视频：条目、实体、程序集和实例
概述
生物分子是层次结构。例如，蛋白质由线性氨基酸链组成，这些氨基酸链（通常）折叠成紧密的亚单位，然后可以与其他蛋白质、小分子配体、水或其他溶剂分子结合成更高级的组装体。蛋白质数据库（PDB）档案中的生物分子使用此层次结构进行组织和表示，以简化搜索和探索。
定义
通常使用四个层次结构级别：条目、实体、实例和程序集：
- ENTRY是与存放在PDB中的特定结构有关的所有数据，并用称为PDB标识符或PDB ID（例如2hbs）的4个字符的字母数字标识符指定。
- 实体是一种化学上独特的分子，可以是聚合物，例如蛋白质链或DNA链，也可以是非聚合物，例如可溶性配体。一些条目甚至可能具有分支聚合物实体，例如低聚糖。
- 实例是实体的特定出现。ENTRY可以包含实体的多个实例，例如，同源寡聚蛋白中的蛋白质链的多个副本。
- 组件是由一个或多个实体的一个或一个以上实例组成的生物相关组，这些实体相互关联以形成稳定的复合物和/或执行功能。
探索PDB的相关性
理解这些术语中的层次结构有助于探索PDB，搜索和识别相关结构，并对其进行有意义的可视化/分析。
- PDB中的每个ENTRY包含至少一个聚合物实体或一个分支实体（线性或分支低聚糖）。入口由PDB ID标识。
- 由于ENTRY中可以有给定实体的多个实例，因此聚合物或分支实体的每个实例都有一个唯一的链标识符或链ID（一个或多个字母数字字符，例如a、AA…）。链ID提供了一种简单的方式来参考、选择和显示每个聚合物和支链实体的每个特定实例。然而，没有指定链ID的具体理由。因此，在同一蛋白质的两个不同入口中分配给实体的链ID可能不同。了解有关标识符的更多信息在这里。
- 非聚合物实体的每个实例由聚合物实体的最近相邻实例的链ID标识，并通过唯一编号进行额外区分（例如，与ID=a的同一蛋白质链相关联的两个血红素基团可标识为A101和A102）。
- 形成ASSEMBLIES的实体实例的各种分组被分配了程序集ID（例如，1、2、…）。
总之，沉积的ENTRY包含至少一个聚合物或分支实体的一个或多个实例，它们排列在一个或更多组件中。
例子
|
| 图1:PDB条目2hbs中的实体、条目、实例和程序集示例 |
- PDB ENTRY 2hbs包括两个完整的镰状细胞血红蛋白四聚体，其中包含血红素辅因子，并被许多水分子包围。
- 每个四聚体都是一个组件（具有不同的生物组件ID），由两个聚合物实体组成：α链的两个实例（以橙色和黄色显示）和β链的两种实例（以蓝色阴影显示）。四聚体还包括四个血红素片段（与蛋白质链的四个片段相关）和许多水片段。血红蛋白的两个四聚体组合几乎相同。在细胞中，这种四聚体是与血液结合并输送氧气的功能单位。
- 除了聚合物实体外，ENTRY还包括两个非聚合物实体：血红素（残留名称HEM，此处以红色显示）和水（残留名称HOH，此处以绿色显示）。有八个血红素片段，每个片段与α链或β链结合，入口中有几百个水片段。
- 该ENTRY包括两个聚合物实体，α链和β链。
- 这里，alpha链实体的所有四个实例都是彩色的（为清晰起见，未显示水域）。
- 这里，阿尔法链实体的一个实例是彩色的（为清晰起见，未显示水域）。
