源生物体

什么是源生物体?

结构沉积在PDB中的大多数生物聚合物是人、细菌、酵母或植物特异性(例如菠菜)蛋白质、核酸或碳水化合物。蛋白质或核苷酸等最初来源的生物体称为源生物体。

在某些情况下,这些蛋白质和核酸直接从源生物体的细胞/组织中纯化。然而,被研究蛋白质的基因经常被克隆并在另一种生物体中表达,例如,人类蛋白质的基因被克隆、引入细菌并在那里表达。该蛋白仍然是在细菌宿主或表达系统中表达的人类蛋白。这种方法使研究人员能够为实验生产足够数量的感兴趣的蛋白质,也使他们能够对蛋白质/核酸进行微小改变,以检查其对生物聚合物结构和功能的影响。

注:PDB中的一些蛋白质/核酸可能是设计好的分子,没有特定的来源生物体。

什么是源生物体浏览器?

Source Organism浏览器是NCBI分类数据库(分类)对于PDB中的聚合物实体,源生物体分配基于作者提供的信息,以及UniProtKB或NCBI GenBank指定的源生物体映射。所有具有源生物体的PDB结构都包含在此浏览器树中。

为什么按源生物浏览?

浏览此树有助于查看PDB中含有源自该来源的蛋白质或核酸的聚合物实体的数量。因此,当您从特定生物体中搜索蛋白质或核酸(DNA/RNA)时,可以从这个浏览器树开始。

如何使用Source Organism浏览器?

用户可以通过在页面顶部的搜索框中键入有机体科学名称来浏览分类树。此外,可以使用生物体的通用名称、学名或分类ID在浏览器中进行搜索。

在浏览器树中找到感兴趣的生物体后,查看该组中包含的聚合物实体(蛋白质/核酸等)的数量。单击生物体名称旁边列出的数字,将启动对PDB中与该源生物体相关的所有聚合物实体的搜索。

例子

搜索所有兔子蛋白质和核酸的结构可以按如下方式进行:

  • 在页面的搜索框中键入该生物体的通用名称,然后从选项“rabbit”>>“Oryctolagus cuniculus(domestic rabbit)(9986)”中选择。
  • 如果已知该生物体的完整学名和/或分类ID,请将其输入搜索框。例如,“Oryctolagus cuniculus”或“9986”,并从提供的选项中进行选择。


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上次更新时间:2021年8月13日