阿拉伯 swMATH ID: 7552 软件作者： Batzoglou S、Jaffe DB、Stanley K、Butler J、Gnerre S、Mauceli E、Berger B、Mesirov JP、Lander ES 描述： ARACHNE：一种全基因组鸟枪组装器。我们描述了一种新的计算机系统，称为ARACHNE，用于使用配对全基因组鸟枪读取来组装基因组序列。ARACHNE具有几个关键功能，包括查找读取重叠的高效且敏感的程序、通过在组装前更正错误实现高精度的重叠评分程序、基于正向链接的读取合并以及通过正向链接不一致检测重复重叠。为了测试花生四烯酸（ARACHNE），我们创建了模拟读数，提供流感嗜血杆菌（H.influenzae）、酿酒酵母（S.cerevisiae）和黑腹果蝇（D.melanogaster）基因组以及人类染色体21和22的约10倍覆盖率。这些模拟读取的集合产生了对各个基因组的几乎完全覆盖，少量的连续体加入到少量的超连续体（或支架）中。例如，对黑腹果蝇基因组的分析得出大约98个 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11779843 相关软件： 天鹅绒;深渊;第三章;布拉特;SHARCGS公司;ALLPATHS公司;IDBA-UD公司;SOAPdenovo公司;量规;4.5条;可再生能源;重复遮罩;码头;输液;MULKSG公司;MEGAHIT公司;github;SPAdes系列;蟒蛇;GBrowse公司 引用于： 6文件 全部的 前5名15位作者引用 1 阿兰塞（Ana M.Aransay）。 1 Axelson-Fisk，玛丽娜 1 史蒂文·坎农。 1 大卫·格兰特（David M.Grant）。 1 迈克尔·哈肯伯格 1 马里兰州萨瓦尔卡马尔 1 金旭（Kim，Jinwook） 1 克里希那穆尔蒂，斯里拉姆 1 米林·纳拉扬劳·库尔卡尼 1 尼米，索尼娅·法哈纳 1 公园，坤秀 1 佩托，迈伦 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔，奈亚拉 1 Randy C.鞋匠。 1 克里斯托弗·赖特 3篇连载文章中引用 1 理论计算机科学 1 国际生物数学杂志 1 计算生物学 全部的 前5名在6个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 组合数学（05-XX） 2 计算机科学（68至XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文