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BiGGEsTS系列

swMATH ID: 23417
软件作者: Joana P.Gonçalves、Sara C.Madeira、Arlindo L.Oliveira
描述: BiGGEsTS是一个免费的开源软件工具,为时间序列基因表达数据的双聚类分析(Madeira和Oliveira,2004)提供了一个集成环境。它提供了一套完整的操作,用于从基因表达数据中检索潜在的相关信息,依靠可视化或其他技术来操纵和处理这类特定的数据。可视化包括彩色矩阵、表达式进化图和模式图,以及通过对基因表达数据和本体图应用层次聚类算法获得的结果导出的dendogram,本体图突出显示特定生物体的基因本体中用数据集基因注释的相关生物术语。BiGGEsTS集成了众所周知的数据预处理技术:过滤基因、填充缺失值、平滑、归一化和离散化。该软件为科学界提供了最先进的双聚类算法(Madeira等人,2010)(Madeira和Oliveira,2009)(Zhang等人,2005)专为时间序列表达数据开发,适合提取在特定实验条件子集(即双聚类)中表现出连贯表达进化的基因子集。可以使用基因本体注释对双聚类进行分析,以找出哪些包含统计相关的生物信息,甚至可以根据几个数字和统计标准进行过滤或排序。
主页: http://kdbio.inesc-id.pt/software/bigests
相关软件: 双集群;BicAT公司;块簇;R(右);扩展器;EDAseq公司;DEseq公司;BaySeq公司;UCI-毫升
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1 统计学(62-XX)

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