作者:NCBI员工

新数据可用!在NCBI获取禽流感A(H5N1)病毒序列

新数据可用!在NCBI获取禽流感A(H5N1)病毒序列

序列数据来自牛持续爆发甲型H5N1禽流感病毒现在可以通过NLM的NCBI资源获得NCBI病毒NCBI数据集.

这些数据由美国农业部(USDA),美国疾病控制与预防中心(CDC),的世界卫生组织(WHO),爱荷华州立大学、和圣犹大儿童研究医院继续阅读“新数据可用!访问NCBI上的禽流感A(H5N1)病毒序列”

增加约200万昆虫基因的同源群

增加约200万昆虫基因的同源群

F类ind进化rily相关基因跨越昆虫和其他 节肢动物在我们的新Ortholog网页

NCBI最近发布了一组约200万个昆虫基因的同源基因。现在,您可以通过在中搜索物种和基因名称来查找和访问直向同源基因、转录本和蛋白质NCBI所有数据库,NCBI基因,或NCBI数据集.作为前面描述过,这些正交曲线基于与黑腹果蝇带注释的基因组。使用果蝇属直系生物的基因命名法应能为昆虫和其他节肢动物提供更丰富的基因符号。  继续阅读“增加约200万昆虫基因的同源群”

国际核苷酸数据库合作(INSDC)推出增强型网站

国际核苷酸数据库合作(INSDC)推出增强型网站

旨在扩大INSDC成员并吸引多样化的新成员

国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心(NCBI)和国际核苷酸数据库合作组织(INSDC)的其他创始成员增强了其网站,网址:www.insdc.org,提供关于世界各地利益相关方如何评估其参与INSDC准备情况的综合信息。这一努力支持了INSDC扩大成员范围和吸引合格核苷酸序列数据库的目标。网络内容现在包括正式的创始人安排和成员安排,以及关于INSDC使命、愿景、治理和技术文档的其他更新信息。为此,INSDC鼓励相关方参观这个INSDC网站了解更多信息。继续阅读“国际核苷酸数据库合作组织(INSDC)推出增强型网站”

新增!RefSeq版本224

新增!RefSeq版本224

查看RefSeq 224版,现已推出在线和来自文件传输协议现场。您可以通过以下方式访问RefSeq数据NCBI数据集.

此版本中包括什么?

截至2024年5月6日,此完整版本包含基因组、转录和蛋白质数据,包括:

  • 435879646条记录
  • 324246652蛋白质
  • 62348147个RNA
  • 150742种生物的序列

该版本作为完整的数据集在多个目录中提供,也按逻辑分组进行划分。继续阅读“新建!RefSeq版本224”

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

最近,NCBI病毒SARS-CoV-2变型概述 已移动来自手册自动化流程对于选择定义谱系所需的突变(例如。, 奥米克龙,BA.2、,JN.1号机组等). 通过此次更新,严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型变种概述提供保险范围 全部的SARS-CoV-2型血统并且不再限于只有血统疾病预防控制中心地位. 这个SARS-CoV-2变型概述网站报告分析两者的结果发电厂银行和未装配序列读取存档(SRA公司)序列数据. 允许 查看地理和频率趋势 属于记录分配给Pango血统 搜索序列记录使用血统定义或其他突变(示例如图1所示)  继续阅读“NCBI病毒SARS-CoV-2变种中现已提供自动世系定义概述”

NCBI病原检测提供了抗生素敏感性测试(AST)浏览器

NCBI病原检测提供了抗生素敏感性测试(AST)浏览器

你有没有想过比较细菌的抗生素耐药性数据和耐药基因调用?现在你可以了!使用新的AST浏览器.NCBI已收集了病原体检测系统.  

功能和优点 
  • 数据采用可搜索的表格格式
  • 下载数据以进行进一步分析
  • 使用Cross-browser选择工具链接到隔离浏览器微型BIGG-E鉴定与每个AST结果相关的分离物和遗传元素

继续阅读“NCBI病原体检测显示抗生素敏感性测试(AST)浏览器”

GenBank 260.0版可用!

GenBank 260.0版可用!

发电厂银行260.0版(2024年4月19日)现已在NCBI FTP站点本次发布有31.18万亿个基数,44.6亿个记录。

当前版本具有:

现在可用!更新的细菌和考古参考基因组收集

现在可用!更新的细菌和考古参考基因组收集

下载更新的细菌和古细菌参考基因组采集! 我们通过在年350000多个原核基因组中为每个物种选择“最佳”基因组组合,建立了19328个基因组的集合参考序列(大肠杆菌除外,其中两个组件被选为参考)。

有什么新功能?
  • 413个物种首次出现在这个集合中
  • 198个物种以更好的组合表示
  • 由于NCBI分类学的变化或物种分配的不确定性,27个物种被删除

继续阅读“现已提供!更新的细菌和古生菌参考基因组集合”

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)15.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)15.0版现已推出!

下载15.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型(HMM)原核基因组注释管道(PGAP)!使用HMMER序列分析包裹。

有什么新功能?

15.0版包含:

  • NCBI维护的16667个HMM
  • 自14.0版以来的279个新HMM
  • 数百个HMM具有更好的名称、EC编号、基因本体(GO)术语、基因符号或出版物。 

继续阅读“NCBI隐马尔可夫模型(HMM)15.0版现已推出!”