PDB文件格式
PDB数据的主要数据格式是PDBx/mmCIF格式。请参见格式指南和完整的参考mmCIF字典了解更多信息。数据也以XML格式（PDBML）提供，遵循相同的mmCIF字典。此外，在某些情况下，数据在遗留系统中提供PDB格式.
没有PDB格式文件的PDB条目
几种类型的PDB条目不再以传统PDB格式提供：
- 包含多个字符链ID的条目
- 包含超过62条链的条目
- 包含>99999 ATOM坐标的条目
- 具有复杂测试表拓扑的条目，请参阅更多详细信息
- 包含B系数>999.99的条目
- 具有5个字符长的化学ID（配体和化学成分）的条目。学习关于化学ID的更多信息.
请注意，可以使用以下命令找到上面列出的条目高级搜索（在“沉积”>“与PDB格式兼容”>“等于”>“N”下）
此外，带有扩展CCD或PDB ID的PDB条目将仅以PDBx/mmCIF格式分发。学习有关扩展CCD和PDB ID的更多信息.
PDB捆绑包
包含PDB格式最佳效果/最小文件集合的TAR文件可用于某些没有旧版PDB格式文件的条目（例外情况是：单链中包含>99999 ATOM坐标的条目和具有复杂测试表拓扑的条目）。整个结构被划分为几个最小文件。TAR文件可从每个Structure Summary页面和PDB FTP存档中的单独目录下载(https://files.wwpdb.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle/)按4个字符PDB ID的中间两个字符分组。
尽力而为/最小PDB格式文件仅包含HEADER、AUTHOR、JRNL、CRYST1、SCALEn、ATOM、HETATM记录下的作者、引文详细信息和坐标数据。
以下PDB记录未包含在最佳/最小文件中：OBSLTE、TITLE、CAVEAT、COMPND、SOURCE、KEYWDS、EXPDTA、REVDAT、SPRSDE、REMARKS、DBREF、SEQADV、SEQRES、MODRES、HET、HETNAM、HETSYN、FORMUL、HELIX、SHEET、SSBOND、LINK、CISPEP、SITE、ORIGXn、MTRIXn、CONECT。
示例：条目4u50的截短最佳效果/最小文件
标题核糖体2014-07-24 XXXX
作者N.GARREAU DE LOUBRESSE，I.PROKHOROVA，G.YUSUPOVA，M.YUSUPOV
JRNL授权N.Garreau de Loubresse，I.Prokhorova，W.Holtkamp，
JRNL AUTH 2 M.V.Rodnina、G.Yusupova、M.Yusupov
JRNL TITL真核生物抑制的结构基础
JRNL TITL 2核糖体。
JRNL参考自然V.513 517 2014
英国JRNL REFN NATUAS 1476-4687
JRNL PMID 25209664
JRNL DOI 10.1038/nature13737
晶体1 434.390 285.580 303.060 90.00 98.99 90.00 P 1 21 1 4
比例尺1 0.002302 0.000000 0.000364 0.00000
比例尺2 0.000000 0.003502 0.000000 000000
比例尺3 0.000000 0.000000 0.003341 0.00000
原子1 P U A 1-88.608 31.952 64.746 1.00 81.64 P
苯甲醚1 P U A 1 5964 13260 11795 1046-383-1793 P
原子2 OP1 U A 1-88.681 32.341 63.314 1.00 82.66 O
ANISOU 2 OP1 U A 1 6111 13412 11886 1075-507-1778欧
...
TAR文件还包含一个索引文件，其中包含大条目中的链与最小PDB格式文件中的链之间的映射。
示例：条目4u50的截断索引文件
新链ID原始链ID
4u50-pdb-bundle1.pdb：
答2
B S0号
C S1型
D S2型
...
没有标准PDB格式文件的所有结构条目的索引在PDB FTP站点上定期更新，网址为https://files.wwpdb.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle/pdb_bindle_index.txt。随着新的大型构筑物的存放和释放，该列表将继续增长。
历史上，包含超过62条链和/或99999条ATOM行的大型文件被“分割”到多个PDB格式文件中。2014年底，这些文件合并为单个条目(wwPDB公告). 可以在以下位置找到一个索引文件：将大型结构映射到相应的废弃拆分条目https://files.wwpdb.org/pub/pdb/compatible/pdb_bundle/large_split_mapping.tsv。此文件未列出从未作为拆分条目存放的大型结构。
