SHARCGS公司 swMATH ID: 29573 软件作者： Dom，J.C.、Lottaz，C.、Borodina，T。 描述： SHARCGS是一种快速、高精度的新基因组测序短读汇编算法。DNA测序领域的最新革命是由能够快速、低成本生成千兆碱基对数据集的自动测序器的开发带来的。由于生成的读取数很短，这类技术的应用似乎仅限于重新排序和转录发现。为了将应用领域扩展到从头测序，我们开发了SHARCGS算法，以高精度和高速度组装短读（25–40-mer）数据。SHARCGS的效率在三种真核生物的BAC插入物、两条酵母染色体和两个细菌基因组（流感嗜血杆菌、大肠杆菌）上进行了测试。我们表明，在考虑到缺失读取和错误的基调用的模拟中，30个基于mer的BAC组件的N50大小对于果蝇和拟南芥>20 kbp，对于人类>4 kbp。我们收集了949974个长度大于50 bp的连续序列，只有一个连续序列不能与参考序列无误地对齐。我们在Illumina 1G测序仪上对不动杆菌基因组进行了36米的读取，并组装了937个覆盖98个 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2045152/ 相关软件： 天鹅绒；所有路径；SSAKE公司；阿拉伯；布拉特；QSRA公司；ABySS公司；美洲开发银行；PE-装配器；IDBA-UD公司；SOAPdenovo公司；SPAdes系列；仪表；DEGseq公司；星形底座；BSMAP公司；烤面包；拼接接头；DWE公司；CLIPZ公司 引用于： 2文件 全部的 前5名6位作者引用 1 阿兰塞（Ana M.Aransay）。 1 迈克尔·哈肯伯格 1 吉恩·盖拉尔丁 1 安德烈亚·拉杜列斯库 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔，奈亚拉 1 伊雷娜·鲁苏 0连载引用 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文