属性详细信息

结构属性

ID和关键字
条目ID
属性rcsb_entry_container_identifiers.entry_id
描述容器的条目标识符。
类型一串
示例
4HHB型
AF_AFP60325F1
MA_MABAKCEPC0019号机组
可迭代的真的
PDB存款组ID
属性pdbx位置组组id
描述存放为集合的一组条目的唯一标识符。
类型一串
示例
国_1002119
G_1002043号
可迭代的真的
程序集ID
属性rcsb_assembly_container_identifiers.assembly_id
描述容器的程序集标识符。
类型一串
示例
1
5
公共医疗ID
属性rcsb_pubmed_container_identifiers.pubmed_id
描述分配给每个PubMed记录的UID。
类型整数
最小值5
最大值39259810
示例
15937111
可迭代的真的
结构建模中使用的映射的EMDB ID
属性rcsb_entry_container_identifiers.emdb标识
描述三维电子显微镜密度图的EMDB标识符列表用于制作结构模型。
类型一串
示例
EMD-21578号
EMD-30168号
可迭代的真的
相关映射的EMDB ID
属性rcsb_entry_container_identifiers.related_emdb_ids
描述三维电子显微镜密度图的EMDB标识符列表与结构模型相关。
类型一串
示例
EMD-21578型
EMD-30168号
可迭代的真的
加入代码-UniProt
属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库访问
描述参考数据库登录代码
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库名称
嵌套属性示例
P01308故障码
P0CX43型
登录代码-GenBank
属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库访问
描述参考数据库登录代码
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库名称
嵌套属性示例
12057205
1329886537
加入代码-NORINE
属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库访问
描述参考数据库登录代码
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库名称
嵌套属性示例
NOR00033标准
NOR00972标准
结构关键字
属性结构关键字.pdbx关键字
描述表征大分子结构的术语。
类型一串
示例
DNA
核糖核酸
T-RNA
DNA/RNA
核酶
蛋白质/DNA
蛋白质/RNA
肽核酸
肽核酸/DNA
DNA结合蛋白
RNA-结合蛋白
UniProt分子名称
属性rcsb_uniprot_protein.name.value(rcsb_uniprot_protein.name.value)
描述允许明确标识蛋白质的名称。
类型一串
示例
血红蛋白α
其他结构关键字
属性struct_keywords.text
描述描述此结构的关键字。
类型一串
示例
异构酶复合抑制剂。。。
丝氨酸蛋白酶
抑制络合物
高分辨率细化
条目组ID
属性rcsb进入组成员身份组id
描述一组条目的唯一标识符
类型一串
示例
G_1001001号
聚合物实体组ID
属性rcsb聚合物实体组成员身份组id
描述一组实体的唯一标识符
类型一串
示例
1_100
P00003号
结构详细信息
结构标题
属性结构.标题
描述数据块的标题。作者应该尝试传达标题中CIF中存档的结构的本质,并将这一结构性结果与其他结果区分开来。
类型一串
示例
T4溶菌酶突变体-S32A
鼻病毒16聚合酶延伸复合物(r1_form)
pH 9.0下OXA-10 W154A突变体的晶体结构
嗜热Thermus thermophilus HB8尿苷胞苷激酶的突变结构
长枝木霉木聚糖酶的晶体结构
结构作者
属性审核作者姓名
描述此数据块作者的姓名。如果有多个authors,_audit_author.name与_audit_author.address循环。姓氏,后跟逗号,包括任何王朝成分,位于名字或首字母之前。
类型一串
示例
T.J.琼斯。
珀西瓦尔·布莱里。
F.K.奥尼尔。
Van den Bossche,G。
Yang,D.-L.(D·L·杨)。
于西蒙诺夫。
结构作者ORCID
属性审核作者标识符
描述开放研究者和贡献者ID(ORCID)。
类型一串
示例
0000-0002-6681-547X
存款日期
属性rcsb访问信息存放日期
描述入境沉积日期。
类型一串
最小值1972-08-11
最大值2024-09-01
示例
2020-07-11
2013-10-01
发布日期
属性rcsb访问信息初始释放日期
描述条目初始发布日期。
类型一串
最小值1976-05-19
最大值2024-09-18
示例
2020-01-10
2018-01-23
修订日期
属性rcsb访问信息修订日期
描述最新条目修订日期。
类型一串
最小值2001-08-02
最大值2024-09-18
示例
2020-02-11
2018-10-23
结构基因组学项目名称
属性pdbx_SG_项目.项目名称
描述该值表示结构基因组学项目。
类型一串
枚举
酶功能倡议
NIAID,国家过敏和传染病研究所
NPPSFA,国家蛋白质结构和功能分析项目
PSI,蛋白质结构倡议
PSI:生物学
示例
PSI,蛋白质结构倡议
结构基因组学项目中心缩写
属性pdbx_SG_项目初始_中心
描述该值标识中心的全名。
类型一串
枚举
ATCG3D公司
大型
BSGC公司
BSGI公司
CEBS公司
细胞基质
CESG公司
CHSAM公司
CHTSB公司
CSBID公司
CSGID公司
CSMP公司
全球采购控制报告
干扰素
ISFI公司
互联网服务提供商
JCSG公司
MCMR公司
MCSG公司
磁粉探伤
MPP公司
MPSBC公司
核磁共振MPS
MSGP公司
MSGPP公司
平均无故障时间
NESG公司
核激素受体
NPX数量
纽约证券交易所
纽约SGRC
纽约证券交易所
NatPro公司
OCSP公司
OPPF公司
PCSEP公司
PSF公司
RSGI公司
第2页
萨斯塔德
SECSG公司
新加坡通用汽车公司
SGCGES公司
新加坡国家电力公司
脊椎
自旋-2
SSGCID(SSGCID)
SSPF公司
STEMCELL公司
TBSGC公司
TCELL公司
TEMIMPS公司
TJMP公司
TMPC公司
运输PDB
UC4CDI公司
XMTB公司
YSG公司
示例
JCSG公司
结构基因组学项目中心名称
属性pdbx_SG_项目.完整名称_中心
描述该值标识中心的全名。
类型一串
枚举
基因到3D结构加速技术中心
细胞-细胞和细胞基质粘附的组装、动力学和进化
原子对动物:免疫功能网络
法国IGS-CNRS的细菌目标
伯克利结构基因组中心
真核结构基因组学中心
高通量结构生物学中心
传染病膜蛋白中心
传染病结构生物学中心
传染病结构基因组学中心
膜蛋白结构中心
人类运输工具X射线结构测定中心
表观遗传调控酶的伴侣激活研究
天然产物生物合成中的酶发现
GPCR网络
结构与功能创新综合中心
以色列结构蛋白质组学中心
结构基因组学联合中心
AFMB马赛结构基因组计划
致病原虫的医学结构基因组学
膜蛋白结构生物学联合会
膜蛋白结构的溶液核磁共振
中西部高分子研究中心
中西部结构基因组学中心
线粒体蛋白质伙伴关系
Montreal Kingston细菌结构基因组计划
结核分枝杆菌结构蛋白组学项目
纽约膜蛋白结构联合会
纽约SGX结构基因组研究中心
纽约结构基因组研究联盟
纽约结构基因组研究联合会
东北结构基因组学联合会
核质转运:细胞控制的靶点
安大略结构蛋白质组学中心
牛津蛋白质生产设施
巴黎南部酵母结构基因组学
核受体信号编码生物学伙伴关系
干细胞生物学伙伴关系
T细胞生物学伙伴关系
分泌效应蛋白特性分析程序
蛋白质结构厂
RIKEN结构基因组学/蛋白质组学倡议
苏格兰结构蛋白质组学设施
西雅图传染病结构基因组中心
南非结构目标注释数据库
结构基因组学东南合作实验室
结构基因组学联盟
基因表达研究的结构基因组学联合会
致病原生动物联盟的结构基因组学
欧洲的结构蛋白质组学
欧洲结构蛋白质组学2
结构2功能项目
趋化因子受体的结构、动力学及激活机制
多态CDI毒素免疫蛋白复合物的结构与功能分析
紧密连接膜蛋白的结构功能研究
已知结核分枝杆菌抑制剂敏感性的结核分枝杆菌蛋白质结构
TB结构基因组学联合会
跨洲EM膜蛋白结构倡议
跨膜蛋白中心
示例
中西部结构基因组学中心
有实验数据
属性rcsb访问信息已释放实验数据
描述表示存储库中实验数据当前可用性的代码。
类型一串
枚举
N个
Y(Y)
示例
Y(Y)
N个
与PDB格式兼容
属性pdbx_database_status.pdb_form兼容
描述指示条目与PDB格式兼容的标志。值“N”表示无PDB格式的数据文件PDB存档中提供了与此条目对应的。
类型一串
枚举
N个
Y(Y)
示例
Y(Y)
资金筹措组织
属性pdbx审计支持资金组织
描述提供资金支持的组织名称条目。可选为条目提供资金信息2016年6月之后。
类型一串
示例
美国国立卫生研究院
惠康信托
国立卫生研究院/国立普通医学科学研究所
资金拨款编号
属性pdbx审计支持授权编号
描述与此支持来源关联的拨款编号。
类型一串
资助国家
属性pdbx审计支持国家
描述为入境提供资金支持的国家/地区。2016年6月之后的条目可选择提供资金信息。
类型一串
存储库中可用的内容类型
属性rcsb存储保持当前存储内容类型
描述与此条目关联的内容类型的列表。
类型一串
枚举
2fo-fc地图
组合核磁共振数据(NEF)
组合核磁共振数据(NMR-STAR)
FASTA序列
地图系数
核磁共振化学位移
核磁共振约束V1
核磁共振限制V2
装配PDB
组件mmCIF
入口PDB
入门级PDB捆绑包
入门级PDBML
入账mmCIF
fo-fc地图
结构因素
验证2fo-fc系数
验证数据mmCIF
fc系数的验证
验证报告
验证滑块图像
示例
入账mmCIF
相关资源中可用的内容类型
属性pdbx数据库已发布内容类型
描述相关条目的标识内容类型。
类型一串
枚举
相关EM体积
相关核磁共振约束
相关SAS数据
相关结构因素
完全结构
共识EM量
派生结构
合奏
聚焦EM体积
最小平均结构
原生结构
其他
其他EM体积
蛋白质靶序列和/或协议数据
重新定义
代表性结构
分裂
未指定
示例
最小化平均结构
代表性结构
合奏
派生结构
原生结构
相关EM体积
其他EM体积
相关核磁共振约束
相关结构因素
相关SAS数据
蛋白质靶序列和/或协议数据
分裂
重新定义
完全结构
未指定
其他
包含其他内容的相关资源名称
属性pdbx数据库已更新数据库名称
描述包含相关条目的数据库的名称。
类型一串
枚举
比奥西斯
BMCD公司
BMRB公司
EMDB公司
国家开发银行
PDB公司
PDB-开发
SASBDB公司
目标数据库
目标跟踪
示例
PDB-蛋白质数据库NDB-核酸数据库BMRB-BioMagResBankEMDB-电子显微镜数据库BMCD-生物大分子结晶数据库TargetTrack-目标注册和协议数据库SASBDB-小角度散射生物数据库
结构确定方法
属性rcsb入口信息结构终止方法
描述指示结构是使用实验方法还是计算方法确定的。
类型一串
枚举
计算的
实验的
示例
实验的
计算结构模型详细信息
计算结构模型ID
属性rcsb_comp模型普罗旺斯入口id
描述与计算的结构模型相对应的条目标识符。
类型一串
示例
AF-P60325-F1型
ma-bak-cepc-0019
源数据库
属性rcsb压缩模型普罗旺斯源数据库
描述计算结构模型的源数据库。
类型一串
枚举
AlphaFoldDB(阿尔法折叠数据库)
模型存档
全球质量分数-pLDDT
属性rcsb_ma_qa_metric_global.ma_qa_metric_global.value(rcsb_ma_qa_metric_global.ma_qa_metric_global.value)
描述全局QA度量值。
类型
嵌套属性rcsb_ma_qa_metric_global.ma_qa_度量_global类型
嵌套属性最小值23.15
嵌套属性最大值98.77
嵌套属性示例
83.02
29.14
入门级功能
入门级聚合物类型
属性rcsb进入信息选择聚合物实体类型
描述描述条目的选定聚合物实体类型类别。
类型一串
枚举
核酸(仅限)
低聚糖(仅)
其他
蛋白质(仅)
蛋白质/NA
蛋白质/低聚糖
示例
蛋白质(仅)
入门级聚合物组成
属性rcsb_entry_info.聚合物组成
描述描述条目的聚合物实体组成的类别。
类型一串
枚举
DNA
DNA/RNA
NA-混合
NA/低聚糖
核糖核酸
异聚蛋白
同源蛋白
低聚糖
其他
其他类型组成
其他类型对
蛋白质/NA
蛋白质/NA/低聚糖
蛋白质/低聚糖
示例
同源蛋白
每个沉积模型的分子量
属性rcsb_entry_info.分子量
描述沉积结构入口中聚合物和非聚合物实体(不包括溶剂)的分子质量(KDa)。
类型
最小值0.42
最大值63486.35
示例
33.43
45.53
组件数量
属性rcsb入口信息组件计数
描述为该条目定义的组件数,包括存放的组件。
类型整数
最小值1
最大值44
不同分子实体的数量
属性rcsb条目信息实体计数
描述每个沉积结构模型的不同聚合物、非聚合物、分支分子和溶剂实体的数量。
类型整数
最小值1
最大值455
不同非聚合物实体的数量
属性rcsb_entry_info.nonpolymer_entity_count公司
描述结构条目中不同非聚合物实体的数量,不包括溶剂。
类型整数
最小值0
最大值30
不同蛋白质实体的数量
属性rcsb入口信息聚合物实体计数蛋白质
描述不同蛋白质聚合物实体的数量。
类型整数
最小值0
最大值150
不同RNA实体的数量
属性rcsb_entry_info.聚合物实体_计数_RNA
描述不同RNA聚合物实体的数量。
类型整数
最小值0
最大值36
不同DNA实体的数量
属性rcsb_entry_info.聚合物实体_计数_DNA
描述不同DNA聚合物实体的数量。
类型整数
最小值0
最大值455
不同NA混合实体的数量
属性rcsb入口信息聚合物实体核酸混合
描述不同杂交核酸聚合物实体的数量。
类型整数
最小值0
最大值
聚合物实例总数(链)
属性rcsb输入信息存放聚合物实体实例计数
描述沉积数据集中的聚合物实例数。这是报告的聚合物实体实例总数每个沉积结构模型。
类型整数
最小值0
最大值1792
非聚合物实例总数
属性rcsb_entry_info.deposited_notpolymer实体实例计数
描述存放数据集中的非聚合物实例数。这是报告的非聚合物实体实例总数每个沉积结构模型。
类型整数
最小值0
最大值5351
每个沉积模型的聚合物残留物总数
属性rcsb入口信息存放聚合物单体计数
描述沉积数据集中样本实体实例中聚合物单体的数量。这是报告的所有聚合物实体实例的单体总数每个沉积结构模型。
类型整数
最小值0
最大值566853
每个沉积模型的非氢原子数
属性rcsb_entry_info.deposited_atom_count报告
描述每个沉积结构模型的重原子坐标记录数。
类型整数
最小值28
最大值3968189
每个沉积模型的氢原子数
属性rcsb_entry_info.deposited_hydrogen_atom_count(rcsb_entry_info.deposited_hydrogen_atom_count)
描述每个沉积结构模型的氢原子坐标记录数。
类型整数
最小值0
最大值680778
每个沉积模型的水分子数
属性rcsb_entry_info.deposited_solvent_atom_count公司
描述每个沉积结构模型的重溶剂原子坐标记录数。
类型整数
最小值0
最大值17738
每个沉积模型的氘化水分子数
属性rcsb_entry_info.deposited_deuterated_water_count公司
描述每个沉积结构模型的氘化水分子数。
类型整数
最小值0
最大值1114
存放模型计数
属性rcsb_entry_info.deposited_model_count报告
描述存放的模型结构数量。
类型整数
最小值1
最大值640
每个存款模型的二硫键计数
属性rcsb_entry_info.dissulfide_bond_count公司
描述每个沉积结构模型的二硫键数量。
类型整数
最小值0
最大值1356
聚合物分子特征
聚合物实体描述
属性rcsb聚合物实体.pdbx说明
描述聚合物实体的描述。
类型一串
示例
绿色荧光蛋白
23S核糖体RNA
NAD依赖蛋白脱乙酰酶sirtuin-5,线粒体
大分子名称
属性rcsb聚合物实体rcsb高分子名称组合名称
描述大分子名称的组合列表。
类型一串
示例
溶菌酶C
质粒重组酶
丙酮酸羧化酶
聚合物实体类型
属性实体_聚合物.rcsb实体_聚合物_类型
描述粗颗粒聚合物实体类型。
类型一串
枚举
蛋白质
DNA
核糖核酸
NA-混合
其他
聚合物实体序列长度
属性实体_多边形.rcsb_sample_sequence_length
描述样本序列的单体长度。
类型整数
最小值1
最大值19000
聚合物实体突变计数
属性实体poly.rcsb_variation_count
描述样本序列中工程化突变的数量。
类型整数
最小值0
最大值657
聚合物实体分子量
属性rcsb聚合物实体公式重量
描述实体的公式质量(KDa)。
类型
最小值0.12
最大值6061.92
示例
40
105
糖基化位点
属性rcsb聚合物结构连接孔
描述相互作用的化学或结构作用
类型一串
枚举
C-甘露糖基化
N-糖基化
O-糖基化
S-糖基化
示例
N-糖基化
O-糖基化
基因名称
属性rcsb实体源组织名称值
描述基因名称。
类型一串
示例
lacA公司
血红素H
源生物分类名称(完整世系)
属性rcsb实体源组织分类线性名称
描述NCBI分类谱系的成员作为父分类名称。
类型一串
示例
智人
小家鼠
聚合物实体名称组合
属性rcsb聚合实体rcsb聚合名称组合名称
描述UniProtKB注释的蛋白质名称或PDB指定的大分子名称
类型一串
源生物分类ID(完整世系)
属性rcsb实体源组织分类线性id
描述NCBI分类世系的成员作为父分类ID代码。
类型一串
示例
9606
10090
源生物体的学名
属性rcsb实体源组织ncbi科学名称
描述与NCBI分类数据库聚合的分类代码关联的学名。该名称对应于PDB储户分配的分类标识符。参考文献:塞尔斯EW、巴雷特T、本森DA、布莱恩特SH、卡内塞K、切特弗宁V、,Church DM、DiCuccio M、Edgar R、Federhen S、Feolo M、Geer LY、,Helmberg W、Kapustin Y、Landsman D、Lipman DJ、Madden TL、Maglott DR、,Miller V、Mizrachi I、Ostell J、Pruitt KD、Schuler GD、Sequeira E、,Sherry ST、Shumway M、Sirotkin K、Souvorov A、Starchenko G、,Tatusova TA、Wagner L、Yaschenko E、Ye J(2009)。数据库资源国家生物技术信息中心。核酸2009年1月决议;37(数据库问题):D5-15。Epub 2008年10月21日。Benson DA、Karsch-Mizrachi I、Lipman DJ、Ostell J、Sayers EW(2009年)。GenBank。核酸研究,2009年1月;37(数据库问题):D26-31。Epub 2008年10月21日。
类型一串
父科学名称(通常为超级王国或分支)
属性rcsb实体源组织ncbi父科学名称
描述PDB寄存者分配的源生物体NCBI分类层次中的父科学名称。对于细胞生物来说,这相当于一个超王国(例如,古生菌、细菌、真核生物)。对于病毒来说对应于一个分支(例如Adnaviria、Bicaudaviridae、Clavaviridae)。对于其他和未分类的条目对应于根级以下任何分类等级的第一级。参考文献:塞尔斯EW、巴雷特T、本森DA、布莱恩特SH、卡内塞K、切特弗宁V、,Church DM、DiCuccio M、Edgar R、Federhen S、Feolo M、Geer LY、,Helmberg W、Kapustin Y、Landsman D、Lipman DJ、Madden TL、Maglott DR、,Miller V、Mizrachi I、Ostell J、Pruitt KD、Schuler GD、Sequeira E、,Sherry ST、Shumway M、Sirotkin K、Souvorov A、Starchenko G、,塔图索娃TA,瓦格纳L,亚申科E,叶J(2009)。数据库资源国家生物技术信息中心。核酸2009年1月决议;37(数据库问题):D5-15。Epub 2008年10月21日。Benson DA、Karsch-Mizrachi I、Lipman DJ、Ostell J、Sayers EW(2009年)。GenBank。核酸研究,2009年1月;37(数据库问题):D26-31。Epub 2008年10月21日。
类型一串
示例
太古宙
细菌
真核生物
阿德纳维氏菌
双冠状病毒科
革兰病毒科
双足Naviria
源生物体类型
属性rcsb实体源组织源类型
描述实体的源类型
类型一串
枚举
基因工程的
自然的
合成的
聚合物实体源计数
属性rcsb聚合物实体rcsb源部件计数
描述聚合物实体的生物源数量。多来源捐款可能来自同一生物体(分类学)。
类型整数
最小值0
最大值21
聚合物实体区分分类计数
属性rcsb聚合物实体rcsb源解析计数
描述聚合物实体的不同源分类数。通常用于鉴定嵌合体聚合物。
类型整数
最小值0
最大值5
表达系统生物体分类名称
属性rcsb实体主机组织名称
描述NCBI分类谱系的成员作为父分类名称。
类型一串
示例
大肠杆菌BL21(DE3)
杆状病毒
表达系统生物分类ID
属性rcsb实体主机组织分类线性id
描述NCBI分类世系的成员作为父分类ID代码。
类型一串
示例
469008
10469
酶分类号
属性rcsb聚合物实体rcsb ec线性id
描述酶分类谱系的成员作为父分类代码。
类型一串
示例
2
2.7.1.153
可迭代的真的
酶分类名称
属性rcsb_聚合物实体.rcsb_ec_线性名称
描述酶分类谱系的成员作为父分类名称。
类型一串
示例
转移酵素
磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶
标识符-Pfam蛋白家族
属性rcsb_聚合物_实体_注释.annotation_id
描述注释的标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
PF00049型
PF00441型
名称-Pfam蛋白家族
属性rcsb聚合物实体名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
胰岛素/IGF/松弛素家族(胰岛素)
酰基CoA脱氢酶,C末端结构域(酰基CoA_dh_1)
名称-IMPC表型
属性rcsb_uniprot_annotation.name(rcsb_uniprot_anotation.name)
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
免疫系统表型
死亡率/老龄化
世系标识符-CARD
属性rcsb多边形实体注释注释线性化.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
注册退休人员:3001059
授权代表:3000015
谱系标识符-已知三维结构的膜蛋白
属性rcsb_聚合物_实体_注释.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
单细胞膜蛋白。氧化酶。单胺氧化酶A
谱系标识符-膜(OPM)数据库中蛋白质的定向
属性rcsb_聚合物_实体_注释.annotation_lineage.id
描述作为父类标识符的注释沿袭的成员。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
跨膜。苦味蛋白。具有NAD(P)结合Rossmann-fold结构域的Bitopic蛋白。含黄素胺氧化还原酶
染色体位点(浏览器ID)
属性rcsb基因组线性id
描述在基因组位置浏览器中唯一标识分类法、染色体或基因的自动分配ID。
类型一串
示例
9606
568815441
414325
世系标识符-Pharos疾病
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
蒙多:0100118
蒙多:0002051
谱系标识符-基因本体
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
GO:0005575号
转到:0005622
世系标识符-InterPro蛋白家族
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
IPR022352型
IPR004825型
世系名称-CARD
属性rcsb聚合物实体名称
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
SHV-1型
SHVβ-内酰胺酶
世系名称-已知3D结构的膜蛋白
属性rcsb聚合物实体名称
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
单胺氧化酶A
谱系名称-膜中蛋白质的定位(OPM)数据库
属性rcsb聚合物实体名称
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_聚合物_实体_注释.类型
嵌套属性示例
含黄素胺氧化还原酶
谱系名称-法老病
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_line名称
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
肝细胞癌
肺结核
世系名称-基因本体
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_linege.name(rcsb_uniprot_annotation.annotation_linege.name)
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation类型
嵌套属性示例
细胞成分
细胞内的
世系名称-InterPro蛋白家族
属性rcsb_uniprot_annotation.annotation_line名称
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_uniprot_annotation.type(rcsb_uniprot_annotation.type)
嵌套属性示例
胰岛素家族
胰岛素
每个聚合物实体的计数-克隆工件、表达式标记、链接器
属性rcsb聚合物实体特征摘要计数
描述功能计数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实体特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值22
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物实体的计数-改性化学成分
属性rcsb聚合物实体特征摘要计数
描述功能计数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实体特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值4128
嵌套属性示例
2
5
每个聚合物实体的覆盖率-克隆产物、表达标签、接头
属性rcsb聚合物实体特征摘要覆盖
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,突变、伪影或修饰单体等特征的分数相对于实体序列的长度。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实体特征摘要类型
嵌套属性示例
0.02
0.12
每个聚合物实体的覆盖率-改性化学成分
属性rcsb聚合物实体特征摘要覆盖
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,突变、伪影或修饰单体等特征的分数相对于实体序列的长度。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实体特征摘要类型
嵌套属性示例
0.01
0.05
参考序列覆盖率-UniProt
属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符参考序列平均值
描述指示此聚合物实体序列覆盖了参考序列的哪个部分。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库名称
嵌套属性示例
0.25
0.75
实体序列覆盖率-UniProt
属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符实体序列平均值
描述指示该聚合物实体序列的哪一部分被引用序列覆盖。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实体容器标识符参考序列标识符数据库名称
嵌套属性示例
0.25
0.75
聚合物实例(链)特征
世系标识符-CATH
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
2.30.30.40
3.30.420.40
世系标识符-SCOP
属性rcsb_polmer_instance_annotation.annotation_linege.id(rcsb_polmer_instance_annotation.annotation_linege.id)
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
82057
53067
谱系标识符-SCOP2家族/超家族
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
3001607
4000551
2000122
1000001
世系标识符-ECOD
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.id
描述作为父类标识符的注释沿袭的成员。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
100001
300013
世系名称-CATH
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
SH3域
ATP合酶
世系名称-SCOP
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
原核SH3-相关结构域
肌动蛋白样ATP酶结构域
世系名称-SCOP2家族/超级家族
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
唾液酸酶类(神经氨酸酶)
依赖FAD的硫醇氧化酶
球状的
唾液酸酶
世系名称-ECOD
属性rcsb_聚合物_实例_注释.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb聚合物实例注释类型
嵌套属性示例
F: Evr1_Alr公司
F: 肽酶_C30_C
每聚合物链计数-CIS肽链
属性rcsb聚合物实例特征摘要计数
描述每个聚合物链的特征数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值301
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物链的计数-蛋白质螺旋
属性rcsb聚合物实例特征摘要计数
描述每个聚合物链的特征数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值374
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物链的计数-Beta-sheets
属性rcsb聚合物实例特征摘要计数
描述每个聚合物链的特征数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值289
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物链的计数-实际空间密度相关离群值
属性rcsb聚合物实例特征摘要计数
描述每个聚合物链的特征数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值2824
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物链的计数-实际空间异常值
属性rcsb聚合物实例特征摘要计数
描述每个聚合物链的特征数。
类型整数
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性最小值1
嵌套属性最大值2825
嵌套属性示例
1
10
每个聚合物链的覆盖率-蛋白质螺旋
属性rcsb聚合物实例特征摘要覆盖
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,CATH或SCOP域、二级结构元素、,未观察到的残差,或相对于实体序列长度的几何异常值。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性示例
0.15
0.45
每个聚合物链的覆盖率-Beta-sheets
属性rcsb聚合物实例特征摘要覆盖
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,CATH或SCOP域、二级结构元素、,未观察到的残差,或相对于实体序列长度的几何异常值。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性示例
0.15
0.45
每个聚合物链的覆盖率-未观察到的残留物
属性rcsb聚合实例特征汇总平均值
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,CATH或SCOP域、二级结构元素、,未观察到的残差,或相对于实体序列长度的几何异常值。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性示例
0.15
0.45
每个聚合物链的覆盖率-未观测到的原子
属性rcsb聚合物实例特征摘要覆盖
描述相对于完整图元序列的部分特征覆盖率。例如,CATH或SCOP域、二级结构元素、,未观察到的残差,或相对于实体序列长度的几何异常值。
类型
嵌套属性rcsb聚合物实例特征摘要类型
嵌套属性示例
0.15
0.45
非聚合物分子特征
组件标识符
属性rcsb非聚合物实体容器标识符非聚合物mp_id
描述此容器中实体的非聚合物(配体)化学成分标识符。
类型一串
示例
全球技术伙伴
STN公司
成分标识符-研究分子
属性rcsb非聚合物实体通告.comp_id
描述实体的非聚合物(配体)化学成分标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb非聚合物实体注释类型
嵌套属性示例
BEZ公司
PQM公司
组件标识符-具有共价链接
属性rcsb非聚合物实例注释.comp_id
描述非聚合物(配体)化学成分标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb非聚合实例注释类型
嵌套属性示例
BMZ公司
列车自动防护系统
组件标识符-具有金属配合
属性rcsb非聚合物实例注释.comp_id
描述非聚合物(配体)化学成分标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb非聚合实例注释类型
嵌套属性示例
SF4气体
组件标识符-没有共价链接
属性rcsb非聚合物实例注释.comp_id
描述非聚合物(配体)化学成分标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb非聚合实例注释类型
嵌套属性示例
J5C型
绑定相关性值-IC50
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值0
嵌套属性最大值第8页第8页
嵌套属性示例
0.8
14
单位纳米
绑定相关性值-EC50
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值0.0040
嵌套属性最大值5.0e7版
嵌套属性示例
0.18
23000
单位纳米
绑定相关性值-Kd
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值0
嵌套属性最大值2.5电子8
嵌套属性示例
6.5
220000
单位纳米
绑定相关性值-Ka
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性示例
7.5
1700
单位
绑定相关性值-Ki
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值0
嵌套属性最大值4.0电子8
嵌套属性示例
4
390000
单位纳米
结合亲和力值-ΔG
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值-65
嵌套属性最大值30
嵌套属性示例
17.2
21.4
单位千焦/摩尔
绑定亲和力值-ΔH
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其目标分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值-1.3平方英寸
嵌套属性最大值73
嵌套属性示例
66.9
123
单位千焦/摩尔
绑定亲和力值-TΔS
属性rcsb绑定附件值
描述配体与其靶分子之间的结合亲和力值。
类型
嵌套属性rcsb_绑定_附件.type
嵌套属性最小值-1.0平方英寸
嵌套属性最大值1.7e3级
嵌套属性示例
18.1
47.2
单位千焦/摩尔
低聚糖/分支分子特征
分支实体类型
属性pdbx实体分支类型
描述这种支链低聚糖的类型。
类型一串
枚举
低聚糖
低聚糖实体描述
属性rcsb分支实体.pdbx描述
描述分支实体的描述。
类型一串
示例
α-D-吡喃葡萄糖-(1-6)-β-D-吡咯葡萄糖
β-D-木糖-(1-4)-β-D-木糖
低聚糖配方重量
属性rcsb分支实体formula_weight
描述分支实体的公式质量(KDa)。
类型
最小值0.27
最大值10.41
示例
0.745
1.2
低聚糖线性描述符-LINUCS
属性pdbx实体分支描述符描述符
描述此数据项包含此实体。
类型一串
嵌套属性pdbx实体分支描述符.type
嵌套属性示例
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[
低聚糖线性描述符-聚糖缩合序列
属性pdbx实体分支描述符描述符
描述此数据项包含此实体。
类型一串
嵌套属性pdbx实体分支描述符.type
嵌套属性示例
DManpa1-2DManpa1-ROH
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-
低聚糖线性描述符-WURCS
属性pdbx实体分支描述符描述符
描述此数据项包含此实体。
类型一串
嵌套属性pdbx实体分支描述符.type
嵌套属性示例
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1
低聚糖成分计数
属性pdbx实体分支.rcsb分支组件计数
描述分支实体中化学成分的数量。
类型整数
最小值2
最大值36
低聚糖成分表
属性rcsb分支实体容器标识符化学合成单体
描述此容器中实体中单体化学成分标识符的唯一列表。
类型一串
示例
抱怨
曼恩
女孩
可迭代的真的
部件特征
每个组件的非氢原子数
属性rcsb_assembly_info.atom_count(rcsb_assembly_info.atom_count)
描述组件非氢原子坐标计数。
类型整数
最小值7
最大值39959280
每个组件的氢原子数
属性rcsb组件信息氢化物原子计数
描述组件氢原子坐标计数。
类型整数
最小值0
最大值5795340
每个组件的水分子数
属性rcsb组件信息solvent_atom_count
描述组装非氢溶剂原子坐标计数。
类型整数
最小值0
最大值78540
每个组件的氘化水分子数
属性rcsb装配信息.中和水计数
描述组件氘化水分子计数。
类型整数
最小值0
最大值2228
每个组件的聚合物残留物数量
属性rcsb组装信息聚合物单体计数
描述组成装配数据集的样本实体实例中的聚合物单体数。这是所有聚合物实体实例的单体总数在生成的装配坐标数据中。
类型整数
最小值0
最大值5340600
每个组件的建模聚合物残留物数量
属性rcsb装配信息模型聚合物单体计数
描述装配坐标数据中建模聚合物单体的数量。这是所有聚合物的已报告坐标数据的单体总数生成的装配坐标数据中的实体实例。
类型整数
最小值0
最大值5086680
每个组件的未建模聚合物残留物数量
属性rcsb装配信息未建模聚合物单体计数
描述装配坐标数据中未建模聚合物单体的数量。这是所有聚合物未报告坐标数据的单体总数生成的装配坐标数据中的实体实例。
类型整数
最小值0
最大值515880
每个组件的聚合物实例(链)数量
属性rcsb组件信息聚合物实体实例计数
描述生成的程序集数据集中的聚合物实例数。这是在装配坐标数据中生成的聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值8280
每个程序集的非聚合物实例数
属性rcsb组件信息非聚合物实体实例计数
描述生成的装配数据集中不包括溶剂的非聚合物实例数。这是在装配坐标数据中生成的非聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值4593
每个程序集的蛋白质实例(链)数
属性rcsb组装信息聚合物实体实例计数蛋白质
描述生成的汇编数据集中的蛋白质聚合物实例数。这是在装配坐标数据中生成的蛋白质聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值8280
每个程序集的DNA实例(链)数
属性rcsb_装配_信息.聚合物_实体_实例_计数_DNA
描述生成的程序集数据集中的DNA聚合物实例数。这是在装配坐标数据中生成的DNA聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值455
每个程序集的RNA实例(链)数
属性rcsb_装配_信息.聚合物实体_实例_计数_RNA
描述生成的汇编数据集中的RNA聚合物实例数。这是在装配坐标数据中生成的RNA聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值180
每个程序集的NA混合实例(链)数
属性rcsb组装信息聚合物实体实例计数核酸性混合
描述生成的组装数据集中混合核酸聚合物实例的数量。这是组装坐标数据中生成的混合核酸聚合物实体实例的总数。
类型整数
最小值0
最大值8
装配实验支架
属性pdbx结构组件授权视频实验支持
描述提供确定此程序集状态的实验方法
类型一串
枚举
核磁共振距离限制
核磁共振弛豫研究
SAXS公司
低聚测定法
交联
电子显微镜
平衡离心
荧光共振能量转移
凝胶过滤
同源性
免疫沉淀
等温滴定量热法
光散射
质谱法
显微镜
天然凝胶电泳
没有人
扫描透射电子显微术
表面等离子体共振
装配实验支架详图
属性pdbx结构组件授权参考详细信息
描述提供有关此程序集证据的任何其他信息
类型一串
示例
细菌视紫红质同源性
通过阴性染色和Cryo-EM观察螺旋丝
对称性符号
属性rcsb结构对称符号
描述对称符号是指Schönflies符号中相同聚合物亚基的点群或螺旋对称。包含用于螺旋对称的点编组符号(例如C2、C5、D2、T、O、I)或H。
类型一串
示例
C1类
第3天
H(H)
注释Id(部件注释)
属性rcsb汇编注释注释id
描述注释的标识符。
类型一串
名称(组件注释)-机构和催化位置图集
属性rcsb汇编注释名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb程序集注释类型
嵌套属性示例
谷氨酸外消旋酶
亮氨酸氨肽酶
低聚物状态
属性rcsb结构对称寡聚物状态
描述低聚物状态是指四元结构中聚合物亚基的组成。四元结构可以由几个完全相同的亚基拷贝组成,在这种情况下,它们被称为同亚基,也可以由至少一个不同亚基拷贝(异亚基)组成。由单个亚基组成的四元结构被表示为“单体”。
类型一串
示例
单体
二聚体人
杂三聚体
对称类型
属性rcsb结构对称类型
描述对称型是指相同聚合物亚基的点群或螺旋对称性。包含用于螺旋对称的点编组类型(例如,循环、二面体)或螺旋。
类型一串
枚举
不对称
循环(Cyclic)
二面体
螺旋形
二十面体
八面体
四面体
对称类
属性rcsb结构对称种类
描述执行对称计算的粒度。在“整体对称性”中,使用了组装中的所有聚合物亚基。在“局部对称性”中,只考虑了聚合物亚基的子集。在“伪对称”中,子单元相似性的阈值被放宽。
类型一串
枚举
全局对称性
局部对称性
伪对称
蛋白质对称性(浏览器ID)
属性rcsb结构对称线.id
描述自动分配ID以唯一标识蛋白质对称浏览器中的对称项。
类型一串
示例
全局对称。循环。C2人2人
方法
实验方法
属性exptl.方法
描述实验中使用的方法。
类型一串
枚举
X射线衍射
电子显微镜
固态核磁共振
溶液核磁共振
中子衍射
电子晶体学
粉末衍射
光纤衍射
溶液散射
电子顺磁共振
荧光转移
红外光谱学
理论模型
示例
X射线衍射
中子衍射
光纤衍射
电子晶体学
电子显微镜
溶液核磁共振
固态核磁共振
溶液散射
粉末衍射
实验方法(更广泛的类别)
属性rcsb输入信息实验方法
描述用于确定结构入口的实验方法类别。
类型一串
枚举
相对长度单位
多种方法
核磁共振
中子
其他
X射线
示例
X射线
实验方法数量
属性rcsb输入信息实验方法计数
描述为结构测定提供数据的实验方法的数量。
类型整数
最小值1
最大值
细化分辨率
属性rcsb_entry_info.resolution_合并
描述对有助于改进结构模型的实验分辨率的综合估计。“refine.ls_d_res_high”中报告的分辨率用于X射线衍射、光纤衍射、,粉末衍射、电子晶体学和中子衍射“细化.pdbx_refine_id”。“em_3d_reconstruction.Resolution”中报告的分辨率用于电子显微镜。对应于“em_3d_reconstructure.resolution _method”的最佳值=“FSC 0.143 CUT-OFF”如果可用,则使用。如果不是,则使用最佳的“em_3d_reconstruction.resolution”值。对于不是通过基于衍射的方法获得的结构忽略“refine.ls_d_res_high”。只有在结构确定中使用多种方法时,才会报告多个值。
类型
最小值0.48
最大值70
示例
1.11
2.05
软件
属性rcsb_entry_info.software_programs_combined(rcsb_entry_info.software_programs_combined)
描述与生成此条目相关的报告的软件程序名称的组合列表。
类型一串
示例
相位器
菲尼克斯
REFMAC公司
启动模型类型
属性pdbx初始定义模型类型
描述此项描述生成的初始模型的类型
类型一串
枚举
实验模型
在硅模型中
一体化模型
其他
启动模型源
属性pdbx初始定义模型源名称
描述此项标识用于优化的初始模型的资源
类型一串
枚举
AlphaFold公司
ITasser公司
洞察力II
模型存档
建模师
其他
PDB公司
PDB-开发
菲莉
罗贝塔
罗斯塔福尔德
瑞士模式
启动模型访问
属性pdbx初始定义模型附加代码
描述此项标识初始模型所在资源的登录代码已使用
类型一串
X射线方法详情
结构确定方法
属性细化pdbx方法到确定结构
描述用于确定结构的方法。
类型一串
示例
AB初始相位
DM公司
ISAS公司
国际标准情报研究所
以色列伊斯兰共和国
摩洛哥迪拉姆
MIR公司
MIRAS公司
先生
统计资料记录
SIRAS公司
平均B系数
属性细化。B_平均
描述平均各向同性位移参数(B值)对于坐标集。
类型
最小值-13.76
最大值1274.1
精炼R系数(观察值)
属性精炼.ls_R_factor_obs
描述满足分辨率的反射的剩余因子R由_refine.ls_d_res_high和_refine.ls_dres_low和由_refns.observed_c标准。_不应将refine.ls_R_factor_obs与_细化.ls_R_factor_R_work;前者报告了使用所有观察到的反射的精细化后者是一种细化,其中观察到的计算时,反射被排除在细化范围之外“自由”R因子。然而,引用它是有意义的如果计算了大多数情况下的“自由”R系数,则这两个值细化,但使用了所有观察到的反射在最后几轮改进中;这样的协议应该是在_refine.details中解释。总和|F~ obs~-F~计算~|R=---------------------sum|F~个obs~|F~obs~=观察到的结构系数振幅F ~ calc ~=计算的结构系数振幅在指定反射上求和
类型
最小值0.04
最大值0.98
精炼R系数(全部)
属性细化.ls_R_factor_all
描述满足分辨率的所有反射的剩余因子R由_refine.ls_d_res_high和_细化ls_d_res_low。总和|F~ obs~-F~计算~|R=---------------------sum|F~个obs~|F~obs~=观察到的结构系数振幅F ~ calc ~=计算的结构系数振幅在指定反射上求和
类型
最小值0
最大值1
精炼R系数(R功)
属性精化.ls_R_factor_R_work
描述满足分辨率的反射的剩余因子R由_refine.ls_d_res_high和_refine.ls_dres_low和由_refns.observed_c标准,并用作工作细化包括计算“自由”R系数。反射如何分配给工作和测试集在reflns中给出。R_free_details。_不应将refine.ls_R_factor_obs与_精化.ls_R_factor_R_work;前者报告了使用所有观察到的反射的精细化后者是一种细化,其中观察到的计算时,反射被排除在细化范围之外“自由”R因子。然而,引用它是有意义的如果计算了大多数情况下的“自由”R系数,则这两个值细化,但使用了所有观察到的反射在最后几轮改进中;这样的协议应该是在_refine.details中解释。总和|F~ obs~-F~计算~|R=---------------------sum|F~个obs~|F~obs~=观察到的结构系数振幅F ~ calc ~=计算的结构系数振幅在指定反射上求和
类型
最小值0.04
最大值0.61
精炼R因子(无R)
属性精炼.ls_R_factor_R_free
描述满足分辨率的反射的剩余因子R由_refine.ls_d_res_high和_refine.ls_dres_low和由_refns.observed_c标准,用于测试细化包括计算“自由”R系数。如何将反射分配给工作和测试集在reflns中给出。R_free_details。总和|F~ obs~-F~计算~|R=---------------------sum|F~个obs~|F~obs~=观察到的结构系数振幅F ~ calc ~=计算的结构系数振幅在指定反射上求和
类型
最小值0.05
最大值0.56
结构优化详细信息
属性细化细节
描述精炼过程特殊方面的描述。
类型一串
示例
在行驶位置添加了氢气
X射线数据采集详细信息
数据收集分辨率
属性rcsb_entry_info.diffrn解决方案高值
描述数据采集的高分辨率限制。
类型
最小值0.48
最大值15
B Wilson估算
属性回流。B_iso_Wilson估算
描述整体各向同性位移参数的值根据威尔逊图的斜率估算。
类型
最小值-242.62
最大值1119.43
总体冗余
属性reflns.pdbx冗余
描述此数据集的总体冗余。
类型
最小值0.04
最大值26558
可能的反射百分比
属性回复.百分比_可能的_obs
描述表示的几何可能反射的百分比通过满足规定分辨率极限的反射通过_reflns.d_resolution_high和_reflns.d_resolation_low以及由确定的观测极限_refns.observed_criteration。
类型
最小值0.04
最大值100
合并强度R值(观察)
属性参考.pdbx_Rmerge_I_obs
描述满足观测值的合并强度R值此数据集中的条件。
类型
最小值0
最大值9.9
衍射检测器
属性衍射探测器类型
描述所用探测器的品牌、型号或名称。
类型一串
示例
DECTRIS PILATUS 12米
雷奥尼克斯MX-325
衍射源同步加速器站点
属性diffrin_source.pdbx同步加速器站点
描述同步加速器站点。
类型一串
示例
辅助电源
NSLS-II公司
衍射源同步加速器束线
属性衍射源.pdbx同步电子束
描述同步加速器束线。
类型一串
示例
17-ID-1号机组
19-标识
衍射源普通类
属性衍射源
描述辐射源的一般类别。
类型一串
示例
密封X射线管
核反应堆
散裂源
电子显微镜
旋转阳极X射线管
同步加速器
衍射源温度
属性衍射环境温度
描述强度为仔细斟酌的。
类型
最小值0
最大值446.15
最小衍射波长
属性rcsb_entry_info.diffrn_radiation_wavelength_最小
描述最小辐射波长(埃)。
类型
最小值0
最大值81798
最大衍射波长
属性rcsb_entry_info.diffrn辐射波长最大值
描述最大辐射波长,单位为埃。
类型
最小值0
最大值979257
单元尺寸和空间组
长度a
属性单元格长度a
描述单元-单元长度a对应于中报告的结构埃。
类型
最小值1
最大值1255
长度b
属性单元格长度b
描述单位-细胞长度b对应于中报告的结构埃。
类型
最小值1
最大值1255
长度c
属性单元格长度c
描述单位-细胞长度c对应于中报告的结构埃。
类型
最小值1
最大值1933.3
角度alpha
属性单元格角度α
描述所报告结构的单位-细胞角α(以度为单位)。
类型
最小值58.8
最大值124.81
角度β
属性单元格角度
描述所报告结构的单位-细胞角β(以度为单位)。
类型
最小值45.4
最大值164.34
角度gamma
属性单元格角度伽马
描述所报告结构的单位-细胞角γ(以度为单位)。
类型
最小值57.76
最大值125
空间组
属性对称空间组名称_H_M
描述赫尔曼·莫金太空团体的象征。请注意Hermann-Mauguin符号不一定包含完整关于对称性和空间群起源的信息。如果使用,始终提供国际表格中的FULL符号并指出起源和设置(如果它不是隐式的)。如果有任何疑问等效位置可以从中唯一地推导出来符号,指定_symmetry_equiv.pos_asxyz或_symmetry.space_group_name_Hall数据项。离开参考符号之间的空格不同的轴。
类型一串
示例
答1
答1 2 1
答2
乙1 1 2
B 2类
乙2 21 2
C 2类
C 1 2 1
C 21类
丙1211
C2(甲112)
C 2 2 2
C 2 2 21号
C 4 21 2
F 2 2 2楼
F 2 3楼
传真4 2 2
传真4 3 2
传真41 3 2
I 1 2 1
I 1 21 1
I 2类
I 2 2 2
I 2 3号机组
I 21岁
我21 3
I 21 21 21
I 4类
I 4 2 2
我4 3 2
I 41岁
I 41/年
I 41 2 2号
I 41 3 2号
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第2 21 21页
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第1211页
第21页/c 1
第1页,第21页
第21页(C)
第21 2 21页
第213页
第21 21 2页
P 21 21 2安
电话21 21 21
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第64页
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电话:65 22
第3页
第3轮
H 3 2型
R 3 2号机组
晶体性质
密度(马修斯)
属性exptl_晶体密度_附件
描述晶体密度,表示为不对称单元的体积与a的分子质量结构单体,单位为埃每道尔顿^3。参考:Matthews,B.W.(1968)。分子生物学杂志。33, 491-497.
类型
最小值0
最大值45.14
示例
3.1
密度(溶剂%)
属性导出晶体密度百分比
描述根据晶胞和含量计算的密度值P,表示为溶剂百分比。P=1-(1.23牛顿质量)/VN=单元单元中的分子数M质量=每个分子的分子质量(gm/mole)V=单位电池的体积(A^3^)1.23=换算系数评估为:(0.74 cm^3^/g)(10^24^A^3^/cm^3^)--------------------------------------(6.02*10^23^)分子/摩尔其中0.74是部分特定值的假设值分子的体积
类型
最小值0
最大值96.06
温度
属性exptl_晶体生长.temp
描述晶体生长的温度,单位为开尔文。如果在结晶过程中,应注意最终温度这里和涉及多个温度的协议应该是如_exptl_crystal_grow.details中所述。
类型
最小值100
最大值328
酸碱度
属性exptl晶体生长.pH
描述晶体生长时的pH值。如果超过一个pH值在结晶过程中使用,最终pH值应注意此处以及涉及多个pH值的协议应在_exptl_crystal_grow.details中进行描述。
类型
最小值0
最大值12
示例
7.4
7.6
4.3
结晶方法
属性exptl晶体生长方法
描述生长晶体的方法。
类型一串
示例
微型电池
蒸汽扩散,悬挂液滴
结晶细节
属性exptl_crystal_grow.pdbx详细信息
描述晶体生长程序的文字描述。
类型一串
示例
聚乙二醇4000、磷酸钾、氯化镁、二甲氨基甲酸酯
孪生类型
属性pdbx文件类型
描述孪晶有两种类型:半面体或半面体非汞合金或外延对于四面体孪晶,来自不同畴的衍射图案为完全可叠加。半面体孪晶是半面体的特例孪生。它只涉及两个不同的领域。伪多面体孪晶是晶格重合重叠的亚类merohedral孪晶。在非四面体或外延孪晶的情况下晶格并不完全重叠。在这种情况下,衍射图案由两个(或多个)互穿晶格组成,原则上可以被分开。
类型一串
枚举
外延的
半面体的
merohedral的
非merohedral
假四面体
四分体的
EM方法详细信息
重建分辨率
属性em3d重建分辨率
描述3D重建的最终分辨率(埃)。
类型
最小值0.6
最大值70
示例
8.9
10
EM样本聚集状态
属性em实验聚集状态
描述成像样本的聚集/组装状态。
类型一串
枚举
微粒
单元格
长丝
螺旋阵列
2D阵列
3D阵列
组织
EM重建方法
属性em_实验.重建方法
描述EM实验中使用的重建方法。
类型一串
枚举
结晶学
螺旋形
单颗粒
子波平均
层析成像
EM软件
属性em软件名称
描述所使用的软件包的名称,例如RELION。存款人鼓励在此字段中提供值。
类型一串
示例
EMAN公司
形象
蜘蛛
倍丝柔
UCSF-Chimera公司
EM玻璃化仪
属性em玻璃化仪器
描述玻璃化过程中使用的仪器类型。
类型一串
枚举
冷冻玻璃喷射器
EMS-002快速浸没式冰箱
FEI-VITROBOT标记I
FEI VITROBOT标记II
FEI VITROBOT标记III
FEI VITROBOT标记IV
GATAN CRYOPLUNGE 3号机组
HOMEMADE柱塞
莱卡EM CPC
LEICA EM总成
莱卡KF80
莱卡柱塞
REICHERT-JUNG柱塞
体育
蔡司柱塞冷冻箱
EM显微镜模型
属性em图像显微镜模型
描述显微镜模型的名称。
类型一串
枚举
费·莫加尼
菲波拉拉300
费塔洛斯北极
FEI TECNAI 10号
费特奈12
FEI TECNAI 20号
FEI TECNAI ARCTICA公司
FEI TECNAI 20层
FEI TECNAI F30楼
FEI TECNAI球体
FEI TECNAI精神
飞泰坦
费蒂坦·克里斯
FEI/飞利浦CM10
FEI/飞利浦CM12
FEI/飞利浦CM120T
FEI/PHILIPS CM200FEG公司
FEI/PHILIPS CM200FEG/SOPHIE公司
FEI/PHILIPS CM200FEG/ST公司
FEI/PHILIPS CM200FEG/UT公司
FEI/飞利浦CM200T
FEI/PHILIPS CM300FEG/HE公司
飞/飞利浦CM300FEG/ST
FEI/PHILIPS CM300FEG/T公司
FEI/飞利浦EM400
FEI/飞利浦EM420
日立EF2000
日立EF3000
日立H-9500SD
日立H3000 UHVEM
日立H7600
日立HF2000
日立HF3000
JEOL 1000EES公司
JEOL 100B型
JEOL 100CX系列
JEOL 1010标准
JEOL 1200型
JEOL 1200EX公司
JEOL 1200EXII公司
JEOL 1230标准
JEOL 1400型
1400日元/小时+YPS FEG
JEOL 2000EX系列
JEOL 2000EXII公司
JEOL 2010年
JEOL 2010年版
JEOL 2010HC公司
JEOL 2010HT公司
2010年6月
2011年JEOL
JEOL 2100型
JEOL 2100F公司
JEOL 2200FS公司
JEOL 2200FSC公司
JEOL 3000SFF公司
JEOL 3100FEF公司
JEOL 3100FFC公司
JEOL 3200FS公司
JEOL 3200FSC公司
4000日元
JEOL 4000EX系列
JEOL CRYO臂200
JEOL CRYO臂300
JEOL KYOTO-3000SFF公司
西门子苏莱卡
TFS玻璃
TFS KRIOS公司
TFS塔洛斯
TFS塔洛斯F200C
TFS塔洛斯L120C
TFS TUNDRA公司
蔡司LEO912
蔡司LIBRA120PLUS
EM加速电压
属性em映像加速电压
描述用于成像的加速电压值(kV)。
类型整数
最小值30
最大值300300
电磁成像探测器
属性em_image_recording.film_or_detector_模型
描述用于记录图像的探测器类型。通常是胶片、CCD相机或直接电子探测器。
类型一串
施加EM点对称
属性em单个粒子实体点对称
描述点对称符号,Cn、Dn、T、O或I
类型一串
示例
C1类
C5级
补体第四成份
EM染色材料
属性em_染色材料
描述染色材料。
类型一串
示例
乙酸铀酰
核磁共振方法详细信息
核磁共振光谱仪制造商
属性pdbx_nmr_光谱仪制造商
描述光谱仪制造商的名称。
类型一串
示例
瓦里安
布吕克
JEOL公司
通用电气公司
核磁共振光谱仪模型
属性pdbx_nmr_光谱仪.模型
描述核磁共振波谱仪的模型。
类型一串
示例
贪婪
AVANCE二
AVANCE三
AVANCE III高清
世界卫生组织
WM公司
调幅
AMX公司
DMX公司
DRX公司
MSL公司
欧米茄
欧米茄PSG
GX公司
GSX公司
美国铝业公司
欧盟委员会
前任
洛杉矶
电子控制面板
VXRS系统
联合
UNITYPLUS公司
INOVA公司
核磁共振谱仪场强
属性pdbx_nmr_光谱仪.field_强度
描述分光计的场强(MHz)
类型
最小值0
最大值3400
核磁共振法测定结构
属性pdbx_nmr_refine方法
描述用于确定结构的方法。
类型一串
示例
模拟退火
距离几何图形模拟退火分子动力学矩阵松弛扭角动力学
链接的外部资源
实验数据资源
属性rcsb外部引用类型
描述外部资源的内部标识符。
类型一串
枚举
BMRB公司
EM数据资源
NAKB公司
国家开发银行
奥德拉多
蛋白质衍射
SB网格
UniProt-mapped资源
属性rcsb_uniprot_external_reference.reference名称
描述
类型一串
枚举
GTEX公司
IMPC公司
法罗斯
主要出版物
主要引文作者
属性rcsb主要作者
描述引文作者姓名;与日记账相关文章、书籍和书籍章节。名称由竖线分隔。家族名称,后跟逗号,包括王朝成分,位于名字或首字母之前。
类型一串
示例
珀西瓦尔·R·布莱里。
主要引文标题
属性rcsb主要职位
描述引文标题;与期刊文章、书籍相关和书籍章节。
类型一串
示例
差异化鸭卵转铁蛋白的结构分辨率为2.35埃。
主要引文期刊名称(缩写)
属性rcsb主要声明.rcsb日志
描述规范化期刊缩写。
类型一串
示例
自然结构分子生物学
主要引文出版年份
属性rcsb主要运行年份
描述引用年份;与期刊文章、书籍相关和书籍章节。
类型整数
最小值1969
最大值2024
主要引文DOI
属性rcsb主引用.pdbx_数据库_id_DOI
描述doi.org使用文档对象标识符来唯一地指定书目条目。
类型一串
示例
10.2345/S1384107697000225号
主要引文作者ORCID
属性rcsb_primary_citation.rcsb_ORCID_标识符
描述引用作者的开放研究者和贡献者ID(ORCID)标识符。
类型一串
示例
0000-0002-6681-547倍
PubMed摘要
属性rcsb提交摘要文本
描述简明、准确和真实的论文内容迷你版。
类型一串
MeSH标识符
属性rcsb_pubmed_mesh_descriptors_lineage.id
描述MeSH分类术语的标识符。
类型一串
示例
E01.370.225.500.388号
H01.181号
MeSH描述符
属性rcsb_pubmed _ mesh _描述符_线条名称
描述MeSH分类术语。
类型一串
示例
化学
哺乳动物
治疗用途
所有出版物
引文作者
属性引文.rcsb_authors
描述引文作者姓名;与日记账相关文章、书籍和书籍章节。名称由竖线分隔。姓氏,后跟逗号,包括任何王朝成分,位于名字或首字母之前。
类型一串
示例
珀西瓦尔·R·布莱里。
引文标题
属性引文.标题
描述引文标题;与期刊文章、书籍相关和书籍章节。
类型一串
示例
差异化鸭卵转铁蛋白的结构分辨率为2.35埃。
引文期刊名称(缩写)
属性引文.rcsb_journal_abbrev
描述规范化期刊缩写。
类型一串
示例
自然结构分子生物学
引文出版年份
属性引用.年
描述引用年份;与期刊文章、书籍相关和书籍章节。
类型整数
最小值1947
最大值2024
引文DOI
属性引文.pdbx数据库_id_DOI
描述doi.org使用的文档对象标识符指定书目条目。
类型一串
示例
10.2345/S1384107697000225号

化学属性

化学成分
化学品ID
属性rcsb_chem_comp_container_identifiers.comp_id
描述化学成分标识符。
类型一串
示例
列车自动防护系统
STI公司
可迭代的真的
化学品名称
属性化学成分名称
描述组件的全名。
类型一串
示例
丙氨酸
缬氨酸
腺嘌呤
胞嘧啶
化学同义词
属性rcsb_chem_comp_synonyms.name(rcsb_chem_comp_synonyms.name)
描述这种特殊化学成分的同义词。
类型一串
示例
乌索酸
塔洛曲辛
4-氧代十二烷二酸
化学成分发布日期
属性rcsb_chem_comp_info.initial_release日期
描述化学定义在PDB存储库中发布的初始日期。
类型一串
最小值1973-05-03
最大值2024-09-18
示例
2016-09-11
化学成分类型
属性化学合成类型
描述对于标准聚合物组分,单体的类型。注意,形成聚合物的单体有三种类型:连接单体,带有某种类型N末端(或5')的单体盖和带有某种类型的C末端(或3')盖的单体。
类型一串
枚举
D-β肽,C-γ连接
D-γ-肽,C-δ连接
D-肽COOH羧基末端
D-肽NH3氨基末端
D-肽连接
D-糖
D-糖,α连接
D-糖,β连接
DNA OH 3质数末端
DNA OH 5质数末端
DNA连接
L-DNA连接
L-RNA连接
L-β肽,C-γ连接
L-γ肽,C-δ连接
L-肽COOH羧基末端
L-肽NH3氨基末端
L-肽连接
L-糖
L-糖,α连接
L-糖,β连接
RNA OH 3主要末端
RNA OH 5主要末端
RNA连接
非聚合物
其他
肽连接
肽样的
糖类
药物目标名称
属性rcsb主题压缩目标名称
描述化学成分目标名称。
类型一串
药品品牌名称
属性药品银行_ info.品牌_名称
描述DrugBank药品品牌名称。
类型一串
示例
阿特里福斯;斯特拉迪恩
药物组
属性药品银行_信息.drug _组
描述DrugBank药物小组确定其药物开发状态。
类型一串
枚举
经核准的
实验的
非法的
调查性的
营养保健品
兽医批准
撤回
示例
经核准的
营养品
药物已获批准
属性药品银行_info.drug_products.approved
描述表明该药物是否已获监管政府批准。
类型一串
枚举
N个
Y(Y)
药物营销开始
属性药品银行信息.drug_products.started_marketing_on
描述市场批准的开始日期。
类型一串
最小值1880-01-01
最大值2077-01-01
示例
1992-12-31
药物营销结束
属性药品银行info.drug_products.ended_marketing_on
描述市场批准的结束日期。
类型一串
最小值1936-01-02
最大值2050-08-02
示例
2003-07-30
药品市场可用性
属性药品银行信息.drug_products.country
描述这种市售药物已获批准的国家。
类型一串
枚举
加拿大
欧盟
美国
示例
加拿大
InChiKey智能钥匙
属性rcsb_chem_cmp_descriptor。InChIKey公司
描述标准IUPAC国际化学标识符(InChI)描述符密钥用于化学成分InChI,IUPAC国际化学标识,作者:斯蒂芬·海勒、艾伦·麦克诺特、伊戈尔·普列特涅夫、斯蒂芬·斯坦因和德米特里·切霍夫斯科伊,化学信息学杂志,2015,7:23
类型一串
示例
BNOCDEBUFVJMQI-REOHCLBHSA-N公司
化学成分分子量
属性化学成分配方重量
描述化学成分的质量公式。
类型
最小值2.01
最大值12016
示例
120.12
450.1
化学成分非氢原子数
属性rcsb_chem_comp_info.atom_count_heavy(重量)
描述化学成分重原子数
类型整数
最小值0
最大值352
化学成分手性原子数
属性rcsb_chem_comp_info.atom_count_chiral公司
描述化学成分手性原子数
类型整数
最小值0
最大值52
化学成分键计数
属性rcsb_chem_comp_info.bond计数
描述化学成分总结合数
类型整数
最小值0
最大值727
化学成分芳香键计数
属性rcsb_chem_comp_info.bond_count_aromatic
描述化学成分芳香键计数
类型整数
最小值0
最大值116
识别码-DrugBank
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
DB06830号
DB07255号
识别码-CCDC/CSD
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
QAXDEZ公司
XEGJEA公司
识别码-COD
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
2236573
7229993
识别码-RESID
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession_code(rcsb_chem_comp_related.resource_accession_code)
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
AA0078型
AA0034型
标识符代码-PubChem
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
3082729
5289380
标识符代码-ChEBI
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
切比:151557
切比:6198
标识符代码-ChEMBL
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
支票1165239
CHEMBL3330255号机组
标识符代码-CAS注册号
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
2133-34-8
30565-25-4
标识符代码-标语
属性rcsb_chem_comp_related.resource_accession代码
描述相关化学参考的资源标识符代码。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_related.resource_name(资源名称)
嵌套属性示例
化学式1165239
CHEMBL3330255号机组
名称-RESID生成酶
属性rcsb_chem_comp_annotation名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
蛋白质N-末端甲基转移酶(酶代码EC2.1.1.-)
自动催化的
名称-RESID修改
属性rcsb_chem_comp_annotation.name(rcsb_chem_comp_annotation.name)
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
甲状腺素
N4-甲基天冬酰胺
名称-碳水化合物阳极
属性rcsb_chem_comp_annotation名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
阿尔法
贝塔
名称-碳水化合物异构体
属性rcsb_chem_comp_annotation名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
D类
L(左)
名称-碳水化合物环
属性rcsb_chem_comp_annotation名称
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
吡喃糖
呋喃糖
名称-碳水化合物初级羰基
属性rcsb_chem_comp_annotation.name(rcsb_chem_comp_annotation.name)
描述注释的名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
醛糖
酮糖
世系名称-ATC(WHO)
属性rcsb_chem_comp_annotation.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation.type(rcsb_chem_comp_annotation.type)
嵌套属性示例
利苏利德
乙基丙烯酸
世系名称-PSI-MOD
属性rcsb_chem_comp_annotation.annotation_lineage.name
描述注释沿袭的成员作为父类名称。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
单甲基化残渣
α-氨基单甲基化残渣
血统识别码-ATC(WHO)
属性rcsb_chem_comp_annotation.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
G02CB02号机组
C03CC01型
谱系标识符-PSI-MOD
属性rcsb_chem_comp_annotation.annotation_lineage.id
描述注释沿袭的成员作为父类标识符。
类型一串
嵌套属性rcsb_chem_comp_annotation类型
嵌套属性示例
型号:00599
型号:01680
生物有趣分子(BIRD)
鸟类ID
属性pdbx参考分子.prd id
描述_pdbx_reference_molecule.prd_id的值是唯一标识符作为这个家族中的参考分子。按照惯例,该ID唯一识别在PDB参考字典中。ID的模板格式为PRD_dddddd(例如PRD_00001)
类型一串
示例
项目_ 000001
项目_ 0000010
可迭代的真的
BIRD名称
属性pdbx参考分子名称
描述实体的名称。
类型一串
示例
硫链球菌素
鸟类类型
属性pdbx参考分子类型
描述定义实体的结构分类。
类型一串
枚举
氨基酸
氨基糖苷类
安沙霉素
蒽环类
蒽醌
白垩岩
白细胞,多肽
发色团
环脱硫肽
环脂肽
环肽
糖肽
杂环化合物
伊米诺糖
酮酸
脂糖肽
脂肽
大环内酯
非聚合物
核苷
寡肽
低聚糖
Peptaibol公司
肽样
多环
多肽
多糖
喹诺酮类
菱铁矿
硫内酯
硫肽
未知
示例
肽样
大环内酯
鸟类
属性pdbx引用分子类
描述广义地定义实体的功能。
类型一串
枚举
敌手
驱虫的
抗生素
抗生素,Anthelmintic
抗生素、抗菌剂
抗生素,抗肿瘤
抗癌药物
抗凝剂
抗凝、抗血栓
抗真菌药
抗原
抗炎药
抗菌剂
抗菌、抗寄生虫、抗生素
抗菌、抗逆转录病毒
抗菌、抗肿瘤
抗肿瘤药
抗寄生虫
抗逆转录病毒
抗血栓药物
抗肿瘤
抗病毒药物
半胱氨酸蛋白酶抑制剂
伴侣结合
药物输送
酶抑制剂
聚糖组分
生长因子
免疫抑制剂
诱导器
抑制剂
灯盏座的
新陈代谢
金属运输
营养物
氧化还原
蛋白质结合
受体
基板模拟
合成阿片类
凝血酶抑制剂
凝血酶抑制剂、胰蛋白酶抑制剂
毒素
过渡状态模拟
运输激活器
胰蛋白酶抑制剂
未知
保水性


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上次更新时间:2024年9月17日星期二