这里包括哪些分子功能?
描述分子功能的词汇,由基因本体联盟(GO),用于在此浏览器中组织PDB结构。分子功能被映射到PDB实体,基于它们UniProt公司序列和使用结构与功能、分类和序列的集成(SIFTS公司)项目。只有当PDB结构中的蛋白质映射到这些功能时,这些功能才会在浏览树中列出。
为什么按分子功能浏览?
浏览此树可以帮助识别参与相同或相关分子功能的蛋白质实体。你可以检查按功能分组在一起的结构,看看这些蛋白质是否有任何共同的特征或趋势。
分子功能浏览器允许用户在搜索框中键入分子功能的名称,选择GO术语,或输入7位GO ID以查找感兴趣的聚合物。
在浏览器中找到感兴趣的分子功能后,用户可以查看该组中聚合物的数量。单击功能名称旁边列出的数字,将启动对PDB中与该分子功能相关的所有聚合物实体的搜索。
例子
浏览树以识别与芳香族氨基酸跨膜转运相关的实体,如下所示:
- 在页面的搜索框中键入感兴趣的分子功能的名称(例如,芳香族氨基酸跨膜…),然后从选项中选择芳香族氨基酸跨膜转运体活性(GO ID:15173)或
- 在页面顶部的搜索框中键入7位GO ID:0015173。如果您开始键入ID 15173,则会在页面顶部的搜索框中显示自动完成建议,您可以从中选择适当的选项,以便在浏览器树中进行搜索。