什么是mpstruc?
mpstruc结构是一个人工管理的膜蛋白数据库,其结构保存在PDB中。在此分类中,膜相关蛋白实体分为三个层次:
- 组-重点关注蛋白质与膜相互作用的方式,例如,仅与双层膜(单主题)的一侧或α-螺旋或β-桶的跨膜区域相关
- 子组-专注于通过蛋白质的功能和分类来组织蛋白质
- 蛋白质-在子组内的单个PDB结构级别定义
注意,分类包括来自不同来源生物体(例如,人类、细菌、酵母)的相同蛋白质的结构。该蛋白质的突变不包括在资源中。
另请参见膜蛋白资源页以获取一般信息并与OPM树这也提供了膜蛋白的注释。
为什么按mpstruc分类浏览?
具有类似膜相关特征的蛋白质(如整体或外周蛋白)具有相似的序列、结构和/或功能特征。浏览mpstruc浏览器树可以帮助用户找到PDB中属于膜蛋白的聚合物实体,并解释其结构和功能关系。
用户可以单击浏览器树状分支导航到一组膜蛋白,或通过在页面搜索框中键入“组”/“子组”或“蛋白质”名称来搜索具有特定分类的聚合物实体。用户可以通过单击“Group”、“Subgroup”或“Protein”名称旁边列出的数字来查看与搜索词匹配的相应数量的PDB聚合物实体,这将启动对PDB中共享此分类的所有结构的搜索。
示例
- 光系统的结构可以通过两种方式识别:
- 浏览树中的“跨膜蛋白:α-血红素”>“光系统”(提供了其他子类别)
- 通过在页面的搜索框中键入“photosystem”进行搜索,并从提供的选项中进行选择
- GLP-1受体的结构可以通过在页面的搜索框中键入“GLP-1”并从提供的选项中进行选择来识别