BED工具 swMATH编号： 17302 软件作者： 昆兰AR，霍尔IM 描述： BEDTools：一套用于比较基因组特征的灵活实用程序。动机：测试不同基因组特征之间的相关性是基因组学研究的一项基本任务。然而，使用现有的基于web的方法搜索特征之间的重叠是复杂的，因为当前的测序技术通常会生成大量数据集。因此，需要快速灵活的工具来高效地提出这些数据的复杂问题。结果：本文介绍了一个新的软件套件，用于比较、操作和注释浏览器可扩展数据（BED）和通用特征格式（GFF）格式的基因组特征。BEDTools还支持将BAM格式的序列比对与BED和GFF功能进行比较。这些工具效率极高，允许用户将大型数据集（例如，下一代测序数据）与公共和自定义基因组注释轨迹进行比较。BEDT工具可以相互组合，也可以与标准UNIX命令组合，从而促进常规基因组学任务以及可以快速回答大型基因组数据集复杂问题的管道。可用性和实现：BEDTools是用C++编写的。源代码和全面的用户手册可在以下网站免费获得：http://code.google.com/p/bedtools 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/6/841.short 相关软件： R（右）;香皂;IGV公司;快速质量控制;Samtools公司;边缘R;github;银河;modENCODE（模式编码）;肌肉;ClustalW公司;功能计数;MEDIPS公司;星形;FIMO公司;生物城;BLAT（爆炸）;VCF工具;顶帽;奇佩卡诺 引用于： 7文件 全部的 前5名20位作者引用 1 Eveline M.布尼克。 1 安东尼·考克斯。 1 肖恩·戴维斯。 1 哈桑，马里兰州阿比德 1 马滕·贾格尔 1 托比亚斯·雅科比 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 卡琳·勒罗赫 1 李文天 1 斯特凡诺·洛纳尔迪 1 数学，埃维 1 潘伟华 1 罗萨里奥·迈克尔·皮罗 1 安东·波利什科 1 阿斯特罗·普罗瓦塔 1 彼得·罗宾逊。 1 乔瓦娜·罗森 1 舒尔兹·特里格拉夫（Ole B.Schulz-Trieglaff）。 1 奥尔·肖姆罗尼 1 迪米特里奥斯·塔诺斯 3篇连载文章中引用 2 分子生物学方法 1 理论生物学杂志 1 查普曼和霍尔/CRC数学和计算生物学系列 在4个字段中引用 7 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文