13C类-核磁共振实验中使用的碳同位素。
15N个-核磁共振实验中使用的氮同位素。
1H（H）-核磁共振实验中使用的氢同位素。
二维核磁共振-二维核磁共振
2Fo-Fc地图-一种复合电子密度图，通常用于从晶体学数据中建模原子坐标。它由观测密度图（Fo）和观测密度差图（Fo-Fc）之和组成。在建模和优化过程中，此图通常会显示错误定位原子的位置。
3-10螺旋-一种蛋白质二级结构元素，比α螺旋更紧密地卷曲（每圈3个氨基酸，环中10个原子由每个螺旋内氢键完成）。这些元素通常是α螺旋的末端延伸，并不常见。
3D核磁共振-参见多维核磁共振。
三维重建（EM）-在三维电子显微镜中，这是从多个二维图像计算三维体积图的过程。
4D核磁共振-参见多维核磁共振。
A DNA（A型DNA）-碱基相对于螺旋轴倾斜的右手双链DNA的构象。与cannonical B型DNA相比，这种构象每转有更多的碱基对。
活动站点-蛋白质和核酸（参与化学反应）中的一个区域，反应分子（底物）在此结合并进行化学催化所必需的特定接触。
酰化-一种涉及有机基团（例如乙酰基或肉豆蔻酰）添加的化学反应。例如，去除引发剂蛋氨酸后，蛋白质N末端的翻译后修饰。
腺嘌呤（A）-一种存在于DNA和RNA核苷酸中的含氮碱，通过两个氢键与胸腺嘧啶（DNA中）或尿嘧啶（RNA中）配对。
三磷酸腺苷-一种分子，由位于中心的核糖糖分子组成，一边带有腺嘌呤碱，另一边是一串三个磷酸盐。磷酸盐通过两个高能键连接，在细胞中起能量货币的作用。
丙氨酸（丙氨酸，A）-具有非极性侧链的α氨基酸。丙氨酸具有弱疏水性。
对齐-比较两个或多个基因或蛋白质序列，以分别确定它们在氨基酸或碱基方面的相似程度。
变构蛋白-一种蛋白质，在与一种称为效应子的小分子结合时，在两种或多种结构构象之间发生变化。这种结合发生在与蛋白质活性部位不同的部位，增强或降低蛋白质对其正常配体的反应性。
合金-这是蛋白质中的一种效应，其中分子、离子等与一个位置的结合可能会对另一位置的结构和相互作用产生影响。参见变构蛋白。
α-碳-分子中与醛基或酮基相距一个碳原子的碳。例如，主链碳原子与α氨基酸中的羰基相连，侧链与之相连。
α螺旋-蛋白质的二级结构基序。它的特征是一个氨基酸的羰基（-C=O）和它下面的氨基酸4个残基的氨基（N-H）之间沿螺旋形成氢键。螺旋每3.6个氨基酸转一圈。该区域肽的主链原子形成右手螺旋结构，因此得名。
酰胺-一种含有与羰基碳共价连接的氮的分子。
酰胺键-参见肽键
胺-一种含有氮的分子，与碳链有一个单键，与氢或碳有另外两个单键。
氨基酸-蛋白质的组成部分是一种α氨基酸，它包含一个基本的氨基、一个酸性的羧基和一个连接到中心碳原子的氢或有机侧链。自然界中普遍存在20种不同的α氨基酸，它们可以相互共价连接，形成短肽或更长的蛋白质。
氨基酸基序-查看图案
解剖治疗化学(空中交通管制)分类系统-在ATC分类系统中，活性药物根据其作用的器官或系统及其治疗、药理和化学特性分为不同的组。它由世界卫生组织药物统计方法合作中心控制。
角度异常值（键角异常值）-与标准氨基酸和核苷酸的预期键角值显著不同的键角。只有当键角偏差至少为预期值的五个标准偏差时，才被视为严重的异常值。
埃（Ω）-长度单位等于10-10个米。它通常用于测量原子尺寸。
抗体-免疫系统对抗原作出反应而产生的蛋白质，用于识别抗原并与之特异结合，通常用于保护其免受感染或外来物质的侵害。
面积探测器-与衍射仪相比，可以同时从多个不同位置收集衍射数据的X射线探测器。图像板、电荷耦合器件或CCD、多线探测器和胶片探测器都被认为是区域探测器的类型。
精氨酸（Arg，R）-具有带电荷的碱性侧链的含有氨基的α-氨基酸。
天冬酰胺（Asn，N）-含有酰胺基团的不带电极性侧链的α氨基酸。
天冬氨酸（Asp，D）-带带电荷的酸性侧链含有羧基的α氨基酸。电离形式称为天冬氨酸。
装配-见生物组件
不对称-部件中不存在对称。
非对称单元-晶体结构的最小部分，空间群对称性可用于产生整个晶体。不对称单元可能包含整个分子、分子的一部分或多个分子，并不一定代表所研究分子的功能相关单元或组装。
原子-化学元素中具有该元素特征的最小单位。原子由原子核中的质子和中子组成，原子核被电子包围。质子的数量决定了原子的身份。
列车自动防护系统-参见三磷酸腺苷
B DNA（B型DNA）-一种常见于溶液中的右旋双链DNA构象。在这种构象中，基底与螺旋轴垂直。
温度因子-参见温度系数
骨干-它是聚合物分子的主链。在蛋白质的情况下，N，Cα，C=O原子与氨基侧链相连，而在核酸中，它是由与碱基相连的糖磷酸基团构成的。
细菌-无核的原始单细胞微生物。
球杆（代表）-分子表示法中，原子显示为球，连接它们的共价键显示为棒。一些可视化软件将原子表示为点，并将此渲染称为棒状表示。
碱基对-两条互补的核酸链之间的特殊结合，由每条链的核苷酸的碱基成分之间形成氢键而产生。例如，核酸中的Watson-Crick碱基对A=T/U和G=C。
光束线-同步加速器、直线加速器或自由电子激光产生的X射线的实验仪器位置和接入点。
贝塔板-蛋白质二级结构的一种元素，由两条或多条相互平行或反平行的肽链组成，其位置使相邻链的羰基（C=O）和氨基（N-H）基团在它们之间形成氢键，以稳定片状结构。
β-转角-反转是一类蛋白质的二级结构；其中一条β链在蛋白质中反转方向。
生物信息学-一门跨学科的科学，涉及将计算和统计技术应用于生物数据集的管理和探索，以确定模式，根据趋势进行预测，并将生物数据组织成有意义的组。
生物组装-一组特定大分子的生物学相关和/或功能分组。生物组装可以包含单个副本、多个副本，或者仅包含一组模拟原子坐标的一部分。另请参见不对称单元。
生物磁共振数据库（BMRB）-BioMagResBank或BMRB是蛋白质、肽和核酸核磁共振数据的公共存储库。
BioZernike公司-基于三维形状的生物分子快速比较方法。另请参见结构搜索.
爆炸-一种在两个或多个蛋白质或核酸序列之间执行快速比对的程序，通常用于在序列数据库中搜索与查询序列的匹配，每个匹配的统计意义表示相关或同源序列之间的相似程度。
BMRB公司-参见生物磁共振数据库（BMRB）
碳水化合物-一种仅由碳、氢和氧原子组成的生物相关分子。例如糖、淀粉和纤维素。
羰基-一种化学官能团，由碳原子与氧原子双键组成。该基团存在于肽键的主链/主链部分。
羧基-位于蛋白质C末端的化学官能团，由羰基和连接到碳原子的羟基组成。在肽键形成过程中，通过添加氨基酸消除羟基。
笛卡尔坐标-一种坐标系，其中任何点都由三个坐标（x，y，z）来识别，这三个坐标由它们沿着彼此垂直的三个轴中的每一个轴的距离来定义。
卡通（表现）-生物大分子（蛋白质和核酸）的一种表示法，其中主链原子显示为带状和线圈，表示其二级结构。在蛋白质结构中，箭头指示N端到C端的方向。这也可以称为功能区表示。
CATH公司-蛋白质结构关系的层次分类，将蛋白质分为四个主要层次：类别（C）、结构（A）、拓扑（T）和同源超家族（H）。
阳离子-π相互作用-富电子π系统（例如在苯中）和相邻阳离子（例如Na）之间的非共价相互作用+). 在蛋白质中，阳离子可以被带正电的氨基酸（例如Arg）取代。
链-生物聚合物的每个模拟实例，即PDB结构中的多肽（蛋白质）、多核苷酸（DNA、RNA）或低聚糖。结构中的每条链都有一个唯一的链标识符，例如a、B，以便容易识别。
化学成分词典（CCD）-包含wwPDB中发现的所有小分子的定义（mmCIF格式）的字典，包括大分子构建块（氨基酸、核苷酸）、离子、配体、辅因子、抑制剂和溶剂分子。
化学变换-原子核的一种性质，使用核磁共振（NMR）光谱测量，取决于原子、其化学环境和入射磁场。
chi（χ）-以氨基酸的α和β碳原子为中心的扭转角，定义了氨基酸侧链相对于蛋白质主链/主链的方向。
手性-分子中的点或原子的空间排列，在其镜像上是不可重叠的。
染色体-真核生物细胞核中的紧密结构，使用特殊蛋白质包装和管理所有细胞DNA。
染色体表意图-染色体的示意图，显示其相对大小、带型以及特定基因的位置。
碎屑岩芯-对于一个结构中的每1000个原子（包括在计算过程中建模或添加的氢），由MolProbeity确定的经历原子间重叠（碰撞）的原子数大于0.4Å。
辅酶-酶活性所需的非蛋白有机化合物；一种特殊类型的辅因子。
辅因子-酶活性所需的非蛋白质化合物或金属离子。
（结构的）构件-结构物的含量，包括（生物）聚合物、配体、水（即溶剂）和离子。
配置-共价键和手性中心在分子中的特殊排列。改变分子结构需要破坏和/或形成共价键。
构象-原子在时空背景下在分子中的特定排列。构象的改变需要围绕键进行旋转，并改变键和扭转角。与结构变化不同，不需要破坏和/或形成共价键。
构象剂-分子中原子在特定时间或分子背景下的空间排列。异构体之间的转换既不改变手性中心，也不破坏或形成共价键。
约束（X射线）-在X射线晶体结构的全部或部分细化过程中分配给参数的固定值。例如，在优化过程的早期，所有占用可能被约束为值1.0。该约束可以在稍后的细化过程中删除，以便占用率可以反映替代构象。
合作性-变构酶的底物/配体结合位点之间的相互作用，其中一个位点的结合通过其他结合位点的构象变化改变了其他亚单位上结合位点的亲和力。
协调-对于PDB，这些是结构中每个原子的x、y、z位置。另请参见笛卡尔坐标。
相关光谱学-一种核磁共振技术，提供自旋-自旋耦合质子的信息，以帮助确定蛋白质结构。
舒适的-参见相关光谱学
共价键-两个原子之间共享电子时存在的键。一对电子形成单键，而两对电子形成双键。
CPK颜色-在可视化表示中，氢为白色、氧为红色、氮为蓝色、碳为黑色（或灰色）等原子的颜色约定。
CPK模型-分子的填空三维表示。给定分子原子的中心和相对范德华半径，可以建立分子的球形CPK型表示。该代表由Corey-Pauling-Koltun提出，因此命名为CPK。
低温电子显微镜-为了将样品保存在玻璃冰中，在极低温度下进行电子显微镜检查。这种方法还能够检测接近生理状态的大生物分子结构和配合物，而不需要在样品中使用重原子。了解有关的更多信息原子结构的测定方法.
冷冻电镜-参见低温电子显微镜
晶体-分子排列成规则重复网络的均质固体。
结晶，结晶-通过缓慢改变分子的溶解度（例如，通过改变温度（冷却）、蒸发溶液或通过添加醇、盐等使分子从溶液中沉淀），使分子处于有序晶格排列中的晶体固体的形成和生长。
结晶成分-用于产生晶体的溶液成分。它包括待结晶的分子和沉淀剂。
结晶学-参见X射线结晶学
CSM公司-计算结构模型
循环对称性-一种对称类型，其中组件中的N个相同亚单位通过围绕单个（N倍旋转）轴连续旋转（360/N）°而相互关联。请参见PDB中的对称资源.
半胱氨酸（Cys，C）-具有不带电荷的侧链的含有巯基的α-氨基酸。半胱氨酸可以在蛋白质结构中形成共价二硫键。
胞嘧啶（C）-一种氮基（嘧啶），存在于DNA和RNA核苷酸中，通过三个氢键与鸟嘌呤（DNA或RNA中）配对。
道尔顿（Da）-十二分之一质量单位，等于未结合中性碳-12原子的十二分之一。道尔顿用于指定分子的质量。
数据（核磁共振）-在核磁共振波谱学中，所收集的初始数据包括高分辨率多维核磁共振波谱仪，该波谱揭示了原子之间的相互关系，这些原子要么位于彼此的几个键内（J耦合），要么位于彼此之间的短距离内（NOE耦合）。然后将核磁共振共振分配给分子中的特定原子，并将耦合分配给原子对或原子组。然后，这些耦合被用于生成一个约束列表，该列表指定最终模型中的特定原子彼此靠近。最后，使用计算机程序生成符合所有约束条件的分子模型。
数据（X射线）-在X射线晶体学中，初始数据包括在大分子晶体产生的衍射图案中测量的反射位置和强度。还确定了产生衍射图案的波的相对相位。然后根据所有反射的位置、强度和相位计算出分子的电子密度图。然后建立晶体中所含分子的模型，以拟合电子密度图。
密度修正-密度修正是一种用于改进相位估计的工具，因此，当一组实验结构因子幅值和一些初始相位估计可用时，可以改进电子密度图。这通常包括计算以前未相位反射的相位。
脱氧核糖核酸-查看DNA
脱氧核糖-DNA中发现的糖分子类型
衍射（X射线）-当用X射线束照射大分子晶体时，分子中每个原子周围的电子弯曲或衍射X射线束。当光束离开晶体时，散射的X射线在胶片或探测器上产生斑点或衍射图案。
衍射仪-当射线束或粒子（如X射线或中子）与材料相互作用时，测量和分析散射产生的衍射数据的仪器。
二面角-连续连接的四个原子（A、B、C、D）的空间关系，用作衡量原子B和C之间键的构象。由包含原子A、B和C的平面与包含原子B、C和D的平面之间的角度定义。另一种测量它的方法是观察B和C之间的键，并测量键A-B和C-D之间的角度。
二面体对称-一种对称类型，其中组件中的2N个相同子单元通过围绕轴连续旋转（360/N）°以及围绕垂直于N倍旋转轴的N个双折轴额外旋转180°而相互关联。请参见PDB中的对称资源.
二聚体-由2个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指2个聚合物链或亚基的组装。
无序区域（NMR）-在NMR结构中，分子的无序区域在其位置上具有很高的可变性，因此在系综的模型之间，这些区域可能存在很大的差异。这意味着这些区域中的原子位置非常不确定。
无序区域（X射线）-在晶体结构中，分子的无序区域表现为电子密度的弱区域和具有高温因子的区域。这些区域的原子位置非常不确定。
二硫键-蛋白质中两个半胱氨酸残基的硫原子之间形成的共价键。二硫键通常稳定蛋白质结构或将多个蛋白质连接在一个复合物中。查看视频.
二硫化物桥-见二硫键
DNA-DNA或脱氧核糖核酸是编码所有细胞功能所必需的遗传信息的分子。DNA由糖脱氧核糖、磷酸基团和碱性腺嘌呤、胸腺嘧啶（T）、鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）组成。DNA分子通常是一个双螺旋，其中两条链通过碱基的互补性结合在一起。一股氢中的Cs与另一股的Gs结合，反之亦然。同样，As和Ts氢相互结合。
内政部-数字对象标识符（DOI）是一个持久标识符或句柄，用于唯一地标识对象，由国际标准化组织（ISO）标准化。
领域-蛋白质中一个独特的区域，具有特殊的三级结构，可以独立折叠，并可能具有自己的功能
E值-E值是一个参数，描述搜索特定大小的数据库时“预期”偶然看到的点击次数。随着比赛分数（S）的增加，它以指数形式减少。本质上，E值描述了随机背景噪声。
EC编号或酶委员会编号-EC编号是一种基于酶催化的化学反应的数值分类方案。作为一个酶命名系统，每个EC编号都与相应酶的推荐名称相关联。
效应器-在生物化学中，效应器是指与特定蛋白质结合并调节后者生物活性的分子。效应分子充当配体，能够增加或减少该蛋白质的活性。它还可以调节某些mRNA分子（例如核糖开关）的活性、基因表达和细胞信号。效应器的主要类型是激活剂和抑制剂。
电子显微镜-利用高能电子束产生物体放大图像的成像技术。
电子密度图-分子周围电子云的描述。在结晶学中，建立原子模型来拟合电子密度图。另请参见Fo-Fc和2Fo-Fc地图。
静电相互作用-蛋白质分子之间的非键相互作用。带相反电荷的离子之间的静电吸引使它们紧密地结合在一起。
相对长度单位-电子显微镜
合奏-一组备选模型，每个模型都符合一组核磁共振实验数据。可以通过平均一组模型的原子位置，然后最小化结果的能量（参见最小化平均结构）或从系综中选择一个代表性模型（参见代表性构象）来选择单个模型。
实体-一种正在研究中的独特分子，可以是三种类型之一：聚合物、非聚合物和水。实体只描述一次，即使在包含实体的多个观测值的结构中也是如此。例如，在含有两条相同链的DNA分子中，实体将是单个链中的一条，而不是双螺旋。
条目（或PDB条目）-PDB档案中的条目包含所有3D坐标、实验数据和与特定大分子结构相关的元数据。
酶-一种能够催化或加速特定生化反应而不被永久改变或消耗的大分子。术语酶通常指蛋白质，但一些RNA分子也可以作为酶发挥作用。
酶分类-按功能分组的酶的层次分类。
真核生物-真核生物是一种有机体，如植物或动物，其细胞含有与细胞质不同的细胞核。
实验模型-实验模型来源于涉及实际大分子样品的结构测定方法，并由X射线衍射、核磁共振波谱或电子显微镜测定。相反，理论模型包括同源模型以及从折叠和分子动力学模拟中获得的模型。
实验结构-参见实验模型
表达系统-表达系统有助于从基因构建物（插入载体的基因，用于导入宿主细胞以在细胞内外产生蛋白质或RNA（核糖核酸））中生成蛋白质或核酸。
FASTA格式-FASTA格式是一种基于文本的格式，用于表示核苷酸序列或氨基酸（蛋白质）序列，其中核苷酸或氨基酸使用单字母代码表示。
脂肪酸-在动植物脂肪、油和蜡中发现的酯化形式的脂肪族一元羧酸。
Fo-Fc公司-这个电子密度图也被称为省略图，用于显示模型中的溢出或未被解释的内容。
Fo-Fc地图-Fo–Fc或mFo–DFc图是通过从当前模型（Fc）计算的振幅中减去观察到的结构因子振幅来计算的。因此，Fo–Fc图显示了模型和实验数据的不同之处，即观测图中存在但模型未说明的区域。
折叠-蛋白质家族根据其螺旋和片状的二级结构单位进行分类。每个不同的拓扑都被视为一个折叠。
傅里叶变换-在实空间和互易空间之间进行转换的数学过程。实空间中的短距离在倒数空间中变为长距离，反之亦然。使用傅里叶变换，计算机程序可以将X射线衍射图样转换为电子密度图。
分数坐标-用单位单元的边来描述原子位置的坐标。
功能基因组学-研究基因的表达及其在不同生物过程中的功能，包括它们如何导致疾病。
高斯曲面（表示）-生物大分子（蛋白质和核酸）的表示，其中原子以高斯函数表示，以创建表示分子整体形状的3D体积。
GenBank（基因银行）-NIH序列数据库，包含所有公开可用DNA序列的注释集合。每个条目都包括序列描述、源生物信息、编码区域的蛋白质翻译和参考文献。
基因-编码特定蛋白质或蛋白质亚单位的DNA片段。
基因表达-基因编码信息转化为蛋白质的过程。
基因本体（GO）-基因本体（GO）是一项生物信息学倡议，旨在统一所有物种的基因和基因产品属性表示。
遗传密码-遗传密码是活细胞用来将遗传物质（DNA或mRNA三联体序列或密码子）中编码的信息翻译成蛋白质的一组规则。
遗传学-遗传学对遗传的科学研究。
基因组-特定生物体染色体中的所有遗传物质。
基因组学-与基因组的结构、功能、进化和绘图相关的跨学科生物学领域。
基因型-特定个体拥有的所有基因。
基因分型-利用个体间DNA序列差异来研究他们之间遗传构成差异的过程。
整体对称性-组成一个完整组件的相同子单元的排列应确保它们的位置和方向可以通过一组定义的旋转和/或平移直接相互关联。请参见PDB中的对称资源.
谷氨酸（Glu，E）-带带电荷（酸性）侧链的α氨基酸，含有羧基。氨基酸的电离形式称为谷氨酸。
谷氨酰胺（Gln，Q）-具有不带电、极性和亲水性侧链的α氨基酸，含有羧基和酰胺基。
甘氨酸（Gly，G）-以氢原子为侧链的α氨基酸。甘氨酸具有弱疏水性，通常位于蛋白质的弯曲或折叠处。
糖蛋白-共价连接一种或多种糖（聚糖）的蛋白质分子。这些蛋白质参与许多生理功能，包括免疫。
糖苷键-多糖中连接糖的共价键。
糖基化-将碳水化合物基团添加到蛋白质的特定残基中。
鸟嘌呤（G）-一种氮基（嘌呤），存在于DNA和RNA核苷酸中，通过三个氢键与胞嘧啶（DNA或RNA中的胞嘧啶）配对。
急转弯-肽主链中的弯曲，通常发生在两个反平行的β链或螺旋之间。发夹通常含有脯氨酸残基。
卤键-当有证据表明分子实体中与卤素原子相关的亲电区域与另一个或相同分子实体中的亲核区域之间存在净吸引相互作用时，形成的非共价相互作用。查看视频.
螺旋对称性-一种对称类型，其中通过围绕中心（“螺旋”）轴的相同旋转和平移，无限数量的相同子单元相互关联。请参见PDB中的对称资源.
螺旋转螺旋图案-螺旋-转螺旋（HTH）基序是大多数DNA结合蛋白中发现的结构域。它们由2个α螺旋组成，其中一个是与DNA结合的识别螺旋，另一个是由短环分离的稳定螺旋。
赫兹-频率单位，定义为每秒一个周期。它通常用于测量电磁辐射的频率。
异二聚体-由两种不同分子组成的组件。例如，蛋白质异二聚体由2条不同的蛋白质链组成。
异核多量子相干（HMQC）-一种核磁共振技术，提供直接结合质子和相邻原子（通常为，13C和15N） 帮助确定蛋白质结构。
异核单量子关联-一种核磁共振技术，提供直接结合质子和相邻原子（通常为，13C和15N） 帮助确定蛋白质结构。
异四聚体-由4种不同分子组成的组件。例如，4个不同的蛋白质链或亚基。
异三聚体-由3种不同分子组成的组件。例如，3个不同的蛋白质链或亚基。
组氨酸（His，H）-具有极性侧链的α氨基酸，含有咪唑基团，可以电离以获得正电荷。
同二聚体-由两个相同分子组分组成的组件。蛋白质同型二聚体由2条相同的蛋白质链或亚基组成。
同源性-在生物学中，同源性意味着由于共同的祖先而具有相似的蛋白质分子序列或结构。它指向一个潜在的通用3D形状和功能。
同四聚体-由4个相同分子组分组成的组件。蛋白质同源四聚体由4个相同的蛋白质链或亚基组成。
同三聚体-由3个相同的分子组成的组件。蛋白质同源三聚体由3条相同的蛋白质链或亚基组成。
氢键-氢原子（共价连接到一个负电原子）和另一个负电子原子之间的键。氢键在许多生物相互作用中都很重要，例如稳定α螺旋和β片；核苷酸互补链之间的碱基配对以及许多其他相互作用。查看视频.
亲水的-喜欢在水环境中的官能团、氨基酸、分子或结构域的喜水性。亲水基团通常通过氢键与水进行有利的相互作用。
疏水的-功能基团、氨基酸、分子或结构域的拒水性，它们喜欢处于非水（脂）环境中，因为它们不能与水进行良好的相互作用。
疏水相互作用-碳氢化合物在水溶液中的非结合相互作用，使溶质中的疏水基团聚集在一起，形成分子间或分子内相互作用，并排除与水分子的相互作用。
二十面体对称-一种对称类型，六十个相同的亚单位分布在二十面体上，通过六个五倍旋转轴（通过二十面体顶点）、十个三倍旋转轴，以及十五个二倍旋转轴。请参见PDB中的对称资源.
免疫球蛋白（Ig）-这些是B淋巴细胞产生的蛋白集合，作为免疫反应的一部分，与抗原特异性结合。有几种类型的免疫球蛋白，其中IgG是最常见的类型，由两条相同的轻链和两条同样的重链组成。
就地-在自然环境中维护或研究生物体。
在体外-在生物体外进行的生物或化学实验，例如在试管中进行的实验。
体内-在细胞或生物体内进行的生物或化学实验。
InChI公司-InChI是由国际纯化学和应用化学联合会IUPAC开发的国际化学标识符。
InChI钥匙-InChIKey是源自InChI的紧凑化学标识符。InChIKey总是只有27个字符长，人类无法理解。
抑制剂-阻止或抑制另一分子生物活性的分子。
实例-实体的特定出现。另请参见PDB中3D结构的组织.
国际化学标识（InChI）-它是化学物质的文本标识符。它以标准的方式对分子描述进行编码。另请参阅InChI和InChI钥匙。
离子-获得或失去电子的原子或原子团，因此带有电荷。带正电的离子称为阳离子，带负电的离子则称为阴离子。
离子键-由静电吸引形成的两个带相反电荷的原子之间的键。查看视频.
离子相互作用-两组相反电荷之间的相互作用。
异亮氨酸（Ile，I）-具有支链脂肪族、非极性和疏水性侧链的α氨基酸。
同分异构体-两个或多个化学成分相同但原子排列不同的分子中的一个。两种异构体可能具有不同的物理、化学和生物特性。
同位素-同位素是特定化学元素的变体。它们的质子数相等，但原子核中的中子数不同，因此相对原子质量不同，但化学性质不同。例如，元素的放射性形式。同位素通常用于追踪代谢途径中的原子或分子。在核磁共振中，每个元素只有一个同位素包含正确的磁性。
J耦合-在核磁共振中观察到的相互作用，是由分子中的键介导的含有自旋的原子核之间的相互作用。
JSON格式-JSON是一种开放的标准文件格式和数据交换格式，它使用人类可读的文本来存储和传输由属性-值对和数组数据类型组成的数据对象。它有各种各样的应用程序，例如作为XML的替代品。
千道尔顿-道尔顿质量单位，等于1000道尔顿
激酶-激酶是一种催化磷酸基团从高能磷酸化分子转移到特定底物的酶。这个过程被称为磷酸化。
标签（摩尔*）-一种识别结构中氨基酸或核酸残基的方法。残留物可以通过其类型和在大分子聚合物序列中的位置进行标记。
劳厄衍射-最古老、最常见的X射线晶体学技术之一。当X射线束落在晶体上时，就会发生X射线衍射。然后，散射的X射线在胶片上产生斑点或衍射图案。在劳厄衍射中，X射线是多色的，晶体在整个曝光过程中是固定的。在单色衍射中，X射线只有一个X射线波长，晶体在曝光过程中旋转。
亮氨酸（亮氨酸，L）-具有脂肪族、非极性和疏水性侧链的α氨基酸。
配体-与另一分子（通常是蛋白质或核酸）特异性结合形成复合物的分子。配体可以是另一种蛋白质，但通常是一个小分子。
脂质-可溶于非极性溶剂（不溶于水）的物质。例如脂肪、类固醇。
局部对称性-组成组件一部分的相同子单元的排列方式应确保它们的位置和方向可以通过一组定义的旋转和/或平移直接相互关联。请参见PDB中的对称资源.
luzzati图（X射线）-一种估算精细晶体模型中原子位置的总体或平均精度的方法。Luzzati图提供了原子坐标中误差上限的估计。
赖氨酸（Lys，K）-含有一个氨基的带电荷的碱性侧链的α氨基酸。
高分子-一种大分子，是由较小单元（如DNA、RNA、蛋白质或碳水化合物）结合在一起的聚合物。
摩洛哥迪拉姆-见多波长反常衍射
质谱（MS）-质谱法是一种分析工具，可用于测量样品中存在的一种或多种分子的质荷比（m/z）。这些测量通常也可用于计算样品组分的准确分子量。
马修斯系数-单位蛋白质分子量的晶体体积。这有助于估计晶体中的溶剂含量。
医学主题标题(网格)-MeSH是国家医学图书馆开发的一组分级关键字。它用于生物医学和健康相关信息的索引、编目和搜索。
兆赫-一种测量单位，等于1000000赫兹（参见赫兹）。
信使RNA-参见mRNA
金属配位-当键中的共享电子由施主（路易斯碱）贡献给电子受体（路易斯酸）时，形成配位共价键，电子受体通常是位于配位络合物中心的金属离子（或原子）。过渡元素（如铜、锌、镍、铁、钴）和一些其他元素可以与生物大分子形成配位键。
金属蛋白酶-一类蛋白酶，其活性部位有金属离子。
蛋氨酸（Met，M）-含有含硫非极性疏水侧链的α氨基酸。
微生物学-微生物科学，如细菌、病毒、真菌。
最小平均构象/结构-通过平均一组模型的原子位置，然后最小化平均一组原子的能量，从一组核磁共振结构系综中导出的单个模型。
最小平均结构-参见最小平均构象
百万到岸价-大分子结晶信息文件（mmCIF）是一种用于描述大分子结构特征的文件格式。mmCIF文件适用于数据存档和数据交换。最初的CIF（晶体信息文件）格式和字典是为了存档小分子晶体实验而开发的。1997年，字典扩大到包括与大分子晶体学实验（PDBx/mmCIF）相关的数据项。PDBx/mmCIF文件格式和数据字典是wwPDB数据存储、注释和存档所有支持的实验方法的PDB数据的基础。这种格式克服了传统PDB文件格式的限制，并支持表示大型结构、复杂化学以及新的混合实验方法的数据。与传统的PDB格式相比，这种格式更易于在给定条目中或整个PDB存档中自动搜索元数据。
分子生物学-研究核酸和蛋白质与基因表达机制（基因产物是如何产生的）、调节（激活/失活）和操纵以及DNA复制的关系。
分子伴侣-一种帮助第二种蛋白质折叠成其活性构象的蛋白质。
分子置换（MR）-X射线晶体学中使用的一种技术，使用结构已知的分子结构（初始模型）来确定感兴趣的分子的结构。该技术允许使用模型和实验数据相结合来计算电子密度图。这些地图揭示了初始模型和感兴趣结构之间的差异。因此，改变模型以拟合计算的图谱，从而获得感兴趣分子的结构。
分子表面（表示）-生物大分子（蛋白质和核酸）的表示，其中探针球用于计算溶剂排斥表面，该表面显示整体分子形状、表面特征和可访问的结合囊。
分子-具有该物质特性的非离子化合物的最小单位。分子由一个或多个共价结合的原子组成。
单体-由1个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指组装中的1个单链。
单糖-不能分解为简单糖的单个糖单元或碳水化合物构建块。
动机-基序可指氨基酸序列或小结构元素，由具有特定拓扑结构的二级结构组合定义，并组织成具有特定结构和/或功能作用的特征三维结构。
信使核糖核酸-信使RNA是一种由细胞根据DNA编码的遗传信息合成的RNA分子，它引导细胞的核糖体产生特定的蛋白质。DNA形成了细胞将要产生的所有蛋白质指令的永久拷贝，而mRNA分子是短命拷贝，每个分子只包含一种特定蛋白质的指令。核糖体从mRNA中读取信息，然后合成一些正确蛋白质的分子。
多波长反常色散/衍射（MAD）-X射线晶体学中使用的相位技术，从含有不同波长的反常散射体的晶体中收集衍射数据，从而使晶体学家不必制作几个不同的含金属同晶晶体。
多维（三维和四维）核磁共振-结合生物大分子同位素标记技术的进展，该技术具有解决2D光谱中严重重叠的优点，并提供额外的结构和动力学信息。
多元结构-由几个相同或不同的多肽链或亚基组成的分子结构，由非共价（弱）键连接在一起。
多发性同种异形置换（MIR）-X射线晶体学中使用的相位技术，其中衍射数据是从与天然晶体同晶的多个重原子浸透晶体中收集的。
天然构象-蛋白质的生理构象（形状）或其在自然生物环境中的构象。
国家开发银行-参见核酸数据库
核磁共振-核磁共振波谱是一种实验工具，其中磁场被应用于磁性活性核（例如。，1H、，13C、，15N） 受到电磁脉冲（如射频脉冲）的干扰。磁性活性核酸响应的测量提供了有关分子环境的丰富的结构、动态和动力学信息。这些信息用于确定分子的结构，并研究其整体形状和运动。了解有关的更多信息测定原子结构的方法.
核磁共振系综-一组结构，所有这些结构都与相同的实验推导约束一致。
NOESY（噪音）-参见核overhauser效应光谱学
非极性分子-电子均匀分布在分子中的（电中性）分子。非极性分子在水中的溶解度较低，但在油中的溶解性较高。
核酸数据库（NDB）-一个可搜索的核酸及其复合物结构数据库，并链接到蛋白质数据库中的相应条目。
核磁共振（NMR）-参见核磁共振
核过热效应光谱学（NOESY）-一种核磁共振技术，提供非键氢原子核之间距离的信息，以帮助确定蛋白质结构。
核酸-由核苷酸亚基组成的大分子。有两种核酸，核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸。
核苷-含有含氮碱和糖分子但不含磷酸基团的核苷酸前体。
核苷酸-核糖核酸或脱氧核糖核酸的亚单位，含有一个氮基、一个糖基和一个磷酸基团。在DNA中，碱基可能是腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤或胸腺嘧啶，而在RNA中，它可能是腺苷酸、胞嘧啶或尿嘧啶。DNA中的糖是脱氧核糖，而RNA中的糖则是核糖。未并入DNA或RNA聚合物中的游离核苷酸可能有多达三个磷酸基团附着在糖中的特定位置。
细胞核（细胞）-含有细胞DNA的膜结合细胞器。
占用率（X光）-X射线晶体学测定的每个原子位置的测量值。原子占有率是晶体中分子的分数，其中原子实际位于指定位置（模型坐标）。如果晶体中的所有分子都具有相同的构象，那么每个原子的占有率为1.00。如果在晶体中的一小部分分子中观察到两种或两种以上构象，则构成该区域的原子的占有率可能小于1.00。例如，氨基酸侧链的一部分可能占据两个交替位置，因此占有率可以报告为0.5。一个原子所有不同位置的报告占有量之和应最大为1.00。
八面体对称-一种对称类型，二十四个相同的亚基分布在一个八面体上，通过3个四重旋转轴（通过八面体顶点）、4个三重旋转轴（通过八面体面）和6个二重旋转轴（通过八面体边）相互关联。请参见PDB中的对称资源.
低聚物-由几个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指一些聚合物链或亚基的组装。
低聚糖-由少量单糖单元组成。寡糖经常附着在分泌的蛋白质和细胞表面的蛋白质上。
欧米茄-扭转角（ω）测量肽键中氮和羰基碳之间键的旋转。它通常接近180°，或者很少接近0°。
方向（摩尔*，表示）-每个聚合物链都表示为椭圆形或椭圆形，以强调其方向以及结构的整体组织。
PDB公司-参见蛋白质数据库
PDB格式-一个特别的文件格式用于描述结构。
PDBML公司/XML格式-蛋白质数据库标记语言（PDBML）以XML格式提供PDB数据的表示。
PDBx/mmCIF格式-参见mmCIF
五聚体-由5个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指5个聚合物链或亚基的组装。
肽-由肽键连接的两个或多个氨基酸组成的分子。较短的肽（包含2到15到20个氨基酸）可称为寡肽，而长肽通常称为多肽或蛋白质。
肽键-一种共价键，将一种氨基酸的羧基（COOH）C连接到另一种氨基酸中的氨基（NH2）N。这种酰胺键是在脱水反应中形成的，涉及水分子的释放，其中OH从羧基中去除，H从NH2基中去除。连接一系列氨基酸的肽键形成肽和蛋白质。
Pfam公司-蛋白质家族和结构域数据库。蛋白质家族根据序列相似性、结构相似性、功能相似性等进行分类。
酸碱度-这是氢的功率/电势的缩写，是用于指定溶液酸度或碱度的刻度。酸性溶液的pH值较低（例如0-6），而碱性溶液的pH值更高（8-14）。中性pH值为~7，而人体血液的pH值略为碱性（~7.4）。根据环境的pH值，氨基酸和核苷酸可能是增益质子或松散质子（即质子化或去质子化），导致构建块带电（+ive或-ive）。电荷可以相互作用形成离子键，也可以与离子和其他分子相互作用。生物分子构建块的质子化和去质子化可能受到其邻近区域的介电常数的影响，例如，蛋白质表面氨基酸的能力可能与疏水核心内相同氨基酸的能力不同。PDB不记录单个氨基酸或核苷酸的pH值。然而，可以记录样品溶液实验、结晶缓冲液等的pH值，并可在档案中搜索。
苯丙氨酸（Phe，F）-具有大的非极性侧链的氨基酸。苯丙氨酸是疏水性的，通常埋藏在蛋白质结构的疏水核心中。
φ-扭转角φ（Φ）测量每个氨基酸的α-碳键和氮键之间的旋转。
磷酸盐-由一个磷原子与四个氧原子结合而成的化学基团。它可以转移到蛋白质和其他生物分子中，用于短期能量储存，或者用于调节或结构目的。
磷酸二酯键-两个糖基和一个磷酸基之间的键。这种键将核苷酸连接在一起，形成DNA和RNA的糖-磷-糖骨架。
磷酸化-磷酰（PO3-）离子与蛋白质或糖中氨基酸的羟基共价连接。磷酸化是许多生化过程中的关键步骤，例如酶活性控制。磷酸化是由被称为激酶的酶进行的。（相反的反应，即去磷酸化，是由被称为磷酸酶的酶进行的。）
光合作用-绿色植物、藻类和一些细菌利用太阳的能量从二氧化碳和水中合成有机化合物（葡萄糖）的生物化学过程。
圆周率-等电pH值是蛋白质净电荷为零的溶液的pH值。它可以根据所有组成氨基酸的pKa值计算蛋白质或肽。实际上，当分子处于pI时，它们在水中的溶解度最低。了解蛋白质的pI有助于使用离子交换色谱法纯化蛋白质。另见pH值。
pi-pi相互作用-芳香族π系统之间发生的相互作用，这些系统可以面对面或面对面地相互结合。
质粒-一种自主复制的染色体外DNA分子，与正常细菌基因组不同。它通常以环状双链DNA的形式存在。分子生物学家使用质粒作为克隆载体，在其中插入感兴趣的基因，以便将该基因导入受体细胞。
pLDDT公司-预测局部距离差检验，一种计算结构模型的置信度度量。
点（摩尔*，表示）-组件中的每个亚单位（例如，蛋白质中的氨基酸或分子中的原子）都表示为一个点。
点编组-这是一组对称操作，在一个点上相交，当应用于分子时，使其在空间中保持不变。对于生物分子，点群可以是单位矩阵（即非对称）、2、3或n倍旋转（循环对称）或多个相交旋转轴的组合（例如立方对称中的4倍、3倍和2倍轴）
极性分子-分子的一部分带有部分正电荷，另一部分带有补充部分负电荷的分子。极性分子易溶于水，但不溶于油。
聚合物-通过将小分子（单体）连接在一起而形成的大分子。
多肽-由肽键连接的一长串氨基酸。
多糖-由多个糖亚基组成的生物聚合物。
翻译后修饰-蛋白质在细胞中合成后发生的变化（翻译）。例如，添加磷酸基团（磷酸化）、碳水化合物（糖基化）或脂肪酸链（酰化）。这些修饰影响蛋白质之间的相互作用，并在蛋白质功能和生物过程的调节中发挥关键作用。
异戊二烯化-蛋白质的翻译后修饰，包括戊基与蛋白质的共价连接。戊基包括15-碳法尼基和20-碳香叶基香叶基。预酰化通常从细胞内侧将蛋白质固定在细胞膜上。
一级建筑物-蛋白质中氨基酸的线性序列。
原核生物-细胞不含细胞核的有机体，如细菌或蓝绿藻。
脯氨酸（脯氨酸，脯氨酸）-具有非极性环状侧链和二级胺基的α氨基酸。脯氨酸具有弱疏水性，通常见于蛋白质的弯曲、转弯和螺旋区域的末端。
PROSITE公司-蛋白质结构域、家族和功能位点数据库。也可以使用模式和剖面来识别蛋白质结构域、家族等。
假肢组-蛋白质的一种紧密结合的非肽类有机或无机成分（如脂类、碳水化合物、磷酸基、金属离子等）。修复基团参与催化机制，并且是活性所必需的。它们也可以称为辅因子或辅酶，例如血红蛋白的血红素基团。
蛋白质-由一长串由肽键连接的氨基酸组成的大生物分子。这些氨基酸的顺序和特性由编码蛋白质的基因的DNA序列决定。蛋白质具有多种功能，除其他功能外，还可以作为酶、抗体、激素或结构成分。查看视频关于它。
蛋白质数据库-由全球蛋白质数据库。结构可免费下载。
蛋白质家族-具有共同进化起源的蛋白质组，通常具有相似的序列、三维结构和功能。
蛋白质分解-通过水解肽键将蛋白质降解为较小的多肽或单个氨基酸残基的过程。这种反应通常由称为蛋白酶的酶进行。例如，蛋白质的翻译后修饰，如某些蛋白质中N末端蛋氨酸的去除和分泌蛋白质成熟信号肽的裂解，都是蛋白质水解事件。
蛋白质组学-对细胞、组织、器官、生物流体或生物体在特定时间点的完整蛋白质补体的研究。
伪对称-一种近似对称的形式，其中相似但不相同的子单元组装在对称元素（如旋转和/或平移）定义的位置。请参见PDB中的对称资源.
磅/平方英寸-扭转角Psi（ψ）测量α-碳和羰基碳之间键的旋转。
公共医学-支持生物医学和生命科学文献搜索和检索的免费资源。该数据库不包括全文期刊文章，但从出版商网站或PubMed Central（PMC）等其他来源获得全文链接时，通常会提供全文链接。
嘌呤-在DNA和RNA中发现的一种含氮和碳的双联环结构（双环含氮碱）。嘌呤的例子包括腺嘌呤和鸟嘌呤（两者都常见于DNA和RNA）。
腻子（摩尔*，表示）-生物大分子（蛋白质和核酸）的一种表示，其中蛋白质骨架显示为油灰或粘土状链，其直径或横截面取决于结构的特定性质。
嘧啶-一种含氮和碳的单环结构（单环含氮碱），见于DNA和RNA中。嘧啶的例子包括胸腺嘧啶（通常见于DNA）、胞嘧啶（通常存在于DNA和RNA中）和尿嘧啶（通常发现于RNA中）。
准对称性-一种近似对称的形式，其中多个子单元在点群的每个位置组装，同时与相邻子单元形成类似的相互作用。最常见于二十面体病毒，其中60个亚单位的倍数用于构建更大的球形衣壳。另请参见二十面体病毒的拟对称性.
第四纪构造-两个或多个蛋白质亚基（或其他生物聚合物）相互作用形成高阶空间排列的排列。
R系数-残差、R值或仅R因子是模型质量的指标，用于测量从晶体学模型计算的结构因子（“反射”）的振幅与从原始X射线衍射数据计算的振幅之间的差异。
R自由-这是一种特殊类型的R因子，是针对未用于细化且用于交叉验证的一小部分反射计算的。一轮细化通常会减少R功；如果细化成功，则R-free也应该减少，即使在细化过程中没有考虑相应的反射子集。通常，R-free值总是大于R-work，但这两个统计数据应该相似。如果它们之间存在显著差异，则表明模型可能参数化过多，因此不可靠。因此，R-free是评估模型质量和指导模型改进策略的有用验证指标。另请参见R系数。
R观察值-R-Observed或R-value Observe是满足为细化建立的分辨率极限，并满足“被观察”的标准{即，具有振幅与标准偏差比（F/sig（F））}的最小值。相反，R功或R值功不包括用于计算无R值或无R值的反射子集。
R值自由-参见R自由
观察到的R值-参见观察到的R
R值工作-参见R工作
R工作-该R系数针对数据集（工作数据集）中的大多数反射进行计算，并用于细化。一轮精化通常会减少R-功。当与R-free一起检查时，它表明计算数据集的正确/真实模型。另请参见R系数和R自由。
Ramachandran地图-参见Ramachandran图
拉马钱德兰阴谋-显示多肽中氨基酸残基的扭转角φ（φ）和psi（ψ）的二维图。φ-ψ角对由图中的点表示，其轴对应于φ和ψ的-180°和180°。该图用于评估具有几何问题和空间位阻的结构中的蛋白质结构质量和面积。
RCSB公司-结构生物信息学研究合作组织为全球PDB档案运营美国数据中心，并在不限制使用的情况下向所有数据消费者免费提供PDB数据。它是wwPDB的创始成员，与多种数据资源合作，包括结构生物学知识库、核酸数据库和EMDataBank。它使高分子结构数据、工具和资源能够免费向所有数据消费者探索这些结构，而不受使用限制。
RCSB项目开发委员会101-为教师、学生和公众提供在线门户，以促进蛋白质和核酸结构和功能的教育和探索。
受体-细胞表面的分子，结合大分子或小分子配体（包括激素、神经递质、药物、毒素、病毒和细胞内信使）以启动生理反应。
互易空间-这是解释X射线衍射图案的关键概念。衍射空间通常被称为倒数空间，因为物体中的实际间距和衍射角之间存在反比关系。在互易空间中走得越远，衍射图案对“真实空间”中非常接近的物体就越敏感。这反映了傅里叶变换的原理，即一个空间中的线性缩放对应于另一个空间的逆缩放。实空间中的短距离在互易空间中变为长距离，反之亦然。
精炼（核磁共振）-改进分子模型与实验核磁共振数据之间的一致性的过程。使用模拟退火或其他分子动力学程序，使用施加正确键长和角度的模拟力折叠初始模型，提供弱范德华排斥，并满足NMR导出的约束。对生成的模型进行了检查，以确定是否存在范德瓦尔斯碰撞等问题，以及是否存在与构象约束的较大偏差。存在此类问题的模型将被删除。重复整个模拟折叠过程，直到确定了一些具有化学意义的模型（集合），这些模型与NMR衍生的约束一致。
精细化（X射线）-改进分子模型与实验衍射数据之间的一致性的过程。将模型拟合到电子密度图是一个迭代过程。初始模型包含相位和其他误差，在细化过程中采取了某些措施来纠正这些误差。例如，在细化过程中，可能会对模型施加某些约束。拉马钱德兰曲线图中R因子的降低和不利区域残留物的消除部分表明了精炼的成功。
Regex公司-REGular EXpression是一个字符序列，用于高级搜索大型文本，以查找要提取或操作的特定模式。例如，它们在生物信息学中用于序列模体搜索。
放松-当外部条件（例如温度或压力）的快速变化扰乱化学或生物系统时发生；当系统松弛到新平衡时的反应揭示了反应动力学的本质。
表示-可视化软件中描述结构原子坐标的不同模式。（另请参见球棒、卡通或缎带、填充空间、高斯曲面、腻子）。
代表性一致性-从一个集合（例如，一组核磁共振结构）中选择的单个模型作为该集合的代表。
残留-聚合物中的单分子单元。可以指多肽中的特定氨基酸、碳水化合物链中的糖或构成核酸基本结构单位的核苷酸。
分辨率-在X射线晶体学中定义为衍射图案中的最高可分辨峰，而在低温电子显微镜中，分辨率基于两半数据的频率空间比较。
共振分配-核磁共振结构测定的关键步骤涉及将共振峰与目标蛋白质序列的单个残基联系起来，从而建立原子之间的内部和内部空间关系。
抑制（NMR）-由核磁共振耦合或关联确定的原子距离和构象角。这些约束规定了哪些原子对通过键或通过空间相互靠近。核磁共振模型的建立符合这些限制。
约束（X射线）-在细化晶体学模型的过程中，可以对特定参数应用约束或条件。例如，所有键长和键角都在一定范围内的条件。
修订历史记录-修订历史记录显示对条目的mmCIF/PDBx文件所做修订的详细信息。自2011年7月以来，这些详细信息已公开记录在PDBX_VERSION类别中。这些描述比REVDAT记录更详细，REVDAT显示了哪些记录已在PDB格式文件中更改条目。
核糖核酸-参见RNA
核糖核酸（RNA）-一种由四种核糖核苷酸组成的分子：腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）、鸟氨酸（G）和尿嘧啶（U）；通过磷酸二酯键连接在一起。RNA有三种主要类型：信使RNA（mRNA）、转移RNA（tRNA）和核糖体RNA（rRNA）。各种类型的RNA负责广泛的结构、遗传和酶功能，这些功能对细胞和生物体的正常功能至关重要。
核糖-RNA中戊糖的类型
核糖体RNA-构成核糖体组成部分的一种RNA，对信使RNA解码、肽键形成和翻译过程中的核糖体动力学至关重要。参见rRNA。
核糖体-由核糖体RNA和蛋白质组成的颗粒，是细胞内蛋白质合成的场所。
RMS偏差（NMR）-集合内NMR衍生模型精度的度量。较小的值表示相似性，而较大的值表示结构中的分歧或差异。
ROESY公司-参见旋转框架核过热效应谱（ROESY）
原子位置的均方根偏差（RMSD）-两个叠加原子坐标之间相似性的最常用的定量度量。较小的值表示相似性，而较大的值表示结构中的分歧或差异。
旋转体（氨基酸）-围绕单键旋转产生的蛋白质侧链的构象。每个氨基酸都有一组由卡角定义的优选旋转。
转子流量计异常值-旋转异构体构象位于参考数据集轮廓之外的氨基酸，即具有不寻常的旋转异构体构象。
旋转框架核过热效应光谱学（ROESY）-一种核磁共振技术，提供有关氢原子核之间距离的信息，以帮助确定蛋白质结构。ROESY方法类似于NOESY方法，通过空间关联得出结果，但对于分子质量为1000到5000 Da的中型分子来说更好。
rRNA-核糖体的结构和功能成分之一。
RSCC公司-实空间相关系数，X射线结构的结构质量度量
RSRZ异常值-实际空间R值Z分数（RSRZ）是一种分辨率相关、残差特定的原子模型部分与实际空间数据之间拟合质量的度量。RSRZ仅针对标准氨基酸以及DNA和RNA链中的核苷酸进行计算。如果残差的RSRZ值大于2，则将其视为RSRZ异常值。
糖类-一种含有糖的有机化合物。来自希腊语单词σκχαρОν（sákkharon），意思是“糖”。
SAD公司-参见“单波长反常色散”
萨斯-小角度散射
SCOP公司-蛋白质结构分类（SCOP）数据库旨在详细、全面地描述已知结构的所有蛋白质之间的结构和进化关系。
次级结构-多肽或多核苷酸排列成局部有组织的折叠单元，通过形成分子内氢键来稳定。二级结构的主要类型包括α螺旋、β片、DNA双螺旋结构和RNA干环。
硒蛋白-以硒代半胱氨酸形式包含硒的蛋白质，硒代半月氨酸以协同翻译的方式结合在一起，并执行多种细胞功能，包括抵抗氧化剂的第一道防线。
序列比对-一种对齐蛋白质或核酸序列的方法，用于识别可能指示结构、功能和/或进化关系的相似区域。
丝氨酸（Ser，S）-含有羟基的不带电极性侧链的α氨基酸。
侧链-附着在氨基酸中心碳（α-碳）上的原子或原子团。侧链也被称为R基团，其大小、形状、电荷、疏水性和反应性各不相同，因此是氨基酸的定义特征。
侧链异常值-侧链构象对评估可用的给定残基类型不常见的氨基酸。
SIFTS公司-结构与功能、分类和序列集成（SIFTS）是UniProt数据资源和PDB之间的残留级映射。
信号转导-将化学、电气或生物信号传输到细胞内的过程。
相似性（同源性）搜索-一种预测新测序基因结构和功能的方法。该方法基于检测与已知结构和功能的蛋白质或具有蛋白质家族特征的序列模式的显著序列相似性。
简化的分子输入线输入系统（SMILES）-将分子的连接性和立体化学编码为一行文本。
单波长异常色散（SAD）-蛋白质晶体学中确定相的一种方法。本实验的晶体自然包括一个或多个显示异常散射的原子（例如，硒、氯）。记录来自大分子中固有异常散射体的高异常信号需要可调辐射源。数据集是在单个波长下测量的，对于该波长，采集的X射线荧光和自然或人工合成的异常散射体散射因子的异常部分f′达到或接近最大值。通过观察衍射图案中对称反射的微小差异，可以直接估计相位。
小角度散射（SAS）-一种分析技术，通过检测小角度（通常为0.1°-10°）的弹性散射X射线信号，获得溶液中复杂大分子大小和形状的低分辨率信息。
固态核磁共振-一种特殊类型的核磁共振，用于研究固体和半固体的化学组成、局部结构和动态特性。
溶液核磁共振-在液相或液晶相中进行的核磁共振实验。参见核磁共振。
溶剂可及表面积-生物分子在自然折叠状态下暴露于溶剂中的表面积。该值有助于估计折叠蛋白质分子中有多少可与其他分子或配体相互作用。
（晶体的）溶剂含量-溶剂所占晶体体积的比例。
空间组-这是三维空间中的描述，它将晶格（例如单斜、正交、四方）与旋转和平移等对称元素结合在一起。确定晶体的空间群是X射线晶体学中的一个重要步骤，因为它有助于确定晶体的最小部分（非对称单元），为了生成整个晶体的结构，必须确定晶体的结构。有230个独特的三维空间群。
spacefill（表示）-分子的一种表示法，其中每个原子都显示为一个半径与原子大小成比例的球体。这种表示法有助于观察分子填充的空间。
立体化学-分子形状如何影响其化学性质的研究。化学的一个分支，研究分子中原子的相对空间排列。立体化学的研究重点是立体异构体，即具有相同分子式和键合原子序列（构成）的分子，但其原子在空间的三维取向不同。
结构生物学-一个研究领域，专注于确定生物分子的三维结构，以便更好地了解其功能。
结构基因组学-基于基因序列确定大量蛋白质结构的研究领域。其目标是能够根据任何蛋白质的核酸序列生成其近似结构模型，从而推断其生物功能。
结构参数-指模型中的键长、键角和扭角。
结构预测-使用算法从蛋白质序列预测蛋白质的二级、三级甚至四级结构。由于蛋白质的折叠三级结构决定其功能，因此能够根据序列预测蛋白质的结构对于推断其生物功能很有用。
基于结构的药物设计-一种设计新药的方法，它使用靶分子的三维结构来指导药物分子的设计。
基底-与酶结合并随后进行化学修饰的分子。
亚单位-组成多元蛋白质的相同或不相同的蛋白质分子之一；例如，组成核糖体的核糖核蛋白复合物之一。
硫酸化（蛋白质）-蛋白质的不可逆翻译后修饰，包括在酪氨酸侧链上添加硫酸基。
同步加速器-用来产生非常强烈的X射线的大型仪器。同步加速器在提供波长可调的强X射线方面发挥了关键作用，从而缩短了X射线衍射实验中的数据采集时间。
分类学-基于共同特征对生物有机体进行命名、定义和分类的科学研究。
温度系数-测量原子位置与原子坐标中给定位置的偏差。这种偏差是由于热运动和晶体缺陷造成的。温度系数也称为B系数。
三级构造-蛋白质二级结构元素的排列，由侧链的相互作用引起，包括半胱氨酸残基之间形成二硫键以及非共价力。
四面体对称-一种对称类型，其中十二个相同的子单元分布在一个四面体上，通过四个三重旋转轴（通过四面体顶点及其对面的面）和三个两重旋转轴相互关联（通过四面体边）。请参见PDB中的对称资源.
四聚体-由4个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指4个聚合物链或亚基的组装。
理论模型-理论模型是通过计算方法生成的，而不存在结构被求解的实际分子样本。它们可能包括同源模型、来自折叠和分子动力学模拟的模型以及“对接”实验，在这些实验中，研究人员探索实验模型（例如，蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸或蛋白质-甘氨酸结合）之间可能的相互作用模式。
苏氨酸（Thr，T）-含有羟基的不带电极性侧链的α氨基酸。
胸腺嘧啶（T）-一种氮基（嘧啶），存在于DNA核苷酸中，通过氢键与腺嘌呤配对。
TOCSY公司-参见TOtal相关光谱法
扭转角-参见二面角
TOtal相关光谱法-一种核磁共振技术，用于关联所有相互耦合的自旋。它有助于识别自旋系统，例如每个单独的氨基酸残基。（也称为TOCSY）。
转录-通过合成互补的单链mRNA从DNA复制遗传信息的过程。这是由RNA聚合酶完成的。
转移RNA-参见tRNA
转基因动物-通过重组DNA技术将外源基因插入基因组的动物（通常是小鼠）。
翻译-读取信使核糖核酸中编码的信息并合成相应的氨基酸序列的过程。这个过程由tRNA和核糖体（包含rRNA）完成。
跨膜蛋白-跨越细胞膜的蛋白质。这些蛋白质可能具有与膜的脂质性质兼容的疏水区域，以及与细胞内外的水环境兼容的亲水区域。
三聚体-由3个单元组成。在蛋白质的上下文中，这可能指3个聚合物链或亚基的组装。
tRNA-在蛋白质合成过程中携带氨基酸到核糖体的RNA分子。
色氨酸（Trp，W）-一种α氨基酸，具有不带电的非极性侧链，含有杂环芳香基。这种氨基酸被认为是一种必需氨基酸（即，它不能在人体内合成，因此必须从饮食中获得）。
酪氨酸（Tyr，Y）-一种含有芳香酚基的未带电侧链的α氨基酸。
无法解释的密度（X射线）-在确定了晶体中所有已知物质的位置后，通过实验确定了未知的电子密度区域。这些空密度特征可能代表样品溶液/缓冲液中存在的离子、用于蛋白质/复合物纯化或结晶的试剂/洗涤剂，或与相关蛋白质共同纯化的小分子/辅因子。
UniProt公司-Universal Protein Resource（UniProt）是蛋白质序列和注释数据的综合资源。每个UniProt条目都有一个特定的标识符（UniProt ID），包含蛋白质序列以及其特征的各种注释和已知功能的描述。
单位电池-晶体中的最小重复单位，可用于仅使用平移生成整个晶体结构。分数坐标用于描述单位单元中的位置。这些是a、b和c（轴）的分数，这些坐标类似于笛卡尔坐标的x、y和z。通常可以为同一排列定义多个单位单元。然而，惯例是选择对称性最高的单元。
尿嘧啶（U）-核糖核酸中的一种含氮碱（嘧啶），通过两个氢键与腺嘌呤配对。
验证冲突（Mol*，表示）-原子以结构验证期间确定的原子间空间碰撞（范德瓦尔斯壳层之间的重叠）的表示形式显示。
缬氨酸（Val，V）-具有非极性疏水侧链和异丙基的α-氨基酸。
范德瓦尔斯相互作用-弱吸引和排斥相互作用，由于永久或瞬态电偶极矩之间的吸引和排斥，在未带电原子之间发生。它是以荷兰物理学家约翰内斯·范德瓦尔斯的名字命名的。该术语有时被松散地用于表示非特定的分子间吸引力或排斥力的总和。
范德瓦尔斯半径-原子周围电子云的半径，定义了另一个原子或分子可以接近的距离。
病毒-仅在生物体活细胞内复制的亚微米传染源。病毒感染所有类型的生命形式，从动物和植物到微生物，包括细菌和古菌。它由蛋白质和DNA或RNA组成。
线框（表示）-一种分子表示法，其中原子被表示共价键的线连接成点。
全球蛋白质数据库-该组织管理PDB档案，并确保PDB可免费向全球社区公开。
wwPDB网站-全球PDB，管理PDB存档的国际数据中心联盟
X射线-这是一种电磁辐射，波长范围为0.01–10 nm，相应频率范围为3×1016–3×1019 Hz。虽然X射线用于对骨骼和一些软组织等身体部位进行成像，但它也用于研究各种晶体材料（如矿物、金属和生物分子晶体）的原子和分子结构。另请参见X射线结晶学。
X射线晶体学-用于确定详细的原子和分子三维结构的实验方法。实验是通过将X射线束照射在被研究分子的晶体上，并仔细分析产生的散射射线来完成的。了解有关的更多信息测定原子结构的方法.
XFEL公司-X射线自由电子激光器
Z DNA-在生理条件下存在的一种左手形式的DNA，它含有甲基化的短GC片段，可能在真核生物的基因表达调控中起作用。
Z值-指晶体学单位细胞中的分子数。这取决于晶体的对称性。增加单位细胞轴或从灵长细胞更改为中心细胞可以更改Z值。
