膜蛋白(OPM)

什么是OPM?

这个膜中蛋白质的定向(OPM)数据库根据其主要跨膜或膜相关结构域的结构对膜蛋白进行分类,膜蛋白的结构被沉积到PDB中。它提供了具有4个级别的层次结构:“类型”、“类”、“超级家族”和“家族”。了解有关此分类的更多信息在这里.

另请参见膜蛋白页以获取一般信息并与mpstruc树这也描述了膜蛋白。

为什么按OPM分类浏览?

具有类似膜相关特征的蛋白质(如整体或外周蛋白)具有相似的序列、结构和/或功能特征。浏览OPM浏览器树可以帮助用户找到PDB中的膜蛋白聚合物实体,并解释其结构和功能关系。

如何使用OPM浏览器?

用户可以单击浏览器树分支导航到一组膜蛋白,或通过在页面的搜索框中键入组名称来搜索具有特定分类的聚合物实体。

在浏览器中找到组后,用户可以查看相应数量的PDB聚合物实体。单击组名称旁边列出的数字将启动对PDB中共享此分类的所有结构的搜索。

例子

  • 对光系统结构的搜索可以通过两种方式实现:
    • 浏览树中的“Transmembrane”>“Alpha-helical polytopic”>“Photosystems”(提供了其他子类别)
    • 通过在页面的搜索框中键入“photosystem”进行搜索,并从提供的选项中进行选择


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上次更新时间:2024年6月25日