版本

介绍

什么是版本?

PDB记录了结构中所有聚合物和小分子的实验数据和坐标。这些结构代表了实验中生物分子的特定化学和结构状态。作者保存的结构坐标和相关化学信息是主要数据,而蛋白质名称、结构求解者、实验细节、文献信息等元数据是次要数据。

具有特定PDB标识符的PDB条目的第一个版本称为结构的版本1。元数据的任何一组更改都被视为次要修订,文件的更新版本被分配一个数字,该数字与条目的最后一个版本的增量为0.1。影响结构全部或部分的化学和/或坐标的任何更改都被视为重大修订,版本号增加+1。了解有关的更多信息PDB条目的版本.

为什么有版本?

PDB条目(实验数据、坐标和元数据)由许多数据资源和研究机构下载,用于分析、可视化等目的。PDB ID和到PDB的链接条目列在文献、教育材料和其他数据资源中。每次更改或更正PDB条目时更改PDB ID都会让用户感到困惑。出于这个原因,一个已更正的条目改为使用相同的PDB标识符和一个新的版本号进行更新。

为了通知所有用户自上次发布条目以来已对其进行了更改,将在下一周更新期间重新发布带有新版本号的更新条目。这会提醒自动从PDB下载条目文件的脚本和管道,以保存文件的更新版本以供使用。该条目的旧版本也可供下载,以供参考和教育等使用。带编号的版本控制允许用户跟踪最新版本中包含的更改以及进行这些更改的原因。这些知识可以帮助用户做出关于在研究和教育中使用条目的明智决策。

文档

Structure Summary页面提供PDB条目版本的简短摘要以及更改的原因。在版本页面上,完整的历史记录会被记录下来,并带有下载主要修订后条目的所有版本的选项。

界面

版本历史以表格式显示,如图1所示。它包括版本号、版本日期、类型和重新发布(版本控制)条目的原因、所做的更改以及受更改影响的mmCIF类别。

每个条目文件的最新版本可从Structure Summary和相关页面下载。可以从“版本”选项卡上的表下载旧版本的文件。

图1。PDB条目6m17版本历史的表格表示(截至2021年10月)。
图1。PDB条目6m17版本历史的表格表示(截至2021年10月)。

了解结构

可以从版本历史中了解PDB ID 6m17结构的以下信息(请参见图1):

  • 在1.1至1.5版本的结构中,在指定生物组装、数据库参考、蛋白质来源等方面进行了微小更改。这些更改不会影响结构任何部分的化学和结构信息。
  • 版本2.0涉及结构坐标的更改。这些变化与档案的碳水化合物修复有关。由于该条目中的蛋白质是糖基化的,因此条目中的糖的表示被更新以匹配当前标准。
  • 发布该条目的3.0版时,使用了作者提供的坐标替换来改进和更正结构。在此之后,在3.1版中更新了蛋白质名称


请向报告任何遇到的断开链接info@rcsb.org
上次更新时间:2021年11月19日