什么是卡？
综合抗生素耐药性数据库(卡片,Alcock等人，2023年)是一种生物信息学资源，包含有关抗生素耐药基因、其产物和抗生素耐药机制的信息。该资源使用序列分析工具和严格的基于文献的筛选来分类产生抗生素耐药性的抗生素耐药基因和变体。此外，相关抗生素及其产生耐药性的机制也在使用抗生素耐药性本体的资源中介绍(ARO公司,McArthur等人，2013年).
RCSB.org上的CARD浏览器显示了PDB结构的蛋白质序列，与CARD中的蛋白质同源模型（精选参考序列）相匹配。序列上的精确匹配代表了AMR基因的实例，这些AMR基因通过其在生物体中的存在而产生耐药性，例如，质粒上存在β-内酰胺酶基因。PDB序列中80%的序列（覆盖率）与CARD参考序列至少95%相同（序列一致性），用基因家族的抗生素耐药性本体（ARO）术语注释。
为什么使用CARD浏览器？
CARD浏览器可以帮助识别各种抗生素抗性基因（和蛋白质）、基因家族、常见基因的生物体，并探索基因产物的作用机制。因此，CARD注释不仅有助于识别抗生素耐药性决定因素，还提供了有关该基因可能存在的生物体、受影响的药物类别以及关于其功能的新观点的额外信息。
有三种方法可以识别带有CARD注释的条目：
- 通过浏览ARO分类，了解抗生素耐药性的决定因素、基因家族和基因等。
- 通过键入和ARO标识符，例如ARO:300020
- 通过键入与抗生素耐药性有关的蛋白质的名称。例如，β-内酰胺酶
在浏览器中定位感兴趣的个体或基因家族后，用户可以查看该组中PDB结构的数量。单击进程名称旁边列出的数字将启动对具有感兴趣的CARD ARO域的PDB结构的搜索。
注：实际抗生素（小分子、肽和BIRD分子）和计算结构模型未分配CARD注释。此外，具有抗生素耐药性但与自动检测的CARD参考序列没有足够的序列相似性的蛋白质（例如，2X71β-内酰胺酶结构没有CARD注释，因为该序列与ARO术语（BcIII）只有72%的一致性匹配，并且只有84%的覆盖率）。
示例
浏览PDB以获取IMP-1的结构，如下所示：
- 在两个树（浏览入口点）及其分支中导航“抗生素灭活酶”>>“B类（金属）-β-内酰胺酶”>>B1亚类（金属-）-β内酰胺酶“>>”IMPβ-内糖酶“和”IMP-1“OR
- 在页面顶部的搜索框中键入“IMP-1”，然后从选项“IMP-1:3002192”中选择，或者
- 在页面顶部的搜索框中键入ARO ID（3002192）
参考文献：
- Alcock BP、Huynh W、Chalil R、Smith KW、Raphenya AR、Wlodarski MA、Edalatmand A、Petkau A、Syed SA、Tsang KK、Baker SJC、Dave M、McCarthy MC、Mukiri KM、Nasir JA、Golbon B、Imtiaz H、Jiang X、Kaur K、Kwong M、Liang ZC、Niu KC、Shan P、Yang JYJ、Gray KL、Hoad GR、Jia B、Bhando T、Carfrae LA、Farha MA、French S、Gordzevich R、Rachwalski K、Tu MM，Bordelau E、Dooley D、Griffiths E、Zubek HL、Brown ED、Maguire F、Beiko RG、Xiao WWL、Brinkman FSL、Van Domselaar G、McArthur AG。CARD 2023：在综合抗生素耐药性数据库中扩展管理、支持机器学习和耐药性预测。《核酸研究》2023年1月6日；51（D1）：D690-D699。https://doi.org/10.1093/nar/gkac920
- McArthur AG、Waglechner N、Nizam F、Yan A、Azad MA、Baylay AJ、Bhullar K、Canova MJ、De Pascale G、Ejim L、Kalan L、King AM、Koteva K、Morar M、Mulvey MR、O'Brien JS、Pawlowski AC、Piddock LJ、Spanogiannopoulos P、Sutherland AD、Tang I、Taylor PL、Thaker M、Wang W、Yan M、Yu T、Wright GD。综合抗生素耐药性数据库。抗菌剂Chemother。2013年7月；57(7):3348-57.https://doi.org/10.1128%2FAAC.00419-13
