化学素描工具

介绍

化学素描工具做什么？

化学素描工具使用由ChemAxon开发的基于网络的化学素描器Marvin JS，从零开始快速方便地绘制2D化学结构、化学描述符（SMILES或InChI）或wwPDB化学成分词典中的配体代码(CCD（电荷耦合器件）). 该工具允许用户根据需要编辑2D化学图形，以自动生成新的化学描述符。然后，用户可以使用描述符查询PDB档案中的特定配体分子或类似分子。

为什么化学素描工具有用？

您可以根据分子的2D化学图在PDB档案中搜索特定配体或类似配体。在此过程中，您可以使用图形界面绘制感兴趣的分子或加载SMILES或InChI描述符。绘制的分子的两个化学描述符（SMILES和InChI）将自动生成，并可用作查询。您还可以编辑绘制或加载到工具中的分子，以添加或删除原子或原子组，然后使用新分子查询PDB存档。

文档

工具界面

可以通过两种方式访问化学素描工具：

1.单击中的“打开化学素描工具”按钮化学品搜索高级搜索中的选项。

从高级搜索选项访问化学素描工具-单击标签为“打开化学素描”的按钮

2.直接单击化学素描工具链接在这里

如何使用化学草图工具？

绘制2D化学结构

有几种方法可以绘制分子的2D化学图：

使用Marvin JS工具中的可用选项绘制感兴趣的分子

一个内置的化学基团、链和环菜单，以及几个键盘快捷键，可以快速访问最常用的编辑功能，以绘制甚至是大型复杂分子。
此选项对于CCD中不存在的新型配体非常有用。
有关使用Marvin JS图形编辑器的详细帮助文档，请参阅：

使用化学描述符（例如InChI或SMILES）或化学成分ID（例如ATP、TTT）加载感兴趣的分子（或密切相关的分子）

当您可以访问类似配体或其子结构元素的化学描述符时，这很有用

编辑2D化学图形

绘制或加载分子的2D结构后，可以使用Marvin JS图形编辑器添加/删除原子或原子组。

编辑分子时，其化学描述符（InChI和SMILES）会自动更新，页面底部会显示“搜索”面板。

化学品搜索

从“搜索PDB”下拉选项中选择相关的搜索类型。了解有关匹配类型的更多信息，请参阅化学品搜索.
选择InChI或SMILES单选按钮，以便所选描述符与所选匹配类型参数一起作为输入传递给高级搜索。
搜索结果页面显示与查询参数匹配的所有CCD和BIRD分子。
如果要优化搜索（即编辑化学图形或选择其他匹配类型选项），请向上滚动到“高级搜索”查询详细信息部分，然后单击“打开化学草图工具”按钮。这将使您返回到化学素描工具。现在可以对2D化学图形进行进一步编辑，选择不同的匹配类型，和/或选择不同的化学描述符以重新运行搜索。
注：对于某些分子，与使用SMILES化学描述符启动的搜索相比，从标准InChI返回的化学搜索结果可能提供更大的特异性。根据您希望在结果中看到更少或更多的匹配项，您可以使用适当的描述符进行搜索。

示例

1.搜索与InChI完全匹配的分子定义

假设您在教科书、科学文献或化学信息资源中找到了一个化学描述符，例如InChI=1S/C9H8O4/c1-6（10）13-8-5-3-2-4-7（8）9（11）12/h2-5H，1H3，（H，11,12）。复制整个描述符并将其粘贴到化学素描工具的“加载分子”面板中。单击“加载”
草图工具将显示分子的二维图形。现在你知道分子是什么样子了。
要查找wwPDB CCD中是否存在该分子，请向下滚动并在“搜索”面板中选择搜索选项