CellMiner公司 swMATH ID: 17277 软件作者： Reinhold WC、Sunshine M、Liu H、Varma S、Kohn KW、Morris J、Doroshow J、Pommier Y 描述： Cellminer：一套基于网络的基因组和药理学工具，用于探索NCI-60细胞系se中的转录和药物模式。igh-吞吐量和高内容数据库是分子医学、系统生物学和药理学中越来越重要的资源。然而，信息通常驻留在笨重的数据库中，限制了现成的数据分析和集成。美国国家癌症研究所（U.S.National Cancer Institute）编制的NCI-60细胞系数据库是一种在这方面具有巨大改进潜力的资源，该数据库已在众多基因组和药理学反应平台上进行了广泛表征。在本报告中，我们介绍了CellMiner(http://discover.nci.nih.gov/cellminer网站/)web应用程序旨在改进此广泛数据库的使用。CellMiner工具可以快速检索22379个基因和360个microRNA的转录本，以及20503种化合物的活性报告，其中包括美国食品和药物管理局批准的102种药物。通过使用新型模式匹配工具，将NCI-60中的差异水平转换为定量模式，从而澄清了数据组织和交叉比较。参数之间潜在关系的数据查询可以根据用户兴趣和专业知识以迭代方式进行。CellMiner提供的在线发现过程示例用于多药耐药性分析和阿霉素活性；鉴定结肠特异性基因、microRNA和药物；与miR-17-92簇相关的microRNA；以及与厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼和拉帕替尼相匹配的药物识别模式。CellMiner通过创建快速、灵活且易于被没有生物信息学专业知识的用户应用的基于网络的过程，极大地拓宽了广泛的NCI-60数据库的应用范围。 主页： https://discover.nci.nih.gov/cellminer网站/ 相关软件： 对;彭斯;robustHD公司;英语考试;格尔姆奈特;rrcov公司;变量工具;GSNAP公司;BEDOPS公司;Genoviz公司;切割适配;BED工具;NGS-QC;肾盂蛋白酶;DREME公司;FIMO公司;F-序列;变量筛选器;KEGG公司;snpStats（snpStat） 引用于： 2文件 全部的 前5名7位作者引用 1 肖恩·戴维斯。 1 李克肖 1 李玉成 1 陆一昌 1 数学，埃维 1 吴冠毅 1 袁欣生 2篇连载文章中引用 1 统计及其接口 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 2 统计学（62-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文