更新dbV4数据库。
  6. 我们将冻结云目录(/爆炸/数据库/云/)2020年1月13日之后没有新条目。
  7. 我们将只提供FASTA目录中的nr、nt、swissprot和pdbaa文件(/爆破/db/FASTA/).

请调整脚本或过程以适应更改!

如果您有任何问题或疑虑,请联系我们.

BLAST+2.10.0现已提供改进的基于合成的统计数据

BLAST+2.10.0版本现在可以从我们的FTP站点。新版本提供了以下改进:

  • 更新了蛋白质-蛋白质(包括翻译的BLAST)比较的基于合成的统计数据,以便在请求少于默认结果数时提供稳定的结果
  • 实验性的基于自适应合成的统计选项,增加了发现新结果的可能性。要启用此选项,请将环境变量ADAPTIVE_CBS设置为1反馈在这个新选项上。

请参阅发行说明有关此版本的更多改进和错误修复的详细信息。

新版本完全支持带有内置分类法和其他改进的版本5(v5)数据库。有关v5数据库的更多信息(下载),请参阅上一个NCBI见解文章记录我们的网络研讨会。如果您仍在使用旧版本4(v4)数据库,我们建议您尽快开始使用v5版本。我们会的2020年初停止更新旧的v4数据库。

蛋白质BLASTDB是基于添加的

版本5 BLAST(数据库版本5)蛋白质数据库现在是基于存取的。您可以访问这些数据库和我们的FTP站点.

正如我们在上一个帖子,这意味着它们现在含有来自NCBI病原体项目以及其他高吞吐量项目。v5数据库还与具有多字符链标识符的PDB结构中的蛋白质兼容,并将在其他蛋白质系统中可用时包括这些蛋白质。只有最新版本的BLAST+(2.9.0下载)将使用更新的v5数据库,并允许您访问所有最新的蛋白质和核苷酸数据。2019年冬季,我们将停止更新第4版BLAST数据库,并提供v5数据库作为默认下载。

此外,makeblastdb将在2019年10月发布的BLAST 2.10.0中更新,因此默认情况下它会创建dbV5格式的数据库。

有关新数据库版本和BLAST+(2.9.0)的更多信息,请参阅前面的NCBI见解文章录音我们最近的网络研讨会。

您尝试过BLAST+(2.9.0)和版本5的BLAST数据库(dbV5)吗?

我们最近更新了第5版BLAST蛋白质数据库(数据库版本5),在我们的FTP站点完全基于访问。正如我们在上一个帖子,这意味着它们现在含有来自NCBI病原体项目以及其他高吞吐量项目。v5数据库还与具有多字符链标识符的PDB结构中的蛋白质兼容,并将在其他蛋白质系统中可用时包括这些蛋白质。只有最新版本的BLAST+(2.9.0下载)将使用更新的v5数据库,并允许您访问所有最新的蛋白质数据。2019年9月底,我们将停止更新第4版BLAST数据库,并提供v5数据库作为默认下载。

有关新数据库版本和BLAST+(2.9.0)的更多信息,请参阅前面的NCBI见解文章记录我们最近的网络研讨会。

2019年5月15日网络研讨会:在独立的BLAST+(2.9.0)和v5数据库中使用分类信息和其他改进

2019年5月15日网络研讨会:在独立的BLAST+(2.9.0)和v5数据库中使用分类信息和其他改进

下周三,2019年5月15日上午11点,NCBI工作人员将向您展示如何使用最新版本的独立BLAST+(2.9.0)和具有内置分类信息的新的基于登录的DBv5数据库。您将了解如何将搜索限制为分类组,以及如何通过分类从数据库检索序列,而无需下载标识符列表。您还将了解BLAST数据库和程序的其他改进,使其与新的PDB标识符和来自病原体检测项目.

日期和时间:2018年5月15日星期三11:00 AM–11:30 AM EDT

注册

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI上查看录制YouTube网站频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程第页。

BLAST+(2.9.0)的最新增强功能:内置分类法和从病原体检测项目获取蛋白质

我们最近对BLAST+应用程序进行了一些改进,充分利用了版本5的BLAST数据库(爆破DBv5),其中包括序列的内置分类信息,不再依赖整数序列标识符(gi编号)。

使用最新版本的BLAST,您现在可以:

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